Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

El arma superpoderosa de Anubis ha sido desactivada, pero la flota de Yu ha sido desviada al otro lado de la galaxia por el propio Yu, lo que permite que Anubis escape al hiperespacio. Jonas ha sido capturado por Anubis y Daniel todavía está a bordo de la nave de Anubis, evitando ser capturado. Anubis utiliza la sonda mental en Jonas, descubre el Naquadria y comienza su ataque a Kelowna. Los kelownianos buscan ayuda en el SGC. Jack y Sam llegan a Langara para descubrir que los kelownianos le han dado a Anubis Naquadria para asegurar su seguridad. Se comunican con Daniel, quien está tratando de liberar a Jonas. Teal'c ha convencido al primer primer ministro de Yu de buscar un nuevo líder de los Señores del Sistema, Ba'al.

En un último intento desesperado, O'Neill activó un arma antigua en la Antártida para derrotar a Anubis. Con Jack aún en estasis en el puesto avanzado de los Antiguos enterrado en la Antártida, el SG-1 intenta contactar a los Asgard. Mientras tanto, su nueva líder, la Dra. Elizabeth Weir, intenta decidir qué hacer con una solicitud de conversaciones de paz de los Señores del Sistema Goa'uld.

La flota Asgard logra destruir la nave Replicadora, con Carter a bordo, pero no puede contener los escombros. Las negociaciones se rompen con los Señores del Sistema, terminando en el envío de un Ha'tak para probar las nuevas capacidades defensivas de la Tierra. El Prometeo espera para enfrentar al enemigo entrante, pero Thor llega en la Daniel Jackson, con Teal'c a bordo. Solicitan la ayuda de Daniel y Jack, todavía en estasis, para eliminar la amenaza de los replicadores en el nuevo hogar Asgard.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.