Después de un defecto técnico en la Puerta Estelar, O'Neill y Carter quedan atrapados junto a una Puerta Estelar en una cueva en un páramo helado. O'Neill está gravemente herido y ambos se están congelando. ¿Encontrará y rescatará el SGC a tiempo?

El General Hammond ha intentado de todo para revertir la decisión del Senado de cerrar su programa Stargate, pero el Presidente se niega personalmente a "cometer suicidio político": el Stargate será enterrado. La insistencia de Daniel -de que el peligro para la Tierra en su conjunto es más importante- convence a sus colegas de ignorar el mandato de Hammond y marcar la dirección desde la cual comenzó la invasión de los Goa'uld en la realidad alternativa que él visitó. Llegan no a un planeta, sino a una nueva nave espacial de tipo superior, ya lanzada por hiperimpulsión. Un "video" prueba que pertenece a Apophis, quien le da el mando a su hijo Klorel, cuyo huésped no es otro que el joven amigo abydónico del equipo, Skaara. Dominar a Skaara parece ser su mejor movimiento, mientras Sam instala explosivos en la cubierta de los planeadores de la muerte con un temporizador de 24 horas por si acaso, pero los Jaffa logran liberar a Klorel. Jack descubre que la nave va mucho más rápido de lo esperado.

A medida que la flota de ataque de los Goa'uld se acerca a la Tierra, los cuatro miembros del equipo SG-1 son tomados prisioneros. Reciben ayuda de una fuente inesperada cuando Bra'tac, el mentor de Teal'c, revela que está a bordo. Apophis ha retrasado el ataque hasta que su hijo Klorel sea revivido, dándoles algo de tiempo para prepararse. SG-1 ha utilizado todo el C4 en una de las dos naves, pero deben encontrar una manera de deshacerse de la segunda. De regreso en el Comando Stargate, el Teniente Coronel Bert Samuels llega como oficial de enlace del Pentágono, pero también revela un nuevo arma que han desarrollado. El General Hammond está escéptico. Comienzan a transportar humanos a un sitio Alpha para asegurar la continuación de la humanidad.

Samantha Carter se convierte en el hospedador de un Goa'uld cuando intentaba salvar la vida del hospedador anterior.

SG-1 inadvertently help a desperate criminal and are charged and sentenced as accessories to his crime. They are banished to a desolate, brutal penal colony and strike a deal with a powerful female prisoner to help them escape. But is this prisoner hiding something from them?

Exploring a strange and beautiful garden, SG-1 comes across a dome containing a race that are connected to machines. The team are captured by the machines and rendered unconscious, but awake to find themselves reliving pivotal moments of their lives, over and over again. Then they discover it is virtual reality and a mysterious keeper appears to persuade them to try different outcomes for the moments. But can the team escape his clutches, when they don't know what is real and what is not?

O'Neill y el equipo regresan a Cimmeria, el planeta donde destruyeron el Martillo de Thor para ayudar a Teal'c a escapar. Descubren que los Goa'uld han invadido y que muchas personas están muertas. ¿Podrán ayudar a encontrar las armas de Thor para repeler la invasión antes de que todos sean capturados o asesinados?

SG-1 discovers an ancient artifact and brings it back to the SGC. Ariving at the SGC, it becomes active, pins O'Neill to the gate room wall, and unleashes a virus into him.

Teal'c's son Rya'c is kidnapped by Apophis and SG1 tries to rescue him. When Rya'c is recovered he denounces his father and helps to capture the team. They escape, but will they be able to return to Earth and cure Rya'c?

El intento de forjar una alianza con los Tok'ra parece ser un fracaso miserable, ya que el SG-1 está prácticamente encarcelado como un riesgo de seguridad y se considera prácticamente hostil debido a la "fusión", ya que aceptar ser huéspedes de un simbionte es un paso demasiado lejos para cada uno de ellos. Cuando el SG-3 llega e informa a Sam sobre la condición cada vez peor de su padre, el General Jacob Carter, quien está gravemente enfermo, ella se da cuenta de que los poderes curativos del simbionte, confirmados para aplicarse al cáncer, hacen que la oferta de ser huésped sea demasiado buena para rechazarla. Garshaw permite que Sam y Jack regresen y convenzan a ambos generales de permitir el plan, lo cual se logra. Mientras tanto, los Tok'ra deben evacuar rápidamente, destruyendo los túneles a su paso, porque se espera un ataque a gran escala por parte de las tropas de Apophis, mientras Jacob conoce a su posible pareja simbiótica, Selmak, y a su predecesor terminal para ayudarlo a decidir. Jack verifica su fuerte sospecha de que hay un traidor entre los Tok'ra que está comunicándose con los Goa'uld.

Un dispositivo de control climático es robado de un planeta y SG-1 es acusado del robo. Deben encontrarlo y restaurarlo antes de que el planeta se congele. Luego, el clima en la Tierra comienza a cambiar de manera inesperada y el equipo cree que el dispositivo ha sido robado por agentes renegados del NID. ¿Lo encontrarán a tiempo y cómo lograron viajar fuera del mundo el NID?

Stargate Command abre un agujero de gusano hacia un planeta con un agujero negro en órbita.

Cuando se establece un agujero de gusano entrante en el SGC, se anula y se abre el iris. Aparece un niño joven y le dice al SGC que están en terrible peligro por parte de un grupo de terroristas. Pero estos terroristas son criaturas invisibles y están decididos a exterminar a todos los humanos para evitar que sean utilizados como huéspedes de los Goa'uld.

Mientras emplean la ayuda de los niños altamente inteligentes de un planeta para un proyecto, el equipo descubre su horroroso destino impuesto cuando llegan a cierta edad.

SG-1 come across another SG team being attacked by Jaffa. They offer to help but are shot by the SG team members. When they awake, they find out that the other SG team are Jaffa, loyal to Apophis, who are planning to infiltrate Earth. Can SG-1 convince them that Apophis is dead before the Jaffa fight to the death?

Una incursión alienígena toma el control de la base.

El equipo SG-1 es solicitado por los Tollan para participar en un juicio relacionado con Skaara y si él o el parásito Goa'uld, Klorel, tienen el control de su cuerpo.

El Coronel O'Neill es despedido del SGC por robar tecnología alienígena y posteriormente se le acerca para participar en una operación del Stargate aún más encubierta.

SG-1 cree que finalmente han encontrado Kheb, un planeta con un templo donde creen que se encuentra el hijo de Apophis y Sha're, un Harcesis con todo el conocimiento de los Goa'uld.

El SGC envía un MALP a una enorme pirámide y dentro descubren un cráneo de cristal similar al que el abuelo de Jackson encontró muchos años antes. SG1 visita el planeta y mientras Daniel está mirando a los ojos del cráneo, como lo hizo su abuelo, un campo de energía lo envuelve. Teal'c dispara su Zat al cráneo, pero Daniel ha desaparecido. Carter se desmaya y el equipo, excepto Daniel, regresa al SGC. Teal'c regresa para recoger el cráneo de cristal, pero ¿podrá encontrar a Daniel?

Listo para ir de vacaciones, O'Neill es transportado por los Asgard. Thor le dice que la Tierra se enfrenta a un enemigo aún peor que los Goa'uld.

La SGC recibe la visita de una Tok'ra llamada Anise que trae unos brazaletes utilizados por los soldados de una raza extinta desde hace mucho tiempo, que se supone que aumentan las habilidades de quienes los llevan puestos. O'Neill, Carter y Jackson se ponen los brazaletes y aumenta su fuerza física, pero también les hace tomar decisiones impulsivas. ¿Podrán quitarse los brazaletes antes de que causen su muerte?

El Coronel O'Neill y Teal'c se dan cuenta de que ellos y sus amigos están atrapados en un bucle temporal.

El SGC se entera de que los rusos tienen su propio Stargate y necesitan la ayuda de los estadounidenses con los problemas que están afectándolos a ambos.

Mientras está en una excavación arqueológica en el planeta natal original de los Goa'uld, Daniel es capturado por un joven Unas. Intenta comunicarse con él y poco a poco establece una relación. Mientras tanto, el SG-1 llega al planeta para encontrar a Daniel y pronto se dan cuenta de que algunos miembros del equipo SG allí pueden haber sido poseídos por los Goa'uld. ¿Podrán descubrir quiénes a tiempo para rescatar a Daniel?

El SGC es contactado por un hombre extraño llamado Martin, un conspiranoico que cree que es un extraterrestre. La pregunta es, ¿cómo sabe Martin acerca del Stargate y cómo es que tiene una dirección de puerta y está siendo drogado por otros?

Mientras prueban una nueva nave espacial hecha con piezas Goa'uld, el Coronel O'Neill y Teal'c quedan atrapados cuando una función de recuerdo automático oculta toma el control y la envía al espacio.

El general Hammond se retira misteriosamente del SGC y se trae a un nuevo general, quien separa al SG-1: Daniel y Sam son científicos, Teal'c está con el SG-3 y O'Neill comanda un nuevo SG-1. O'Neill intenta convencer al general Hammond de que regrese, pero descubre que alguien ordenó a Hammond que se fuera o lastimarían a sus nietos. Mientras los demás mantienen ocupado al nuevo general, O'Neill intenta descubrir quién es ese "alguien". Para ello, debe confiar en la persona que más odia: Maybourne.

Carter decides to inspire a brilliant but difficult Air Force cadet by introducing her to the SGC program.

When the SGC probes a new planet, an alien energy entity there responds by invading the SGC's computer systems, and then Major Carter herself.

En Juna, el SG-1 recibe una bienvenida hostil por parte del líder guerrero local, Darian, quien parece incrédulo de que se atrevieran a regresar. Lealmente entregan a Sam y Teal'c a Cronus y les ordenan enterrar el Stargate. Cronus ordena a Darian que decapite a Daniel con un arma de personal, solo para descubrir que su cabeza es robótica. La evidente sorpresa de Cronus hace que Darian dude de su divinidad. En el SGC, Harlan les insta a emprender una misión. El maestro creador de robots les dice al SG-1 que las versiones roboticas que creó necesitan recargarse después de 48 horas. Para evitar que los Goa'uld accedan a los recuerdos de sus duplicados, el SG-1 va a regañadientes a Juna. Darian se une a ellos, pero siente que la mayoría de su pueblo no se atreverá a desafiar a Cronus. Los dos Teal'cs se concentran en vengar al padre del original atacando imprudentemente a Cronus, mientras que los Sams y Jacks lidian con los problemas militares y derrocan el dominio de los Goa'uld.

Cuando SG-1 huye de una expedición con el Coronel O'Neill y un miembro misterioso del equipo llamado Tyler, del que nadie más sabe, quedan varados y se cuestiona la aptitud del equipo.

When SG-1 inadvertently dooms a planet upon arrival, the team must overcome Asgardian diplomacy and indigenous religious prejudice to put things right.

When Cassandra collapses at home, she is taken to the SGC for treatment. A retrovirus is causing her to emit an EM field and she expresses a need to return to her planet for an initiation ritual. SG-1 investigates and finds a Goa'uld laboratory, probably having belonged to Nirrti, meant for experimentation on the planet's population. They find that the ritual is part of the experiment, a time when Nirrti studies her subjects and cures them when she is done. SG-1 has found a way to cure Cassandra, but now all that remains to be found is Nirrti.

El equipo SG-1 se une a una fuerza de tarea rusa para investigar la desaparición de un equipo SG ruso en P2X-338. Descubren que el equipo SG ruso liberó una criatura que mató a Marduk, un Goa'uld, en su sarcófago. SG-1 debe confiar en sus socios rusos para poder escapar con vida de la ziggurat.

SG-1 establece contacto con los Aschen, sin saber que su mundo natal es uno del que previamente se les advirtió en el futuro que se considerara fuera de límites.

Mientras SG-1 está llevando a cabo ejercicios de entrenamiento para nuevos reclutas, Jack recibe una llamada sobre una situación de "infiltración". Herido por oficiales comprometidos, O'Neill debe liderar a los reclutas para retomar el SGC.

Cuando Teal'c queda atrapado en el búfer del Stargate, el equipo debe enfrentar desafíos técnicos mientras lidian con rivalidades personales, interdepartamentales y diplomáticas para rescatarlo a tiempo.

En un plan de los Tok'ra para eliminar a los Goa'uld, Daniel se infiltra como sirviente de Yu para liberar un veneno en una reunión de los señores del sistema. Mientras tanto, un ataque de los Goa'uld a la base de los Tok'ra deja al resto del equipo SG-1 ocupado.

Se descubre un gran asteroide en rumbo de colisión con la Tierra.

A new leader has risen among the Free Jaffa, K'tano, former First Prime of Imhotep. SG-1, accompanied by Bra'tac, seeks an alliance between the Tau'ri and the large force he has amassed.

En un planeta alienígena, SG-1 descubre que un androide inactivo es el único sobreviviente de la destrucción de su civilización. Lo llevan de vuelta al SGC para estudiarlo y logran reactivarlo. Las cosas toman un giro para peor cuando ella "crea" un insecto replicador para Daniel.

To fix a mistake caused by the fake SG team, the real SG-1 must enlist the help of two convicts. The threat of an approaching Goa'uld mothership stresses the repair of the Sentinel.

A medida que Jackson sufre de una dosis fatal de radiación, lucha con el valor de su vida mientras sus amigos lidian con las repercusiones emocionales y diplomáticas.

Mientras aún lidian con la pérdida de Daniel Jackson, el SGC es contactado por los Asgard, quienes requieren ayuda para enfrentar a Anubis, quien parece tener nueva tecnología de escudos que puede repeler las armas Asgard.

El Maestro Bra'tac llega con malas noticias: la esposa de Teal'c está gravemente enferma, y Teal'c se va para estar con ella. Poco después, se abre el portal pero no pasa nada. Entonces Carter descubre una señal de muy baja potencia que está aumentando lentamente hasta alcanzar una sobrecarga lo suficientemente poderosa como para destruir la Tierra.

El arma de Anubis continúa amenazando a la Tierra. Se intentan varios planes hasta que Jonas Quinn sugiere algo simple que podría funcionar. Mientras tanto, el Maestro Bra'tac ha descubierto el planeta desde el cual Anubis está lanzando el ataque. Él, Teal'c y Rya'c viajan allí para detenerlo.

Cuando el SGC detecta una nave Goa'uld en órbita, el SG-1 es enviado con Jacob Carter para investigar. Descubren que la nave está abandonada sin signos de vida discernibles y Sam determina que es la misma que se utilizó para secuestrar a Thor. Una vez a bordo de la nave Goa'uld, descubren que la tripulación había iniciado una secuencia de autodestrucción. O'Neill desea recuperar la nave a pesar de las advertencias de Jacob de que podría ser un caballo de Troya. Un examen del núcleo de la computadora revela que Thor pudo haber introducido un virus, pero Jacob tenía razón: es una emboscada y la nave pronto se sumerge en el océano. El SGC y la Armada llevan a cabo una operación de rescate.

El equipo SG-1 viaja a la estación científica en la Antártida cuando los científicos descubren un cuerpo antiguo en el hielo. La edad de las muestras del núcleo de hielo indica que el cuerpo es anterior a la humanidad. A medida que descongelan el cuerpo, cobra vida. Es una joven a la que llaman Ayiana. A medida que Ayiana gana fuerza, todos los que la rodean enferman al contraer un virus desconocido que creen que Ayiana portaba. La recién llegada también muestra poderes de curación y aparentemente puede curar cualquier enfermedad con solo tocar. Sin embargo, al hacerlo, se debilita hasta el punto de la muerte. Al final, solo el Coronel O'Neill queda sin tratar y el SGC busca la ayuda de los Tok'ra, quienes ofrecen una solución inesperada.

El simbionte de O'Neill, Kanan, lo arrastra a un planeta gobernado por el Goa'uld Ba'al, donde Kanan estaba encubierto. Ba'al captura y tortura a O'Neill, cuya única esperanza puede estar en - ¿Daniel Jackson?!?

Stargate Command is approached by representatives of Jonas Quinn's home planet seeking military hardware. Their world is divided into three territories and there is a long history of war among them. Jonas' country fears that the other two territories are about to sign a non-aggression pact thus making them vulnerable to attack. In return for arms, they are offering an abundance of Naquadria. SGC isn't about to get involved in what amounts to a civil war but there's another possible outcome when Jonas' one-time professor, Doctor Kieran, tells them of an underground movement ready to overthrow the government and seek out a lasting peace. SG-1 travels to Jonas Quinn's home planet to obtain information on the situation there but not all is as it seems.

SG-1 está proporcionando seguridad a tres científicos que están realizando investigaciones en un planeta lejano. El warlord Goa'uld Khonsu organiza capturar al equipo SG-1 y O'Neill le dice a Jay Felger, nominalmente el líder del grupo, que use la puerta y regrese a la base. Felger está bastante enamorado del equipo SG-1, admirando sus hazañas y audacia. En lugar de seguir las órdenes de O'Neill, Felger y otro científico, Simon Coombs, se transportan a la nave Goa'uld. Lo que los científicos no saben es que la captura de SG-1 es una estratagema para permitir que Khonsu, que en realidad es un Tok'ra, transmita información. O'Neill está bastante molesto con los dos científicos, pero su presencia resulta útil al final.

Los Tok'ra se ven obligados a evacuar su base recién establecida, que está siendo atacada por los Goa'uld. Huyen al sitio Alpha del SGC. Las tensiones aumentan entre las facciones aliadas, los Jaffa Libres, los Tau'ri y los Tok'ra. Jacob y Selmak sienten que el fin de los Tok'ra está cerca, y Sam descubre que un generador de Naquadah ha sido saboteado para funcionar como una bomba. Jack sospecha de los recién llegados Tok'ra y trata de descubrir al traidor.

SG-1 realiza el primer contacto con el planeta Pangar. Parece ser un mundo pacífico que ha descubierto recientemente ruinas antiguas de los Goa'uld. Ofrecen a la Tierra su mayor descubrimiento, una droga llamada Tretonin, que dicen les mantiene totalmente libres de enfermedades. A cambio, quieren las direcciones de la puerta estelar para mundos específicos, la mayoría de los cuales resultan ser los mundos natales de los Goa'uld. Una investigación revela además que la maravillosa droga está basada en simbiontes de los Goa'uld y los Pangarans revelan otro secreto: tienen una reina simbionte, encontrada en las ruinas antiguas. Cuando un guardia pangarano resulta gravemente herido, SG-1 pide ayuda a los Tok'ra. Pronto se dan cuenta de que la reina es la fundadora de su raza.

SG-1 brings back an Ancient device, the purpose of which is unknown. When Jonas touched it the device activated. Upon reaching the SGC Jonas sees a large red insect fly into a wall, but no one else can confirm his sighting. The SGC is put into lockdown, but nothing is found. Jonas suspects that the Ancient device is causing his hallucinations, but to his dismay it is set to be shipped to Area 51. When Teal'c and Jack see the bugs as well, General Hammond decides to let Jonas take a crack at deciphering the Ancient text on the device.

En una misión de rutina, el SG-1 se encuentra con una civilización desesperada por ser liberada de las garras de un Goa'uld. Mientras están en el planeta, Jonas se enferma y es suspendido de sus funciones. Su misteriosa enfermedad es diagnosticada como un tumor cerebral, pero le otorga la increíble habilidad de vislumbrar el futuro, ¡un futuro en el que O'Neill y el SG-1 están cayendo en una trampa!

In a firefight with Jaffa, Teal'c takes a staff blast to the gut. Without his symbiote, he cannot regenerate as he once did. Daniel feels that he cannot remember something important, so he goes searching through the logs for any sign of his lost knowledge. Teal'c expresses his feelings that the Tritonin has made him weak.

SG-1 investiga una colonia humana aparentemente idílica y sutilmente avanzada, resguardada dentro de una cúpula de energía en un planeta por lo demás inhóspito.

During an engine cool down break from hyperspace travel the crew of the Prometheus, with Major Carter as an advisor, encounter a space craft of unknown configuration. They hail the ship to no avail; the unknown craft opens fire upon the Prometheus. Carter attempts to override the safety protocols on the hyperdrive to make a short jump into a gas cloud, but in the attempt is knocked unconscious. She awakes to find the ship devoid of all its crew and, as she tries to escape the gas cloud by herself, she begins to hallucinate.

Jonas Quinn regresa al SGC para pedir ayuda en salvar a su nación. Explica que el Naquadria originalmente era Naquadah y un Goa'uld llamado Thanos inició una reacción en cadena para transformar todo el Naquadah de su planeta en Naquadria. Una gran vena de Naquadah acaba de ser afectada y los científicos de Kelowna creen que la transformación hará que este gran depósito explote, llevándose consigo a toda su nación.

En el nuevo sitio Alpha, Sam Carter y Selmak (el simbionte que lleva Jacob Carter, su padre) están trabajando en un nuevo arma para derrotar a los superdrones de Anubis cuando el planeta es atacado por una flota de naves Goa'uld. Carter escapa con el prototipo del arma antes de que se active la autodestrucción de la base, pero se encuentra siendo perseguida por un superdrone.

El presidente ha pedido que un documentalista vaya a SGC para crear una película sobre sus operaciones. Su llegada es poco deseada para la mayoría y comienza a chocar con el personal de la base. Sin embargo, realiza sus entrevistas con SG-1 y los científicos empleados por SGC. Mientras tanto, un equipo SG en otro mundo encuentra los restos de una ciudad Antigua.

El documentalista sigue siendo un dolor de cabeza para ellos, el SGC se enfrenta a un dilema inesperado. Con la mitad del equipo SG-13 en otro planeta luchando contra los Jaffa enemigos, los equipos SG 1, 5 y 7 entran como refuerzo. En medio de un intenso fuego, O'Neill recibe un disparo de un bastón en el pecho. Las numerosas muertes en el enfrentamiento afectan duramente al SGC y el Senador Kinsey ordena una investigación completa sobre el asunto.

Con Jack teniendo de nuevo el conocimiento del antiguo repositorio en su mente, él y Daniel intentan desenterrar la ubicación de la Ciudad Perdida de los Antiguos. Bra'tac, trayendo consigo la noticia de un inminente ataque a los Tau'ri por parte de Anubis, lleva a Teal'c para ayudarlo a adquirir naves y guerreros para la defensa de la Tierra. La Dra. Weir intenta lidiar con la abrumadora naturaleza de su nuevo trabajo, mientras también lidia con el implacable ego del Vicepresidente Kinsey.

En un último intento desesperado, O'Neill activó un arma antigua en la Antártida para derrotar a Anubis. Con Jack aún en estasis en el puesto avanzado de los Antiguos enterrado en la Antártida, el SG-1 intenta contactar a los Asgard. Mientras tanto, su nueva líder, la Dra. Elizabeth Weir, intenta decidir qué hacer con una solicitud de conversaciones de paz de los Señores del Sistema Goa'uld.

La flota Asgard logra destruir la nave Replicadora, con Carter a bordo, pero no puede contener los escombros. Las negociaciones se rompen con los Señores del Sistema, terminando en el envío de un Ha'tak para probar las nuevas capacidades defensivas de la Tierra. El Prometeo espera para enfrentar al enemigo entrante, pero Thor llega en la Daniel Jackson, con Teal'c a bordo. Solicitan la ayuda de Daniel y Jack, todavía en estasis, para eliminar la amenaza de los replicadores en el nuevo hogar Asgard.

El general O'Neill todavía está en los primeros días de comandar el SGC y enfrenta un problema importante cuando el recién llegado coronel ruso Alexi Vaselov colapsa en sus aposentos. La creencia de la Dra. Brightman de que Vaselof podría ser contagioso parece ser correcta cuando Daniel, quien estaba con el ruso cuando colapsó, aparentemente enloquece e intenta salir de la base a través de la puerta. O'Neill asegura el SGC pero el problema no es el contagio: la esencia de Anubis está viva y bien, y busca un nuevo huésped.

Como el nuevo jefe del SGC, el General O'Neill empieza a sentir el peso de su responsabilidad y comienza a tener dudas sobre toda la idea, cuestionando su propia competencia.

The discovery of the Stargate creates a war between two nations on the planet Tegalus with Daniel in the middle of it.

El Dr. Lee está adaptando una silla de realidad virtual para utilizarla como dispositivo de entrenamiento. Teal'c piensa que el escenario actual es demasiado fácil y acepta trabajar con ellos para hacerlo más realista. Él entra en el escenario del juego y es rápidamente "asesinado", momento en el cual la silla lo electrocuta. Lee dice que debe ser parte de su construcción básica. A medida que el escenario se reinicia -es una invasión del SGC por los Goa'uld- Teal'c es repetidamente asesinado y electrocutado, poniéndolo en peligro. El programa de computadora está configurado para aprender después de cada escenario y el desafío para Teal'c aumenta en cada turno. Daniel se ofrece como voluntario para ingresar al juego también, para ver si juntos pueden encontrar una forma de escapar.

El dueño y CEO de Colson Industries declara en una conferencia de prensa que existe vida alienígena y que tiene pruebas. El SGC no logra silenciarlo en la batalla por la Antártida. Sin embargo, se llevan una gran sorpresa cuando las pruebas que muestra a los medios no son imágenes de satélite, sino un Asgard vivo.

Teal'c is unhappy with his son's plans to marry. Ishta arrives bringing news that Hak'tyl may be compromised. Complications arise when O'Neill allows Hak'tyl to inhabit SGC until a new homeworld is found for them.

Cuando el Stargate es teletransportado fuera de la SGC en medio de la noche, Teal'c queda atrapado en otro mundo. El Dr. Jackson y la Coronel Carter intentan recuperar la puerta.

The replicator Carter and the real Carter work together with the disruptor signal. The replicator has a different plan.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.

Sam y Jacob están en el planeta Dakara tratando de configurar el dispositivo de los Antiguos para destruir a los Replicadores de una vez por todas, con la ayuda parcial de Ba'al y Daniel, quien logra congelar a los Replicadores manipulando al duplicado de Carter.

Daniel se encuentra en un tiempo y lugar extraños: un restaurante donde Oma trabaja como camarera. Ella le ofrece una elección clara: puede elegir morir o ascender, pero si elige lo segundo, no podrá ayudar a sus amigos a luchar contra Anubis, quien aún no ha sido eliminado. Entabla una conversación con otro cliente, Jim, quien tiene su propia opinión sobre la situación. Mientras tanto, Sam decide que ha llegado el momento de que su prometido conozca a su padre, Jacob. Sin embargo, Jacob no está bien, algo que ha ocultado a Sam durante varias semanas. Después de que Pete la sorprende -él cree haber encontrado la casa perfecta para ambos- Sam se da cuenta de que debe enfrentar sus sentimientos hacia otra persona. Teal'c y el Maestro Bra'tac tienen información de que Anubis podría estar reuniendo lo que queda de sus fuerzas para atacar Dakara.

Con un nuevo comandante del SGC llega un nuevo líder de SG-1, el Teniente Coronel Cameron Mitchell, un ex piloto de combate que voló un F-302 en la batalla sobre la Antártida. Sin embargo, se desanima por el hecho de que todos los demás miembros de SG-1 se van a otras empresas: Teal'c para gestionar la Nación Jaffa, Carter a la Área 51 para investigación y desarrollo alienígena, y el Dr. Jackson a Atlantis como experto en los Antiguos. Mitchell se esfuerza por retener a los miembros de SG-1 para sí mismo, pero cada vez es más difícil convencerlos.

Vala returns to the SGC upon having been separated from Daniel for a little under an hour. The effects of the bracelets have not diminished even though they have been removed. In order to get the effects reversed, Mitchell, Jackson, and Vala must deal with many people that Vala has used over the years to gain favors.

Vala leads SG-1 to a planet which the Priors have visited with a plan to keep them from worshiping the Ori. Once there she reveals that the symbiote that once held her ruled over this planet. She feels that keeping them in allegiance to her will hinder the spread of Origin to this world.

Un Prior de los Ori ha establecido un campo de fuerza en constante crecimiento en un planeta controlado por los Jaffa llamado Kalana. Un Goa'uld menor llamado Nerus, quien diseñó las múltiples conexiones de la Puerta necesarias para derrotar a los Replicantes, llega al SGC con información sobre el evento y ofrece su ayuda.

Following the death of a Jaffa on Earth and the disappearance of a prominent businessman, SG-1 starts an investigation into what remains of the Trust and into the actions of the Jaffa Nation. They discover that Ba'al is hiding on Earth after losing his forces to the Jaffa and that the Jaffa are secretly attempting his capture.

SG-1 encuentra un híbrido Goa'uld-Humano en estasis en un laboratorio abandonado de los Goa'uld y lo llevan de vuelta a la Tierra para estudiarlo, donde descubren que fue creado utilizando el ADN de Anubis.

Los Ori desatan una plaga mortal en la Tierra, lo que lleva a un poderoso aliado del pasado de SG-1 a acudir en su ayuda.

SG-1 regresa temprano de una misión solo para darse cuenta de que ellos y el Gral. Landry no están en la misma página en lo que respecta a la misión que acaban de completar. La confusión se resuelve rápidamente cuando el "verdadero" SG-1 regresa en el momento correcto. La Dra. Lam los examina a todos y concluye que son idénticos y piensa que podrían ser clones. Sin embargo, Sam cree que podrían haber venido de un universo paralelo como resultado del agujero negro que crearon cuando destruyeron el punto de apoyo de los Ori. A medida que llegan más equipos de SG-1 de otros universos alternativos, uno de ellos incluye al Dr. Fraiser y otro incluye al Tok'ra Martouf. Queda en manos de Sam y Martouf encontrar una manera de enviarlos a todos a casa.

Un contacto dentro del Protectorado Rand llega a la Tierra con noticias de que los Ori le han entregado a su pueblo un superarma para usar contra la Federación Caledoniana a cambio de su conversión a Origin. SG-1 planea alejar a la gente de su nueva religión y destruir la superarma.

Martin Lloyd busca la ayuda de SG-1 cuando su programa de televisión fallido basado en el programa real de Stargate se convierte en una película.

SG-1 queda atrapado en medio de una guerra después de que los Jaffa utilizan un arma poderosa para matar a 10.000 seguidores de Ori.

Vala es secuestrada por agentes de la Confianza que intentan encontrar un antiguo tesoro cuando un accidente hace que Vala olvide quién es.

Cameron Mitchell must go undercover inside the Lucian Alliance to find the location of the hijacked Odyssey.

Teal'c and Bra'tac are among the numerous victims -though only wounded- of several bomb attacks killing 32 men at a summit in the Jaffa settlement Dar Eshkalon. As soon as physically able, Teal'c swears to avenge them personally, suspecting the honor-less, ambitious warrior Arkad; General Landry refuses to sanction a killing mission without solid proof, but cannot stop Teal'c from going it alone. Bra'tac explains Arkad's sinister past to Daniel, including the possibility of murdering Teal'c's mother. Information from the resistance on another planet indicates Arkad is in league with the Ori and plans to attack Earth. Arkad comes to meet General Landry, offering to help defend Earth against the Ori, denying any part in the bombings, while defending Origin, incriminating a Jaffa sect. SG-1 is now ordered to find and stop at all cost Teal'c, who is using torture. But Teal'c, committed to killing Arkad, reaches his place, but is wounded, captured, and made to duel Arkad after it is confirmed he had killed Teal'c's parents.

Stargate Command gets a video message from Vala's extremely unreliable father, Jacek, on the planet Robak; he claims to know about the late Arkad's plans to attack and blow up Earth, even about the several cloaked, Naquadah-laden cargo ships in orbit, and offers details in exchange for sanctuary. General Landry asks Dr. Lam to help him resume contact with her mother, Kim, his ex-wife. Even after the cargoes are found and blown up, Vala abhors her dad's entry. The general asks her to go easy on him, realizing that he, too, neglected his daughter because of his career, even if Jacek's neglect was just criminal. When Cam and Daniel go tell Jacek he shouldn't scam people, he tricks them into talking to Vala for him. Vala goes over just for catharsis, telling him she's through picking up the pieces of his tricks, and he certainly keeps scamming - as Daniel also finds - even with Terak, a Jaffa from an escaped cargo ship, who hopes to sell the Naquadah. When they are apprehended, Jacek promises to help track it and override the rigging of the cargo ship. The Jaffa wait for Jacek and Vala, intending to eliminate them now that Terak is gone, but SG-1 saves them. Since there never was an override, Jacek cheerfully flies away alone in the cargo ship, ignoring that his treachery was anticipated: it's a decoy.

Vala apuesta, gana un carguero, pero es descubierta haciendo trampa; luego aparece Adria, echa a todos y afirma que tiene una nueva flota Ori y una Puerta Estelar intergaláctica operativa. Vala le cuenta a su aterradora hija cómo ayudó a Daniel, después de un sueño, leyendo el misterio del símbolo clava thessara, que condujo a la dirección de un solo planeta, donde debe estar el tesoro de Athena; después de una desastrosa visita allí, el equipo se niega a seguir la siguiente interpretación, temiendo que sea solo una trampa preparada por Adria, por lo que Vala es declarada un riesgo de seguridad, restringida y confinada en el Área 51, pero escapa a través de la Puerta Estelar. Adria la lleva consigo al enterarse de que el equipo aún planea visitar la dirección, en nave estelar. Al llegar, quedan atrapados por el SG-1, que sin embargo se encuentra rodeado por las tropas del señor Ba'al. Ba'al utiliza los anillos para teletransportar a Adria a una jaula electromagnética en su nave estelar. De regreso en la Tierra, el general Landry se preocupa por el daño que los dos puedan hacer juntos y quiere recuperar a Adria. Daniel y Sam muestran ahora a Vala que ha sido implantada con tecnología Galaran con falsos recuerdos de toda su aventura hasta el encuentro con Adria. Aunque ella afirma que eso es imposible, Ba'al está seguro de que puede tomar el control de las leales tropas Ori de Adria a través de ella, implantando un simbionte. El equipo encuentra a los Jaffa y clones de Ba'al muertos por veneno de simbionte, excepto un Jaffa que secretamente usó tretonina. El equipo se teletransporta desde la nave estelar Odyssey camuflada hacia la de Ba'al, lo dispara y captura a Adria, pero de regreso en la Tierra, se descubre que está bajo el control de su simbionte. En lugar

El general Landry acompaña a SG-1 en una misión para recopilar el conocimiento de los Asgard. Sin embargo, cuando aparecen los Ori, Sam se ve obligada a evacuar a la tripulación. Landry y SG-1 se quedan a bordo, pero quedan atrapados e indefensos en un campo de dilatación temporal durante décadas.