Clark descubre que un Zoner ha aterrizado en Seattle y que absorbe los huesos de las personas. Mientras tanto, un paciente con la habilidad de transformarse en diferentes frecuencias, escapa del laboratorio secreto de LuthorCorp y quiere vengarse de Lex, haciéndole prisionero de otro tiempo espacial, desde el que puede ver y oír a todos, pero nadie le ve.

Clark es atacado y despierta en un asilo mental donde es atendido por el especialista, el Dr. Hudson, que le dice que lleva ahí desde hace cinco años debido a su elaborada fantasía de que tiene poderes extraterrestres. En este nuevo mundo, Martha está casada con Lionel Luthor, Chloe está incapacitada mentalmente y Lana elige a Clark en lugar de a Lex. Lana le ruega que acceda a los tratamientos del Dr. Hudson para poder estar juntos, pero cuando un paciente anterior, John, le cuenta que el médico es un fantasma, tiene que matarle para volver a la realidad. Clark tiene que tomar la decisión más difícil de su vida.

Tras una reunión secreta con Lionel, Lana es disparada en el Daily Planet por un francotirador misterioso. Jimmy es dejado inconsciente mientras estudiaba unas fotografías de los años 40 y sueña con que Lana es la mujer fatal que planeaba matar a su marido Lex, Clark trabaja como reportero en el Daily Planet y Lois es una cantante escultural de un bar, propiedad de Lionel. Mientras tanto, en el presente, Clark descubre por qué Lana se casó con Lex.

Es el primer día de Clark en el Daily Planet con Lois, y pronto los dos tienen que trabajar juntos en un artículo al explotar un autobús justo delante de las oficinas del periódico. Clark rescata a Bette, una joven que simpatiza con Chloe porque tienen en común los poderes que les dieron los meteoritos, aunque oculta un gran secreto.

Clark encuentra a Tess en el apartamento de Lana, que ha sido saqueado, y se da cuenta de que Lana ha desaparecido. Tess le cuenta que Lex está vivo y que quizá haya secuestrado a Lana, y por fin le confiesa la verdad sobre lo que le ocurrió a Lana cuando se despertó del coma que le había provocado Brainiac. Mientras, Tess se cuela en unas instalaciones secretas de LuthorCorp y descubre algo inesperado.

Tess intenta matar a Davis haciendo que su camión salte por los aires. Sin embargo, David consigue escapar y Tess se da cuenta de que necesita ayuda para acabar con él, por lo que recurre a Clark. Tess le habla sobre la infancia secreta de Davis con los Luthor y deja entrever que conoce la verdadera identidad de Clark. Mientras, Davis pide ayuda a Chloe.

Chloe regresa y le suplica a Clark que mate a Davis, ya que él ya no es capaz de mantener a la bestia a raya. Tess ha reunido un grupo de personas afectadas por los meteoritos, entre ellas Plastique, con el objetivo de localizar a Davis para que Clark pueda matarlo. Sin embargo, la situación se desmadra cuando el equipo de Tess descubre que ella los ha engañado.

Oliver le dice a Clark que tiene que matar a Davis, porque "Juicio Final" es un peligro muy serio y hay que detenerlo cueste lo que cueste. Sin embargo, Clark se resiste a acabar con la vida de un ser humano, por lo que la Flecha Verde y su equipo deciden solucionar el problema por su cuenta. Lois se enfrenta a Tess, pero la pelea da un giro inesperado. Mientras, Chloe queda atrapada en medio de la discusión de Oliver y Clark acerca de si hay que matar o no a Davis.

Clark le dice a Jor-El que está preparado para empezar con su entrenamiento, pero Jor-El lo envía de vuelta a Metrópolis para cortar los vínculos con Lois antes de que pueda empezar. Chloe se queda conmocionada cuando Lois de repente aparece después de haber estado desaparecida durante semanas, pero Lois no recuerda haberse desvanecido en el aire con el anillo de la Legión. Mientras investiga el descarrilamiento de un monoraíl, Lois se encuentra con John Corben, un nuevo reportero del Daily Planet, con una actitud negativa hacia el Borrón-Rojo-Azul. Chloe le suplica a Clark que use el anillo de la Legión para volver atrás en el tiempo y salvar a Jimmy, pero él se niega, provocando una fisura en su amistad. Mientras tanto, Oliver continúa avanzando en un oscuro camino, y Zod llega a la mansión de los Luthor...

Zod y sus soldados liberan un virus en el aire que convierte a los humanos en zombies. La única manera de pararlo es fabricar un antídoto con la sangre de otro kriptoniano. Después de que Lois es infectada, Chloe le suplica a Clark que done su sangre para parar la epidemia, aunque eso pone en riesgo el que se revele ante Zod.