Tras décadas de estancamiento, la Humanidad se dispone a investigar el Universo. La tripulación del Enterprise NX-01, al mando del capitán Jonatahan Archer (Scott Bakula), parte en su viaje espacial, con gran disgusto de la Vulcaniana, que considera que la Humanidad no está preparada. A la tripulación se une la subcomandante T'Pol (Jolene Blalock), una vulcaniana cuya relación con el capitán es en un primer momento algo más que tirante. También conoceremos en este capítulo a la alférez Hoshi Sato (Linda Park) la oficial de comunicaciones, al comandante Charlie 'Trip' Tucker III (Connor Trinneer) el jefe de ingeniería, al oficial médico jefe el doctor Phlox (John Billingsley), al alférez Travis Mayweather (Anthony Montgomery) el timonel y al teniente Malcolm Reed (Dominic Keating) encargado de las armas de la nave. La misión del Enterprise es transportar a un Klingon herido a su planeta, después del primer contacto de éstos con los humanos. Pero los Suliban raptan al Klingon . La tripulación del Enterprise dispuesta a rescatar a su pasajero llega al sistema Rigel, último sistema visitado por su pasajero Klang (Tommy "Tiny" Lister, Jr), para buscar información sobre sus captores, el equipo de descenso es capturado por ex soldados Sulivan, estos eran el contacto de Klang en Rigel, estos explican a Archer la situación del Imperio Klingon y la misión de Klang, son atacados y han de salir por piernas de rigel, esto les sirve para encontrar la base de los Sulivan, donde probablemente se encuentre Klang, intentara rescatarlo, pero ¿a que precio?

Tras dos semanas en su primera misión de exploración del espacio profundo, el equipo de Enterprise todavía está adaptando su nave y preparándose para un primer contacto con otra civilización. El Enterprise en su búsqueda de otras especies sólo había logrado encontrar a un gusano que permanece en la enfermería por su mal estado y al que buena parte de la tripulación y en especial Hoshi le ha tomado mucho cariño. Pero el primer contacto aparece ante sus ojos en forma de una nave espacial. T'Pol, como buena vulcana, no siente gran interés por introducirse en la anve a investigar ya que no responde a sus llamadas pero el capitán decide investigar lo que allí ocurre. Entran en la nave y hallan unos humanoides muertos, que parecen haber sido víctimas de crueles experimentos. Hoshi es presa del pánico y quiere que el Enterprise regrese a la Tierra, pero Archer quiere continuar. Poco después son atacados por otra nave extranjera que parece querer llevarlos a la misma situación que los humanoides que habían encontrado. Sin torpedos (vieja versión de los legendarios torpedos fotónicos) y sin velocidad warp están perdidos hasta que aparece una segunda nave similar a la que habían investigado y donde encontraron a la tripulación muerta; pero no consiguen hacerles entender que ellos no son los culpables de estas muertes sino unas futuras víctimas sin su ayuda.

La Entreprise lleva tres semanas viajando cuando descubren un planeta de clase Menshara (viable para formas de vida humanoides). Se trata de un lugar idílico con abundante vegetación y bonitos paisajes que además presenta una atmósfera compuesta por un 17% de oxígeno y un 81% de nitrógeno igual que La Tierra, por lo que deciden explorarlo buscando vida o cualquier clase de huella de ella. Un equipo de investigación con una entomóloga llamada Elizabeth Cutler (Kellie Waymire), Ethan Novakovich (Henri Lubatti), Travis, Tucker, T'Pol y el capitán, embarca en un trasbordador dirigiéndose al planeta. También viaja con ellos Porthos, el perro de Archer. Tras varias peticiones deciden quedarse allí a pasar la noche acampados todos menos el capitán y tras unas cuentas historias de miedo al lado de la hoguera, los campistas se retiran a sus tiendas, pero no pueden dormir mientras que un vendaval repentino y feroz las envuelve. Ethan cree escuchar a alguien fuera de las tiendas. Retirándose a la seguridad de una caverna que habían encontrado aquella tarde a medio kilómetro se dan cuenta que han dejado atrás la comida y Travis se ofrece a ir a buscarla. Golpeado por el virulento viento y envuelto en la oscuridad llega al lugar donde habían acampado y allí puede apreciar a tres formas humanoides antes de regresar a la seguridad de la cueva. T'Pol sugiere que Mayweather imaginaba las figuras, Novakovich oye voces y entra en pánico por lo que quiere escapar de la cueva cuanto antes. Todo ocurre por un agente alucinógeno que les hace ver a seres extraños extraños, y a T'Pol como una traidora.

Mientras el capitán Archer se ducha comienzan a surgir problemas con los paneles de gravedad de la cubierta E que son subsanados rápidamente. Otros problemas surgen con la comida, con la temperatura, fluctuaciones de energía, etc. El jefe de ingeniería Trip Tucker determina que el flujo del extractor del plasma de la nave está siendo limitado por alguna razón afectando a muchos sistemas de la nave. Salen de velocidad warp y T'Pol localiza una distorsión en la estela de la nave que les hace encontrar una nave camuflada en su estela. Al descubrirlo entran en contacto con ellos contestan distanciándose como les ordenaron y solicitando que no les ataquen. Explican que sus motores están averiados y los utilizaban para poder viajar. Al desconectar el sistema de camuflaje muestran su buena voluntad. Trip debe ayudar a la nave extraterrestre durante tres días en las reparaciones a las que ha de someterse arreglando sus problemas de propulsión. Pero antes de entrar ha de pasar un periodo de decomprensión que le hace pasar bastante mal rato. En la sala de máquinas empieza a encontrarse mal, con falta de concentración y síntomas de fiebre, y Trena'l (Randy Oglesby), el capitán de la otra nave, aconseja que el ingeniero descanse para así poder aclimatarse mejor. Archer le ordena dormir por lo menos una hora y Trip cumple la orden a regañadientes. Cuando despierta se encuentra bastante mejor y charla amigablemente con una de las alienígenas de la otra nave, la ingeniera Ah'len (Julianne Christie), pero al tocarse saltan chispas entre ambos y ella le explica que es algo normal. Su nueva amiga le muestra su planeta Vera mediante un holograma, hasta la tierra del suelo parece real gracias a fotones resecuenciados; la imagen cambia y están en el mar en un bote , allí le invita a jugar con un bol lleno de gránulos donde ambos sumergen las manos (hacen falta 4 manos para jugar) y les permite leerse las mentes. Regresa a la Enterprise encantado con lo que ha

La nave Fortunate, capitaneada por el capitán Keene (Charles O. Lucia) es atacada por los nausicanos y el alto mando, personificado en la persona del almirante Forrest (Vaughn Armstrong), se pone en contacto a las cuatro de la mañana con el capitán Archer para que de la vuelta y ayude al carguero Fortunate ya que no saben nada de ellos y la Enterprise es quien puede llegar primero para ayudarlos. El Fortunate es un carguera clase Y con una velocidad máxima de warp 1,8 y 23 tripulantes adultos. Equipados con un pequeño cañón de plasma y algún posible refuerzo. La Enterprise llega al lugar y detectan el reactor desactivado y los sistemas sin funcionar. Deciden abrir un canal de comunicación pero no reciben señal ni respuesta a pesar que detectan 24 bioseñales. Acuden a bordo en una lanzadera y ya aproximándose encuentran restos de varias naves pero no se detectan cuerpos, solo materia inorgánica en esos restos. Ya a bordo de la nave gracias a una escotilla no dañada se encuentran con varios tripulantes, el primer oficial Matthew Ryan (Lawrence Monoson) entre ellos. Es ahora el capitán de la nave ante el mal estado de Keene y quien les informa que han sido atacados por piratas nausicanos. Dicen no necesitar ayuda y que la señal de SOS ha sido un ataque de nervios de uno de los tripulantes. Tras la insistencia se dejan ayudar ya que tienen varios heridos. Pero esconden un gran secreto, ya que en una de las bodegas tienen a un prisionero nausicano del que quieren obtener las claves de las frecuencias de la modulación de los escudos de la nave nausicana.

En un almuerzo de negocios con un comerciante que intenta vender seda a T'Pol, surge en la conversación un planeta donde aquél ha encontrado una nave. Al no ver signos de vida, se acercó para echar un vistazo y se dio cuenta que allí había todo lo que la tripulación necesita. Por diez kilos de café estaría dispuesto a darle las coordenadas. ¿Por qué no se las llevó él mismo? Porque la tripulación se lo impidió. Cuando Archer T'Pol, Trip y Merryweather avistan la nave, sus tricordios emiten la misma señal que el del comerciante: ningún signo de vida. Cada vez tienen más la impresión de que el lugar está realmente embrujado. T`Pol oye ruidos sin detectar la menor señal de vida, ni siquiera de ratas, ven sombras, se sienten vigilados. Siguen a una de las sombras hasta un jardín en medio de la nave, envuelto en una nube de vapor. Allí encuentran a la tripulación, a la que enseguida empiezan a ayudar a reparar la nave. Sin embargo, la nave y su tripulación guardan un sombrío secreto...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Después de tres meses de actividad sin pausa, T'Pol demuestra que el rendimiento de la tripulación ha descendido un tres por ciento y concluye que todos padecen falta de actividad sexual. Conclusión: vacaciones en el planeta Risa. Aunque Trip y Archer no dicen nada, la idea les gusta. Pero, para empezar, el planeta está a nueve días de distancia, y a continuación, les llega una orden del almirante Forrester: deben ir a buscar a una embajadora Vulcaniana a un planeta llamado Mazar. Nada más llegar, son informados de que T'Val va en una lanzadera camino del Enterprise. Además, se sabe que T'Val ha sido relevada de su puesto por abuso de autoridad y comportamiento delictivo. La conducta de la diplomática sorprende y asombra a todos los del comité de recepción. Archer y Trip estrechan su mano y T'Pol se da cuenta, al saludarla en Vulcaniano, que ella se ha alegrado de dirigirse a él en inglés. Durante la comida ella hace una broma y, lo que es peor, es acusada de un delito y no se defiende de lo que asegura un testigo. Y eso que el comportamiento delictivo no es normal en un Vulcaniano, y menos en uno de su posición. En ese momento llega otra nave de Mazar, le ordenan a T'Val que regrese, el Enterprise se ve envuelto en una lucha, y la embajadora no da ninguna explicación, así que Archer emprende una jugada diplomática con todas sus reglas y posibilidades...

Primer permiso para descender a tierra en Risa, un acontecimiento prometedor. Ya que no se puede dejar solo al Enterprise, deciden sortear quien de ellos podrá relajarse dos días y dos noches enteras. Aunque Archer se siente culpable por haber sido elegido, T'Pol le convence de que el Enterprise necesita que su capitán descanse. Entonces, se monta en una de las dos naves con los afortunados ganadores, entre los que se encuentran Trip, Reed, Hoshi y Merryweather, y todos tienen planes: Travis quiere desfogarse en los acantilados rocosos que cambian continuamente, Trip y Reed quieren encontrar unas extraterrestres para... ensanchar sus horizontes culturales, Archer sólo quiere un buen libro para entretenerse y Hoshi quiere ampliar realmente sus conocimientos aprendiendo idiomas, pero las cosas sucederán de otra manera...

Cuando la tripulación visita una colonia de una raza llamada Paraaganos, ocurre un accidente, en el que mueren 3600 habitantes, del que aparentemente es culpable el Enterprise. Aparte de su presencia, no hay pruebas de la culpabilidad del Enterprise, pero para los mandos de la Flota estelar no hay duda: la misión de la tripulación en el espacio debe interrumpirse. A raíz de esto, la Humanidad vuelve a encontrarse como estaba 20 años atrás. Archer se va a la cama tras un día duro, y se despierta al día siguiente en su apartamento de San Francisco con las misma llamada de Trip, diez meses antes, antes del incidente de Broken Bow, antes de que los hombres se lanzaran al espacio en una misión sin un objetivo determinado....

El Enterprise penetra en un sistema desconocido para explorar un planeta similar a la Tierra. Antes de que la nave entre en órbita, es alcanzada por una potente explosión que abre un gran agujero en la cubierta. Otra mina se adhiere a la cubierta de la nave, y sólo el teniente Reed está en condiciones de desactivarla. Cuando está haciéndolo, se presentan los propietarios del sistema y exigen al Enterprise que abandone inmediatamente el sistema, lo que no es posible debido a lo dañado que está y a la otra mina...

La Enterprise descubre una nave vagando por el espacio que no responde a sus llamadas. Cuando la tienen en la cubierta de aterrizaje 2 y la observan más de cerca, la tripulación descubre algo extraño. Abren la nave, que aparentemente no es más grande que una lanzadera, y descubren dentro un cadáver. El hecho de que sea un hombre, y de que la tripulación del Enterprise sean en realidad los hombres que han ido más lejos de su planeta, es sólo el primero de muchos misterios.

La nave es tragada por una nave alien ocupado por criaturas no corporeas que invaden los cuerpos de los miembros de la tripulación.

Mientras estudian una estrella en las fases anteriores de volverse supernova, la nave se encuentra con una raza llamada Vissians. Las dos tripulaciones se llevan bastante bien, hasta que Tucker se pone demasiado curioso sobre un miembro del tercer género de la especie: un individuo llamado "cogenitor."

Un equipo de investigación ártica en la Tierra descubre los restos de una nave alien, de casi un siglo atras, enterrado en un glaciar junto con los cuerpos de dos humanoides cibernéticos. Una vez que estos seres se deshielan para investigarlos, vuelven a la vida y raptan a los científicos y se escapan en su nave. La enterprise debe interceptarlos, pero el Capitán y su tripulación descubren que estos cyborgs son un enemigo terrible.

Una sonda proveniente de una fuente alien desconocida libera un ataque que devasta la Tierra. La nave es llamada, y camino a casa el Capitán Archer descubre que los perpetradores vienen de una región del espacio conocida como la Expansión de Delphicun lugar donde cosas muy raras pasan, y de que algunas naves que entran nunca retornan. Starfleet debe decidir ahora si arriesgarse enviando los NX-01 a la Expansión de Delphic para prevenir un posible segundo ataque.

La Enterprise está a punto de una confrontación con los Xindi cuando de pronto toman a una extraña pasajera, una hermosa esclava Rajiin.

Cuando Archer con su grupo contestan una llamada de auxilio de una nave vulcana atrapada en la expansión délfica, son atacados por unos vulcanos zombies.

Después de un acuerdo con los Orions. El comerciante le obsequia tres mujeres a Archer que cautivan a todos los hombres de la nave excepto a Trip.

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.