Cuando se establece un agujero de gusano entrante en el SGC, se anula y se abre el iris. Aparece un niño joven y le dice al SGC que están en terrible peligro por parte de un grupo de terroristas. Pero estos terroristas son criaturas invisibles y están decididos a exterminar a todos los humanos para evitar que sean utilizados como huéspedes de los Goa'uld.

Una llamarada solar envía a SG-1 atrás en el tiempo treinta años hasta 1969. Capturados por la policía militar en Cheyenne Mountain, escapan con la ayuda de un joven Hammond y luego deben encontrar la Puerta Estelar para poder regresar al presente.

O'Neill, Carter y Jackson están atrapados en el planeta de Hathor. Teal'c y Hammond van a Chulak para forjar un plan de rescate y recuperar al equipo.

Martouf lidera una delegación de Tok'ra con una noticia aplastante para Carter: su padre Jacob/Selmak ha sido capturado por Sokar y encarcelado en Netu, un nombre egipcio para el infierno, en una luna del planeta Delmal, donde los prisioneros son enviados a sufrir tortura eterna, y de donde nadie regresa; solo Jolinar ha logrado escapar. SG-1 lleva a cabo una operación de rescate con Martouf, siendo la máxima prioridad cualquier información que Selmak pueda ofrecer sobre el plan de Sokar para someter a los demás señores del sistema, una amenaza sin precedentes para todos los humanoides de la galaxia. Teal'c debe pilotar una nave Goa'uld y mantenerla en órbita, ya que el aterrizaje es imposible excepto mediante una pequeña cápsula, pero primero Martouf accede a la memoria de Jolinar, que está parcialmente bloqueada por algún trauma más allá de la tortura física. Solo cuando están abajo y bajo la custodia del señor de Netu, Bynarr, Sam se da cuenta de que él es la clave, de una manera "personal", pero no voluntariamente, como ella había pensado. Sokar se entera de su presencia a través de Bynarr y ordena que el equipo y la nave sean destruidos, pero esto también significa que debe haber una salida. El primer oficial de Bynarr, Na'onak, tiene, y es él mismo, una gran sorpresa.

SG-1 cree que finalmente han encontrado Kheb, un planeta con un templo donde creen que se encuentra el hijo de Apophis y Sha're, un Harcesis con todo el conocimiento de los Goa'uld.

El SGC envía un MALP a una enorme pirámide y dentro descubren un cráneo de cristal similar al que el abuelo de Jackson encontró muchos años antes. SG1 visita el planeta y mientras Daniel está mirando a los ojos del cráneo, como lo hizo su abuelo, un campo de energía lo envuelve. Teal'c dispara su Zat al cráneo, pero Daniel ha desaparecido. Carter se desmaya y el equipo, excepto Daniel, regresa al SGC. Teal'c regresa para recoger el cráneo de cristal, pero ¿podrá encontrar a Daniel?

When Cassandra collapses at home, she is taken to the SGC for treatment. A retrovirus is causing her to emit an EM field and she expresses a need to return to her planet for an initiation ritual. SG-1 investigates and finds a Goa'uld laboratory, probably having belonged to Nirrti, meant for experimentation on the planet's population. They find that the ritual is part of the experiment, a time when Nirrti studies her subjects and cures them when she is done. SG-1 has found a way to cure Cassandra, but now all that remains to be found is Nirrti.

El Maestro Bra'tac llega con malas noticias: la esposa de Teal'c está gravemente enferma, y Teal'c se va para estar con ella. Poco después, se abre el portal pero no pasa nada. Entonces Carter descubre una señal de muy baja potencia que está aumentando lentamente hasta alcanzar una sobrecarga lo suficientemente poderosa como para destruir la Tierra.

El arma de Anubis continúa amenazando a la Tierra. Se intentan varios planes hasta que Jonas Quinn sugiere algo simple que podría funcionar. Mientras tanto, el Maestro Bra'tac ha descubierto el planeta desde el cual Anubis está lanzando el ataque. Él, Teal'c y Rya'c viajan allí para detenerlo.

Stargate Command is approached by representatives of Jonas Quinn's home planet seeking military hardware. Their world is divided into three territories and there is a long history of war among them. Jonas' country fears that the other two territories are about to sign a non-aggression pact thus making them vulnerable to attack. In return for arms, they are offering an abundance of Naquadria. SGC isn't about to get involved in what amounts to a civil war but there's another possible outcome when Jonas' one-time professor, Doctor Kieran, tells them of an underground movement ready to overthrow the government and seek out a lasting peace. SG-1 travels to Jonas Quinn's home planet to obtain information on the situation there but not all is as it seems.

El arma superpoderosa de Anubis ha sido desactivada, pero la flota de Yu ha sido desviada al otro lado de la galaxia por el propio Yu, lo que permite que Anubis escape al hiperespacio. Jonas ha sido capturado por Anubis y Daniel todavía está a bordo de la nave de Anubis, evitando ser capturado. Anubis utiliza la sonda mental en Jonas, descubre el Naquadria y comienza su ataque a Kelowna. Los kelownianos buscan ayuda en el SGC. Jack y Sam llegan a Langara para descubrir que los kelownianos le han dado a Anubis Naquadria para asegurar su seguridad. Se comunican con Daniel, quien está tratando de liberar a Jonas. Teal'c ha convencido al primer primer ministro de Yu de buscar un nuevo líder de los Señores del Sistema, Ba'al.

Cuando una misión de exploración geológica de SG se encuentra en conflicto mortal con un clan indígena de Unas, Daniel convence a Chaka para que lo ayude a buscar un acuerdo con ellos.

El documentalista sigue siendo un dolor de cabeza para ellos, el SGC se enfrenta a un dilema inesperado. Con la mitad del equipo SG-13 en otro planeta luchando contra los Jaffa enemigos, los equipos SG 1, 5 y 7 entran como refuerzo. En medio de un intenso fuego, O'Neill recibe un disparo de un bastón en el pecho. Las numerosas muertes en el enfrentamiento afectan duramente al SGC y el Senador Kinsey ordena una investigación completa sobre el asunto.

El ex vicepresidente Kinsey va a ver a Jack para informarle de las actividades del Trust, incluyendo lo que parece ser un plan para que los rusos reclamen la Puerta Estelar que prestaron a Estados Unidos. Jack decide utilizar a Kinsey como su hombre infiltrado en el Trust. Kinsey lleva un micrófono oculto en su reunión con el Trust para organizar un encuentro con un general ruso de alto rango. El plan se complica cuando las señales son bloqueadas justo cuando el Trust revela algo sorprendente a Kinsey y desaparecen.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.

Sam y Jacob están en el planeta Dakara tratando de configurar el dispositivo de los Antiguos para destruir a los Replicadores de una vez por todas, con la ayuda parcial de Ba'al y Daniel, quien logra congelar a los Replicadores manipulando al duplicado de Carter.

Vala returns to the SGC upon having been separated from Daniel for a little under an hour. The effects of the bracelets have not diminished even though they have been removed. In order to get the effects reversed, Mitchell, Jackson, and Vala must deal with many people that Vala has used over the years to gain favors.

Un Prior de los Ori ha establecido un campo de fuerza en constante crecimiento en un planeta controlado por los Jaffa llamado Kalana. Un Goa'uld menor llamado Nerus, quien diseñó las múltiples conexiones de la Puerta necesarias para derrotar a los Replicantes, llega al SGC con información sobre el evento y ofrece su ayuda.

SG-1 encuentra un híbrido Goa'uld-Humano en estasis en un laboratorio abandonado de los Goa'uld y lo llevan de vuelta a la Tierra para estudiarlo, donde descubren que fue creado utilizando el ADN de Anubis.

The SGC is approached by an Al'kesh bomber which lets itself be taken down, so they can capture Ba'al, who offers to exchange the necessary information to find Merlin's weapon for human help to eliminate his clones, which want to kill him. They mistrust his story, as does NID Agent Malcolm Barrett, who, however, fails to take over the investigation. Since the captive might actually be a clone, several missions to different planets retrieve and capture all clones, but which is the real Ba'al, and what are his true intentions?

SG-1 destruye tres naves de transporte seguidas; Netan pone precio a sus cabezas. El General Landry otorga tiempo libre a los miembros del equipo en la Tierra. Daniel lo aprovecha para investigar en una biblioteca, donde conoce a una cazadora de recompensas que intenta seducirlo, luego saca su arma... pero es atropellada por un autobús. Sam da una conferencia sobre el progreso tecnológico de la Fuerza Aérea junto al Dr. Bill Lee; un francotirador casi falla, pero es eliminado con un arma experimental que habían llevado para demostrar. Teal'c resulta herido por sorpresa en un campamento Jaffa y logra atrapar al asesino para intentarlo de nuevo. Cam va a su reunión de secundaria en Kansas y Vala logra convencerlo de llevarla, haciéndose pasar por su contadora y socia. Su antigua llama, todavía atractiva, Amy Vandenberg, a quien creía fuera de su alcance, al principio es asustada por Vala, pero, divorciada e interesada, explica que todavía tiene un secreto enamoramiento por él. El cazador de recompensas alienígena Odai Ventrell asume la apariencia de numerosos compañeros de clase para matarlo. El intento de rescate de Vala fracasa y ambos son capturados públicamente, por lo que él amenaza con matar a los invitados de la reunión a menos que los demás miembros de SG-1 ocupen su lugar, pero lo engañan usando tecnología Chimera; esperan que el fracaso de Netan en eliminarlos reavive la lucha de poder y Odai reacciona de manera sorprendente.

Teal'c and Bra'tac are among the numerous victims -though only wounded- of several bomb attacks killing 32 men at a summit in the Jaffa settlement Dar Eshkalon. As soon as physically able, Teal'c swears to avenge them personally, suspecting the honor-less, ambitious warrior Arkad; General Landry refuses to sanction a killing mission without solid proof, but cannot stop Teal'c from going it alone. Bra'tac explains Arkad's sinister past to Daniel, including the possibility of murdering Teal'c's mother. Information from the resistance on another planet indicates Arkad is in league with the Ori and plans to attack Earth. Arkad comes to meet General Landry, offering to help defend Earth against the Ori, denying any part in the bombings, while defending Origin, incriminating a Jaffa sect. SG-1 is now ordered to find and stop at all cost Teal'c, who is using torture. But Teal'c, committed to killing Arkad, reaches his place, but is wounded, captured, and made to duel Arkad after it is confirmed he had killed Teal'c's parents.