Los Tok'ra se ven obligados a evacuar su base recién establecida, que está siendo atacada por los Goa'uld. Huyen al sitio Alpha del SGC. Las tensiones aumentan entre las facciones aliadas, los Jaffa Libres, los Tau'ri y los Tok'ra. Jacob y Selmak sienten que el fin de los Tok'ra está cerca, y Sam descubre que un generador de Naquadah ha sido saboteado para funcionar como una bomba. Jack sospecha de los recién llegados Tok'ra y trata de descubrir al traidor.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

Con las amenazas tanto de los Replicadores como de los Goa'uld considerablemente disminuidas y la nave hermana de la Prometheus, la Daedalus, ahora en construcción, SG-1 está ansioso por viajar en la nueva nave. Sin embargo, el ánimo se ve algo oscurecido por una llamada telefónica que informa al Dr. Jackson sobre la muerte de Catherine Langford. Después del funeral, la sobrina de Catherine le entrega a Daniel "algunas cosas sueltas" que su tía quería que él tuviera. Al entregarlo, descubren que casi toda su colección fue enviada al laboratorio de Daniel. En uno de sus libros, él encuentra una posible ubicación de un ZPM, pero los escaneos del área muestran que ya no está allí. Daniel propone que utilicen la máquina del tiempo de los Antiguos para obtenerlo de Ra en Giza en el año 3000 a.C.