Mientras gente de todo el mundo se encuentra con sus vidas desbaratadas por sus nuevas y extraordinarias habilidades, las autoridades investigan varios extraños y espantosos asesinatos. En el lugar extraño y espantoso de un crimen, el policía de Los Angeles Matt Parkman es el único que puede escuchar el llanto de una niña pequeña desaparecida. Claire casi hace público su secreto después de que la cinta donde grababa los intentos de hacerse daño haya desaparecido. Pensando que se está volviendo loca, Niki, tras despertarse y encontrar varios matones muertos en su garaje, no recuerda lo que pasó en las horas previas. Además deberá hacer frente a los servicios sociales por Micah. Mientras Hiro investiga Nueva York, Nathan se enfrenta a Peter, siguiéndole tras lanzarse desde un edificio.

Mientras los "Héroes" siguen probando sus recientemente descubiertos superpoderes, Claire trata de mantener una vida social normal cuando un romance con el quarterback del equipo, toma un giro trágico. Por su parte Hiro convence a su amigo Ando de que están destinados a viajar a América para salvar al mundo. Una asustada Niki sigue instrucciones de una misteriosa fuente que le llevan al medio del desierto. Por otro lado, Nathan usa el accidente de Peter para relanzar su carrera política. El escurridizo Sylar es cazado por Matt y el FBI, con la colaboración de Suresh, ya que el diario de su padre contenía pistas valiosas.

Mientras Nathan y su familia se preparan para las elecciones, Hiro y Ando hacen frente a la parte difícil de salvar al mundo. Ya sabiendo lo que pasará si fallan en su misión, la determinación de Hiro y Ando para salvar al mundo se pone a prueba. Comprometido con la causa, Nathan emprende acciones sorprendentes para garantizar su elección. Jessica y D.L. empiezan a entender qué tiene que ver su familia con los planes de Linderman. Thompson atrae a alguien nuevo a su compañía, mientras que Sylar, con sus manos más llenas de sangre, visita a su madre.

Cuando está todo preparado para convertirse en un miembro del Congreso, Nathan considera el coste que traerá a sus seres queridos, con el consejo de su madre y la profecía de Linderman. Mientras se prepara para enfrentarse a muerte con Sylar, Hiro recibe novedades de su linaje por parte de su padre. Varios "héroes" llegan a Nueva York, mientras que Peter y Ted intentan abandonarla antes de la ya inevitable explosión. H.R.G. y Matt descubren la sorprendente verdad que hay detrás del sistema de seguimiento usado con personas con habilidades especiales.

Con las horribles predicciones de Isaac cumpliéndose delante de ellos, la gente con habilidades extraordinarias se enfrenta a momentos de verdadero dolor y peligro en la Kirby Plaza con inquebrantable heroísmo, mientras el primer volumen de Héroes llega a su fin... y el siguiente comienza de forma sorprendente.

Cuatro meses después de los acontecimientos del enfrentamiento entre Sylar y Peter, surgen nuevos héroes. Entre ellos figuran hermano y hermana, Alejandro y Maya. Hiro sigue en el pasado, pero que deparara todo esto? Alguien muere y alguien no está muerto. Claire y su padre y el resto de su familia tienen una nueva vida.

Peter cae en manos de gansters irlandeses que saben acerca de su pasado. Hiro intenta contener el daño causado por su viaje en el pasado. Kensei su poder será revelado. Suresh localiza y cura al Haitiano. Matt investiga el asesinato del Sr Nakamura. West trata de saber de los poderes de Claire. Maya y Alejandro encuentran en Mexico que sus facultades son más un obstáculo que una ayuda.

Suresh encuentra una pintura sin descubrir de Isaac Mendez que muestra la muerte de una persona; Maya libera de una cárcel de México a Alejandro; en el pasado Hiro descubre algo nuevo acerca de Kensei, y Niki y Micah dejan Las Vegas para escapar de su pasado. Claire y West hacen una excursion.

Mónica comienza a mostrar nuevas habilidades mientras practica con Micah, Nana, y Damon. Nana es la abuela de Micah, Monica, y Damon. Todos ellos residen actualmente en Nueva Orleans. Matt pide a Molly que localice al hombre con el que sueña ella. Él puede ser la nueva amenaza de los Héroes. Maya y Alejandro siguen su marcha a los EE.UU. Tanto Claire como su padre sospechan el uno del otro. Angela revela mucho de sus secretos.

Una mujer llamada Elle, esta buscando a Peter. Ando busca a Hiro en el pasado. Matt busca al hombre de los sueños de Molly. HRG da otro paso en su esperanza por proteger a su familia y a el mismo.

Peter comienza su busqueda. West convence a Claire de que se defienda. Hiro lucha contra sus sentimientos hacia Yaeko. Suresh tiene más problemas con la Compañía. GHR intenta localizar más pinturas de Isaac. Alejandro no confía Sylar.

Peter y Caitlin conocen la ultima fase de los efectos del virus de los Héroes. Muchos de los Héroes trabajan juntos para luchar contra el "Hombre Pesadilla". West está conmocionado al conocer la identidad del padre de Claire. Hiro y Kensei, El viaje llega a su fin.

El señor Bennet se prepara para trasladar a su familia cuando piensa que la empresa les ha encontrado, pero a Claire no le gusta la idea. Hiro vuelve al presente y al descubrir la muerte de su padre, viaja atrás en el tiempo para detenerlo. Mientras tanto, Matt perfecciona sus nuevas habilidades mentales.

Peter viaja a Primatech en Texas para destruir el virus, pero no todo es lo que parece. Hiro continúa la búsqueda del asesino de su padre, mientras que Matt persigue el último miembro de la Compañía en la foto. Nikki se reune con Micah, pero tiene malas noticias, mientras que Maya tiene que optar por permanecer con Alejandro, o ir con Sylar.

En Texas, Peter se enfrenta a sus examigos debido a la engañosa historia de Adam sobre el virus de Shanti. Micah recluta a su madre para rescatar a Monica. Maya está atónita cuando conoce la verdad acerca de su nuevo amigo Sylar. Elle intenta hacer que su padre este orgulloso.

Viendo un futuro en el que casi todo el mundo tiene poderes, un mundo destinado a la destrucción, Peter decide intentar evitar el fin de la tierra cueste lo que cueste. Esto le lleva a hacerse con un oscuro e incontrolable poder para conseguir salvar al mundo, arriesgándose a que le destruya a él y a todos los que aprecia primero. Por otro lado y después de permitir que la mitad de “la fórmula” de Angela fuera robada, Hiro y Ando se proponen descubrir la identidad del villano que contrató a Daphne, y para ello deben consultar a la persona que más sabe sobre ellos… Adam Monroe. Por su parte, y después del baño de sangre en el banco, HRG decide librarse de su compañero, mientras que Claire, convencida de ser una heroína, se echa a la carretera para perseguir a uno de los villanos que aparecía en los antiguos ficheros de HRG. Mohinder cede a sus impulsos, mientras que Linderman y Molly vuelven de forma inesperada. Un nuevo romance aparecerá entre dos de nuestros Heroes.