Buscando la alianza Toidariana, Yoda viaja a una luna neutral a encontrarse con el rey Gadunko y asi poder llegar a un acuerdo para formar una base en Toidaria, sin embargo, Dooku y los separatistas interceptan la nave de Yoda, obligandolo a escapar en un Pod de vida. Ventress y Dooku intentan convencer a Gadunko de una alianza, sin embargo Yoda manda una señal para reportarse, ante esto, Ventress inicia una apuesta: mandar a sus mejores tropas para asesinar a Yoda y a los 3 clones que lo acompañan, si Yoda vuelve con vida, Gadunko se unirá a la republica, pero si pierde, se unirá a la causa separatista.

Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape

Anakin y Ashoka se dirigen a lanzar un ataque en los bombardeadores Y-Wing contra el malevolencia, el cual se dispone a atacar una estacion médica, que enfrenta un problema al tener poco tiempo para evacuar. Con el proposito de llegar antes, Anakin guia al escuadron sombra atravez de una nebulosa, que sin embargo esta repleta de mantarrallas gigantes.

El Malevolencia se encuentra en retirada, sin embargo su hipervelocidad está desactivada. Para poder parar los ataques de la República, Palpatine envía a la senadora Amidala con la mentira de firmar un tratado con los separatistas. Grievous atrapa inmediatamente a su rehén, haciendo frenar el fuego republicano. Anakin y Obi-Wan deciden ir a salvarla y aprovechar la ocasión para destruir el Malevolencia saboteando su hipervelocidad.

La falta de soldados de la republica, ha obligado a jovenes clones a participar en la guerrra antes de terminar su entrenamiento intensivo, aprovechando la situacion, Grievous lanza una invasión a Kamino, para lo cual, primero, requiere invadir una base en una luna, cuando el grupo de reclutas que la controla se ve obligado a escapar Rex y Cody llegan a dar una inspección, tras darse cuenta de lo ocurrido, se encuentran con los reclutas y se disponen a defender la base.

Justo cuando Grievous se dispone a atacar a la flota de Anakin, este lo embosca con ATTEs detras de los asteroides que Grievous creía, lo protegían. Ante la caida de sus naves, Grievous se da a la fuga, Anakin intenta perseguirlo, pero un fragmento de metal se entierra en su nave, haciendola salir de control y estrellandolo en los asteroides, cuando este despierta en un hospital, Ashoka le informa que R2 se ha ido. Anakin informa a Obi Wan sobre el problema: La memoria de R2 aún contiene las localizaciones de sus bases y tacticas de guerra, para evitar riesgos Obi Wan ordena a Anakin que busque a R2, para ayudarlo, Ashoka consigue un R3.

R2-D2 logra enviar un mensaje a la nave de Anakin. Mientras tanto el tradoshano lleva a R2 a la estación de espionaje Skytop. Anakin y Ahsoka se infiltran en ésta: Anakin va en busca de R2 y Ahsoka y Rex son atacados por Grievous quien fue alertado por R3 (quien era un espía)

Padmé se dirige en una misión democrática a Rodia, pero es traicionada y emboscada. El virrey mismo ha llegado al planeta para ejecutarla, sin embargo, confunde a Jar Jar con un Jedi y ordena a sus droides a asesinarlo. Jar Jar logra escapar pero destruye la nave de Padmé, quien escapa de la prisión tras engañar a los droides. Ahora Jar Jar tendrá que llegar con Padmé mientras C-3PO intenta contactar a la armada y Padmé trata de convencer al líder de Rodia de seguir con la república.

Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único superviviente.

Anakin está gravemente herido en la batalla, y la general Jedi Aayla Secura debe enseñar a Ahsoka la filosofía Jedi de no tener ataduras personales. Después la general, Ahsoka y unos clones buscan ayuda médica para el caballero Jedi en el hostil planeta donde se estrellaron, donde hay algunos seres indeseados.

Anakin se encuentra en recuperacion, y Aayla, Ahsoka, Rex y Bly se quedan con los aldeanos Lurmen. Mientras rex monta guardia descubre el aterrizaje de una nave droide, los lurmen no estan de acuerdo en usar la violencia para combatir esta nueva arma separatista, y se dejan oprimir por los androides, al no poder permitir esta situacion, Anakin, Aayla y Ahsoka protejen la aldea con un escudo para combatir a los androides ya que tienen nueva arma y que la provaran en este planeta.

Anakin y Obi-Wan van a investigar la pérdida de comunicaciones con una base y encuentran a todos muertos. No tardan en descubrir que esto fue causado por una tribu que reclama al planeta como su territorio, y otra especie más civilizada que lo reclama como suyo, ahora los Jedi deben resolver este conflicto, por las buenas o por las malas.

Anakin y Obi-Wan descubren pruebas de que hay un traidor entre sus filas al intentar llevar las fuerzas de la República para liberar al planeta de Christophsis de un asedio separatista.

Padmé y Jar Jar son capturados mientras buscaban un laboratorio secreto separatista de armas biológicas. Anakin, Obi-Wan y Ahsoka van a intentar salvar a sus amigos y poner fin a la liberación de un virus mortal.

El virus de la sombra azul es liberado, infectando a Ahsoka, Padmé, el capitán Rex y muchos clones más. Anakin y Obi-Wan tienen sólo 48 horas para encontrar el antídoto en un planeta misterioso.

Ahsoka Tano desobedece las órdenes de su maestro Anakin Skywalker, y en el intento pierde la mitad de su escuadrón. Afortunadamente Anakin llega a tiempo para ayudar a su Padawan, y darle su merecida lección con respecto al merecido respeto a la autoridad, además de darle una oportunidad para que le haga caso y se arrepienta.

Para sabotear una poderosa arma separatista, Obi-Wan y una pequeña fuerza clon entran en una ciudad ocupada, y descubren que sus residentes se están utilizando como un escudo viviente.

Con sus fuerzas, Mace Windu debe convencer al luchador Twi'lek por la libertad de Cham Syndulla para ayudar a salvar la ciudad capital de la destrucción en manos de los robots.

Cad Bane, un mercenario contratado por Ziro el Hutt, toma el senado y con él, a varios senadores (incluyendo a Padmé) para usarlos como rehenes. Ahora Anakin deberá esforzarse para rescatarlos antes de que algo malo pueda ocurrir.

Anakin y Ahsoka interceptan a la nave de Cad Bane intentando recuperar el holocrón Jedi robado. Pero los Jedi han subestimado las tácticas estrategicas del cazarrecompensas.

El consejo Jedi le pide a la senadora Padmé Amidala que investigue la posible existencia de un espía separatista en el senado.

Anakin, Ahsoka y Ki-Adi-Mundi dirigen un ataque masivo contra Geonosis con el objetivo de destruir una fábrica de droides.

Anakin Skywalker y Luminara Unduli destruyen un nuevo tipo de tanques enemigos mientras Ahsoka Tano y Barriss Offe se encargan de destruir la Fábrica de Droides Principal.

Durante la búsqueda de la desaparecida maestra Jedi Luminara Unduli, los Jedi quedan atrapados en una antigua prisión subterránea llena de guerreros zombie.

Los gusanos controlacerebros, controlando un grupo de clones, toman la nave de suplementos de la República. Ahora Barriss y Ashoka deberán detener a los clones para no desatar una plaga a nivel galáctico.

Cuando la flota de Eeth Koth es derribada por Grievous, el Maestro Jedi es capturado y torturado por el droide. Pero lo que el cyborg quiere es atraer a los Jedi y lo logra ya que Obi-Wan, Anakin y Adi Gallia dirijen una misión para salvar al Maestro Koth.

Obi-Wan Kenobi encabeza un grupo de soldados clones para buscar el General Grievous. Mientras tanto, Rex se encuentra con un desertor clon llamado Cut Lawquane y comienza a evaluar la razón de su lucha.

Un soldado clon novato lucha, junto al capitán Rex y a Anakin Skywalker, por detener un peligro que amenaza a la República entera.

En Malaster los Jedi Anakin Skywalker y Mace Windu prueban una nueva arma. Pero las consecuencias son fatales cuando la bestia Zillo despierta tras las consecuencias de una gran explosión.

Cuando la República se entera de un inminente ataque de los Separistas en Kamino, Anakin Skywalker y Obi-Wan Kenobi van rápidamente a la defensa del planeta, que contará con la ayuda de la maestra Jedi Shaak Ti, aunque el General Grievous y Ventress no se lo pondrán nada fácil a los Jedis.

En la segunda Batalla de Ryloth, Bail Organa y Jar Jar Binks van a Toydaria, y piden ayuda al rey Kattunko para poder enviar suministros al planeta, que se muere de hambre.

La familia del presidente Papanodia es secuestrada y detenida para el rescate. Ahsoka debe formar su equipo con el senador de Pantora, Riyo Chuchi, para ayudar al nuevo presidente en la recuperación de su familia antes de que la Federación de Comercio indebidamente pueda influir en el futuro de su planeta.

Ashoka acompaña a la senadora Amidala a visitar a su antigua mentora, Mina Bouteri, que acompañó a Padmé en su infancia en Naboo. Pero Mina Bouteri es separatisata. Padmé viaja a Raxus a negociar la paz para evitar que se inviertan más fondos en la creación de clones pero el conde Dooku, que se entera de que los separatistas estan negociando a espaldas de él y sus compinches del Clan Bancario y de la Tecno-Unión, junto con el general Grievous traman un atentado…

Dooku planea eliminar a su propia aprendiz Asajj Ventress, y entonces ella quiere vengarse de Dooku.

Anakin y Obi-Wan, que han sido enviados a localizar a la misteriosa asesina detrás de la muerte de varios Jedis, pronto se encuentran en el camino el monstruoso aprendiz que Ventress ha creado: Savage Opres. Sin embargo, Dooku y Asajj también descubren que este nuevo aprendiz tiene voluntad propia…

Con la ayuda de R2-D2 y un escuadrón de droides de batalla capturados, un equipo de élite de Jedis y soldados clon encabezados por Obi-Wan Kenobi y Anakin Skywalker van en una misión para liberar a al maestro Jedi Even Piell de una prisión separatista.

Con los presos liberados y el guardián intentando desesperadamente impedir que se los lleven, Obi-Wan y Anakin buscan una manera de salir de la ciudadela y volver a Coruscant. La prisión, sin embargo, tiene más trampas, peligros y riesgos en el almacén peor de lo que habían imaginado y deben trabajar más allá de sus diferencias para poder escapar.

Mientras que buscan la manera de salir de la cárcel de la Ciudadela, la nave del equipo de élite de Jedis es destruida, lo que les obliga a esperar a que los rescaten la flota de la República. En el camino al punto de encuentro se encuentran con las ondas de los escuadrones de droides, que tienen que luchar con el fin de evacuar a los presos liberados y guardar la información que poseen.

Mientras la República se enfrenta a las Fuerzas Separatistas en el planeta Felucia, la Padawan Ahsoka Tano es secuestrada por un raza llamada Trandoshanos. Ahsoka es llevada a un planeta distante para ser cazada como deporte. Mientras tanto Anakin Skywalker no se dará por vencido e intentará encontrarla.

Un gobierno es derrocado por una guerra civil. Rehusando aceptar al príncipe Lee-Char como el siguiente gobernante de Mon Calamari, la raza Quarren se une a los separatistas, que arrojan un ataque total contra los Mon Calamari. Desprevenidos, el joven príncipe y sus protectores Jedi son rápidamente superados y forzados a retirarse en unas cuevas muy por debajo de la ciudad capital, dejando al conde Dooku y sus aliados planear el próximo movimiento.

Un último grito de esperanza. Tras el asesinato de su padre y la caída de su planeta bajo una guerra civil planetaria, el príncipe Lee-Char de Mon Calamari se esconde con la padawan Ahsoka Tano como su única protectora. Con sus ejércitos capturados y sus amigos en prisión, la situación parece sin esperanza para el príncipe. El conde Dooku ordena a su siniestro agente Riff Tamson que utilice los medios necesarios para sacar al príncipe Lee-Char fuera de su escondite, ya que sabe que se mantendrá la esperanza mientras el príncipe esté vivo.

Como que la guerra continúa dividiendo la galaxia, los planetas se empiezan a volver peones en un juego de ajedrez peligroso. Uno de estos planetas es Naboo, donde el sufrimiento y los disturbios civiles amenazan las relaciones que antes eran amistosas entre la gente de la superficie y los Gungans que habitan bajo el agua. Los rumores de que los Gungans planean ayudar a los separatistas en hacer un ataque a la ciudad de Theed fuerzan a la senadora Padmé Amidala en ir, acompañada del general y maestro Jedi Anakin Skywalker.

En una misión humanitaria pacífica al planeta Aleen, R2-D2 y C-3PO sin querer se encuentran inmersos en una aventura más allá de su comprensión. Después de resolver la crisis van al crucero de la maestra Adi Gallia, que vuelven a casa para evitar un ataque separatista.

Las fuerzas de la República luchan para conquistar Umbara, un planeta hostil completamente envuelto en la oscuridad. El general Jedi Pong Krell y el capitán Rex lideran un batallón contra ataques constantes de un enemigo brutal. Las estrategias agresivas y temerarias de Krell son precipitadas, que hacen matar a muchísimos clones. A pesar de las tácticas tan peligrosas del general, el escuadrón del capitán Rex captura con éxito una base aérea crítica. Esto incrementa la desconfianza en el liderazgo de Krell, creando una división entre sus hombres.

Un planeta muy pacífico. La colonia de artesanos del planeta Kiro había creado una sociedad sin armas. En lugar de la guerra, perseguían el arte y la belleza. Pero con las guerras de clones, incluso los mundos amantes de la paz son forzados aparentemente a elegir un bando.

En un esfuerzo por finalizar el gran conflicto galáctico, se hará la primera reunión nunca celebrada entre la República y los Separatistas. Y el planeta Mandalore es escogido como territorio neutral para esta precaria reunión. Las tensiones son altas por lo que se espera de las negociaciones.

El conde Dooku invita a algunos de los mejores cazarrecompensas de la galaxia, incluyendo Cad Bane y aún el camuflado Obi-Wan, para competir en una carrera de obstáculos conocida como "La caja", con la participación en el complot para secuestrar al canciller Palpatine y como recompensa la supervivencia. Después de enfrentarse a muchos desafíos en la caja, Obi-Wan sobrevive, junto con Cad Bane y cuatro cazarrecompensas más. Cad Bane es nombrado por Dooku para dirigir la operación de secuestro contra Palpatine en Naboo.

El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi. Con los cazarrecompensas bajo la custodia de la República Obi-Wan quiere volver a su ser original. Lo que Obi-Wan no se dio cuenta fue que Dooku le estaba escuchando cuando alertó a Mace Windu y Anakin Skywalker. Dooku intenta de nuevo más tarde secuestrar a Palpatine cuando está solo con Anakin. Obi-Wan se da cuenta, y Anakin y Obi-Wan luchan contra Dooku mientras protegen al canciller. Dooku se escapa de Naboo, dejando a Anakin y Obi-Wan con Palpatine.

El conde Dooku está decidido a vengarse de las Hermanas de la noche de Dathomir después de su traición con Savage Opress. El general Grievous lanza un ataque de droides contra las brujas, y la Madre Talzin convence a Asajj Ventress para reunirse con las Hermanas de la noche después de que las abandonó años atrás. Ventress y la Madre Talzin lideran la defensa de todos los poderes oscuros a su disposición. Después de una pelea con Grievious, Ventress acaba herida en el hombro. Todas las Hermanas de la noche son asesinadas excepto la Madre Talzin y Ventress, quien se aflige por la muerte de sus hermanas.

Savage Opress finalmente encuentra a su hermano perdido hace mucho tiempo, y resulta ser el ex Lord Sith llamado Darth Maul. Su cuerpo ahora es un aparato medio cibernético en forma de araña, que ha estado viviendo en un estado de locura en un planeta del Borde Exterior.

En el mundo separatista de Onderon, un grupo de rebeldes piden la ayuda de los Jedi. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan van a entrenar a los rebeldes para luchar, y ven que el ex separatista de la guardia de la muerte, el terrorista Bonteri está entre ellos.

Ahsoka toma el mando del ejército rebelde en Onderon mientras la primera batalla por la capital se lleva a cabo.

Mientras los rebeldes en Onderon van avanzando más, los separatistas traen sus refuerzos para acabar con ellos.

Gran parte del pueblo de Onderon se une con el Rey Dendup, el verdadero rey de Onderon, contra el Rey Rash, falso rey de Onderon y representate de los separatistas, y el ejército separatista. Mientras tanto, Ahsoka, Lux, Saw, Steela y los rebeldes se preparan para el último ataque contra los droides.

Con Ahsoka Tano capturada por los piratas, los aprendices Jedi trabajan juntos para infiltrarse en la guarida de los piratas, usando su ingenio y valentía para engañar a Hondo Ohnaka y lanzar un audaz rescate.

Los piratas persiguen a los Jedis y consiguen capturarlos y derribar su nave, pero cuando se acercan a la base pirata se encuentran con que los droides de Grievous la han capturado y con ella a Hondo y sus hombres. De esta forma se unen Jedis y piratas para rescatar a Hondo y huir del sistema. Al final los piratas dejan a los aprendices y a Ahsoka en una de las naves de Obi-Wan.

R2-D2 y otros droides de la República reciben una misión para devolver un holocrón encriptado en manos de los separatistas.

D-Squad y el coronel Gascon descubren que Abafar, el planeta en donde se encuentran atrapados, es controlado por los separatistas, pero también descubren un comando clon de la República llamado Gregor, quien ha estado varado también en el planeta. Deben trabajar juntos para salir del planeta de forma segura.

D-Squad descubre que el crucero está cargado con explosivos y se dirigen a una estación espacial que tendrá lugar un congreso de la República.

El cadete clon Tup está sufriendo un trastorno neurológico grave porque causó la muerte de un maestro Jedi. Tratando de encontrar los motivos del asesinato, Anakin acompañando a Tup de vuelta a Kamino para el examen, pero luego son atacados por los Separatistas…

Después de haber hecho un trato con el Conde Dooku, Clovis se encuentra exhausto en la guerra. Como que era él quien trajo la guerra a su planeta de origen, Scipio, la República está obligada a intervenir.

El Capitán Rex y Bad Batch deben infiltrarse en una base enemiga en Anaxes. Es el final de las históricas Guerras Clon, ya que las fuerzas de la oscuridad han acumulado un gran poder en su intento de transformar la República en el Imperio Galáctico. Con la República en una racha perdedora, el Capitán Rex teme que los Separatistas estén usando datos robados para ayudar a predecir cada movimiento del Gran Ejército. A medida que se avecina la amenaza de la derrota, Rex se asocia con Clone Force 99 experimental, también conocido como Bad Batch. Juntos, se embarcan en una misión de alto riesgo detrás de las líneas enemigas para descubrir la verdad detrás de las victorias separatistas en "The Bad Batch".

¡Una misteriosa señal en vivo lleva al General Jedi Anakin Skywalker, al Capitán Rex y al Bad Batch a una instalación de Techno Union donde hacen un descubrimiento impactante! Obtienen más de lo que esperaban cuando se encuentran atrapados por las fuerzas separatistas en "un eco distante".

El Jedi Anakin Skywalker y los clones escapan de la trampa de Wat Tambor y ayudan a defender una aldea local contra un ataque ordenado por el almirante separatista Trench.

Mientras Jedi Mace Windu y Obi-Wan Kenobi lideran un ataque contra las fuerzas separatistas en Anaxes, Bad Batch y Anakin Skywalker se infiltran en una nave espacial enemiga para asegurar la victoria de la República.

Anakin y Obi-Wan deben decidir si ayudar a Ahsoka a perseguir a Maul o rescatar a Palpatine.

Ahsoka lidera a los clones de la República para enfrentarse a las fuerzas de Maul en Mandalore, mientras que Maul siente el inminente caos y realiza una jugada calculada para garantizar su propia supervivencia.

Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único superviviente.

El conde Dooku está decidido a vengarse de las Hermanas de la noche de Dathomir después de su traición con Savage Opress. El general Grievous lanza un ataque de droides contra las brujas, y la Madre Talzin convence a Asajj Ventress para reunirse con las Hermanas de la noche después de que las abandonó años atrás. Ventress y la Madre Talzin lideran la defensa de todos los poderes oscuros a su disposición. Después de una pelea con Grievious, Ventress acaba herida en el hombro. Todas las Hermanas de la noche son asesinadas excepto la Madre Talzin y Ventress, quien se aflige por la muerte de sus hermanas.

Cuando la flota de Eeth Koth es derribada por Grievous, el Maestro Jedi es capturado y torturado por el droide. Pero lo que el cyborg quiere es atraer a los Jedi y lo logra ya que Obi-Wan, Anakin y Adi Gallia dirijen una misión para salvar al Maestro Koth.

Como que la guerra continúa dividiendo la galaxia, los planetas se empiezan a volver peones en un juego de ajedrez peligroso. Uno de estos planetas es Naboo, donde el sufrimiento y los disturbios civiles amenazan las relaciones que antes eran amistosas entre la gente de la superficie y los Gungans que habitan bajo el agua. Los rumores de que los Gungans planean ayudar a los separatistas en hacer un ataque a la ciudad de Theed fuerzan a la senadora Padmé Amidala en ir, acompañada del general y maestro Jedi Anakin Skywalker.

Anakin y Ashoka se dirigen a lanzar un ataque en los bombardeadores Y-Wing contra el malevolencia, el cual se dispone a atacar una estacion médica, que enfrenta un problema al tener poco tiempo para evacuar. Con el proposito de llegar antes, Anakin guia al escuadron sombra atravez de una nebulosa, que sin embargo esta repleta de mantarrallas gigantes.

El Malevolencia se encuentra en retirada, sin embargo su hipervelocidad está desactivada. Para poder parar los ataques de la República, Palpatine envía a la senadora Amidala con la mentira de firmar un tratado con los separatistas. Grievous atrapa inmediatamente a su rehén, haciendo frenar el fuego republicano. Anakin y Obi-Wan deciden ir a salvarla y aprovechar la ocasión para destruir el Malevolencia saboteando su hipervelocidad.

Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape

Mientras que buscan la manera de salir de la cárcel de la Ciudadela, la nave del equipo de élite de Jedis es destruida, lo que les obliga a esperar a que los rescaten la flota de la República. En el camino al punto de encuentro se encuentran con las ondas de los escuadrones de droides, que tienen que luchar con el fin de evacuar a los presos liberados y guardar la información que poseen.

Los piratas persiguen a los Jedis y consiguen capturarlos y derribar su nave, pero cuando se acercan a la base pirata se encuentran con que los droides de Grievous la han capturado y con ella a Hondo y sus hombres. De esta forma se unen Jedis y piratas para rescatar a Hondo y huir del sistema. Al final los piratas dejan a los aprendices y a Ahsoka en una de las naves de Obi-Wan.