Al líder suliban Silik (John Fleck) su misterioso comandante del futuro le quita los ojos y lo amenaza con deshacerse de él y no devolvérselos si no tiene éxito en su siguiente misión. La Enterprise pasa cerca de un vivero estelar y el capitán Archer decide aproximarse para mantener contacto y saludarlos. El primer contacto es con una nave que escolta a un grupo de individuos profundamente espirituales en su peregrinaje a la gran llama de Agosoria. Cada once años una protoestrella emite una explosión de neutrones y esos “caballeros” creen que eso es algo sagrado. Ocurrirá en un día y Archer pide permiso para acompañarlos y los invita a cenar en la Enterprise aunque el capitán Fraddock (Michael O'Hagan) prefiere quedarse en su nave. Cuando los invitados llegan son bien recibidos por la tripulación con el capitán Archer al frente, Prah Mantoos (Joseph Hindy) uno de los visitantes es el primero en saludar aprendiendo a hacerlo dando la mano y les explica que han viajado muchos años luz para ver el acontecimiento. Además les traen uno presentes, un reloj que cuenta el tiempo desde el origen del universo y un licor. Los invitados visitan la nave pero uno de ellos vemos que es capaz de “dislocarse” un brazo para acceder a uno de los tubos y arrancarlo. El capitán Fraddock les advierte contra la tormenta de plasma que se aproxima y es mejor que intenten rodearla. Mientras el doctor Phlox explica a los invitados su trabajo. Las turbulencias aumentas y se quedan sin electricidad en la cubierta C mientras la tormenta se aproxima y les cuesta bordearla. Además se produce una sobrecarga en los reles de impulso y las anomalías no paran de aparecer en la nave mientras pierden potencia. Pero algo ha pasado que ha evitado que los daños fueran mayores y explotase el reactor. Uno de los visitantes no es quien dice ser, es Silik, pero les ha salvado, y más adelante el capitán descubre que Daniels (Matt Winston), el hombre que le sirve el desayuno, no

Cuando Archer y Meryweather despiertan, se encuentran rodeados de prisioneros y de Sulibans. Pronto descubren que los Suliban no son más libres que ellos mismos. En este campo de prisioneros, que no es el único que existe, hay retenidos 89 Suliban, que no han hecho nada malo, sólo que eligieron unos padres equivocados. Allí viven niños a los que los padres reparten en dos partes del campo, "por su propia seguridad". Cuando el oficial al mando del campo comienza a hacer preguntas a Archer sobre la Cabal y a presionarle, ambas partes, hombres y Suliban, han de dejar de lado sus prejuicios, y comienza una espectacular operación de salvamento...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Las constantes vitales de T'Pol siguen aumentando, lo que en opinión de Phlox significa que si no se encuentra una cura mejor, ella morirá. Afortunadamente, hay una conferencia donde están reunidos médicos procedentes de muchos planetas. Allí, Phlox espera obtener una solución de los Vulcanianos. Pero T'Pol cree que es muy peligroso hablar sobre su enfermedad, ya que, si se sabe que ella está enferma, quedará marcada para siempre con el estigma...

La Lanzadera Uno sale sin tripulantes al espacio. Hoshi intenta ponerse en contacto con ella, pero, al no obtener respuesta, abandona. Reed descubre que las armas de la nave han sido disparadas, y que el sistema principal de energía, la gravedad artificial y los sistemas para mantener la vida han sido desconectados, aunque no hay bioseñales de vida. Cuando examinan la lanzadera, descubren restos de sangre de Tucker y Archer, quienes se encuentran encadenados en una nave camino de una colonia penitenciaria: Canamar.

Un equipo de investigación ártica en la Tierra descubre los restos de una nave alien, de casi un siglo atras, enterrado en un glaciar junto con los cuerpos de dos humanoides cibernéticos. Una vez que estos seres se deshielan para investigarlos, vuelven a la vida y raptan a los científicos y se escapan en su nave. La enterprise debe interceptarlos, pero el Capitán y su tripulación descubren que estos cyborgs son un enemigo terrible.

Un cazador Tellarite captura a Archer para devolverlo a los Klingons a cambio de un premio importante. Entretanto, T'Pol se infecta con un patogeno alien que libera las emociones vulcanas primitivas.

Una sonda proveniente de una fuente alien desconocida libera un ataque que devasta la Tierra. La nave es llamada, y camino a casa el Capitán Archer descubre que los perpetradores vienen de una región del espacio conocida como la Expansión de Delphicun lugar donde cosas muy raras pasan, y de que algunas naves que entran nunca retornan. Starfleet debe decidir ahora si arriesgarse enviando los NX-01 a la Expansión de Delphic para prevenir un posible segundo ataque.

Archer y la tripulación buscan mas información sobre la nueva raza hostil, los Xindi.

La Enterprise está a punto de una confrontación con los Xindi cuando de pronto toman a una extraña pasajera, una hermosa esclava Rajiin.

Archer, Reed y el Mayor Hayes se infiltran en una colonia minera Xindi con el objeto de descubrir el arma de destrucción masiva que usarán contra la tierra.

Después de finalizado el conflicto todos deberán enfrentarse a los resultados de sus acciones durante la guerra Xindi. T'Paul y Trip viajan a Vulcano. Ella debe reconsiderar su relación con su prometido Koss.

T'Pol y Archer encuentran a los Syrrannites (una facción religiosa). Archer se entera de los planes del alto mando vulcano de iniciar un ataque contra Andoria, lo que sumergiría a la Tierra en un conflicto interplanetario.

T'Pol, Archer y T'Pau van en busca del Kil'Shara, el objeto que contine las escrituras sagradas de Surak. Cuando lo llevan de regreso a la capital Vulcana se encuentran en medio de un pleito entre naves militares vulcanas y andorianas.

En un universo paralelo y como segundo a bordo, Archer y la tripulación de la Enterprise inician un motín contra el capitán Forrest para apoderarse de una nave terrestre en el espacio Tholiano.