Inmediatamente después de desaparecer, Emma va en busca de Merlín, con el fin de que la ayude a detener su transformación, y mientras, los que quedaron en Storybrooke se unen para salvarla, pero primero deberán encontrarla, lo que requerirá la ayuda de alguien inesperado.

Un baile real es dado en Camelot, pero un giro oscuro de los acontecimientos obliga a David y Robin a tomar medidas. Mientras tanto, la fortaleza de Regina se pone a prueba mientras ella intenta proteger a Emma; y en Storybrooke, Garfio intenta traer a Emma de nuevo a la luz.

Arturo se une a David en una misión para obtener una reliquia mágica que Regina necesita para ponerse en contacto con Merlín. Mientras tanto, Mary Margaret aprende sobre el destino de Lancelot; y en Storybrooke, Garfio es cauteloso cuando Emma le pide que le ayude.

Lancelot advierte a Mary Margaret acerca de las verdaderas intenciones del rey Arturo. Mientras tanto, el amor de Garfio hacia Emma le da esperanzas a Emma en su batalla contra la oscuridad; y en el Camelot del pasado, Ginebra se embarca en una misión cuando ella teme Arthur ha perdido el camino.

Emma y Regina idean un plan para liberar a Merlín, pero les falta un ingrediente fundamental. Mientras tanto, Mary Margaret y David buscan una daga importante; Henry pide a Violet ir a una cita; y Mérida intenta llevar a cabo una misión secreta que Emma le ha asignado.

En el Camelot del pasado, Mérida va en una misión para salvar a sus hermanos y trae Bella con ella. Mientras tanto, un hechizo que permite la comunicación con Merlín es encontrado en Storybrooke; y Emma da órdenes a Mérida para matar a Bella, con motivo de convertir a Gold en un héroe.

Arturo podría perder a Excalibur cuando su castillo es asediado como parte de una misión diseñada por Merlín. Mientras tanto, Emma se une a Merlín cuando este se enfrenta a un viejo adversario; y en un flashback, un joven Merlín se enamora de una joven refugiada después de haber obtenido magia e inmortalidad.

Emma recibe un ultimátum de Merlín, que está bajo el control de Arturo. Mientras tanto, en Storybrooke, el embarazo de Zelena acelera; y Garfio hace todo lo posible para obtener respuestas de Emma.

Zelena y Arturo viajan a DunBroch para obtener una antigua reliquia, y se cruzan con Mérida, que está tratando de pagar una deuda que su padre le debe a la Bruja.

Emma se transforma en Dark One para salvar el destino de su único y verdadero amor. Ahora es el momento de unirse a la saga épica del bien contra el mal.

The dark ones están cada vez más cerca y los planes de venganza de Hook continúan.

Emma, Regina, Mary Margaret, David, Robin, Henry y Gold llegan al Inframundo con la misión de rescatar a Garfio pero descubren que su búsqueda será más complicada de lo que esperaban. Los habitantes del Inframundo, todas las almas con asuntos pendientes y muchas de ellas con venganzas personales, persiguen a nuestros héroes en cada paso que dan. Mientras tanto, en un flashback del Bosque Encantado, una cara familiar del pasado de la Reina Malvada regresa al presente de Regina con el regalo de cumpleaños perfecto.

En el Inframundo, un fugitivo de la prisión de Hades informa a los héroes que Garfio ha sido capturado. Pero antes de que lo puedan rescatar, tienen que enfrentarse a una bestia aterradora que custodia la prisión. Mary margaret busca a un amigo de la infancia el cual sabe como derrotar al monstruo. Sin embargo, cuando se reencuentan, descubre que su amigo ya no es el héroe que una vez fue. Mientras tanto, en un flashback del Bosque Encantado, una joven Blancanieves se esfuerza por mantener la paz en su reino y debe aprender a ser una verdadera heroína si algún día quiere convertirse en reina.

El secuestro de Garfio da un oscuro giro cuando Hades amenaza con condenarlo en el Río de las Almas Perdidas después de que éste se niegue a elegir que tres amigos se quedarán en el Inframundo. Mientras tanto, Gold decide ayudar repentinamente a Emma, Blanca, David, Regina, Robin y Henry a encontrar a Garfio y así poder volver a casa junto a Bella; pero para poder hacerlo, debe encontrar a su exmujer Milah en el Inframundo para pedirle ayuda. En el pasado del Mundo de Cuentos de Hadas, Rumple y Milah se enfrentan a una situación de vida o muerte que concierne a su hijo, Baelfire, que forzará a Rumple a hacer un trato que lo atormentará.

Por fin reunidos, Hook y Emma deben encontrar la forma de vencer a Hades para que puedan volver a Storybrooke con Snow, David, Regina, Robin, Henry y Gold. Una visita sorpresa del hermano fallecido de Hook, Liam, podría conducirles a lo que estaban buscando: otros que habían intentado derrocar a Hades hablan de un libro que contiene la clave de su perdición. Cansado de estar al margen, Henry, en secreto, toma las riendas de la situación mientras el resto busca el libro. Mientras tanto, Hades incrementa sus esfuerzos por atrapar a los héroes en el inframundo intentando que se pongan en contra los unos con los otros. En flashbacks, el vínculo entre los dos jóvenes hermanos Jones se pone a prueba y se hace más fuerte en un barco mercante que se aproxima a una peligrosa tormenta.

Emma, Snow, David, Regina, Robin, Henry y Hook continúan la búsqueda de una manera de liberar a todos, desde el inframundo. A merced de Hades, Gold crea un portal para Storybrooke, que transporta a Belle, Zelena y Baby Hood al inframundo. Mientras Zelena y Regina se meten en una pelea entre hermanas, Belle se reúne con Rumple sólo para enterarse de una noticia tremendamente impactante que cambiará su vida para siempre. Por otro lado, Snow y David desesperadamente intentan enviar un mensaje desde el inframundo a su hijo, Neal. En flashbacks, Hades se entera de un hechizo muy especial de Zelena y le hace una visita en Oz con la intención de realizar una alianza, pero se encuentra con algo más que un socio en el crimen.

Belle acude a Rumplestiltskin con la esperanza de encontrar una forma de proteger a su hijo de Hades. Sin embargo, no están de acuerdo sobre usar magia oscura para ello, así que Belle le prohíbe a Rumplestiltskin usar sus poderes para hacer el mal. Mientras tanto, Hades se reúne secretamente con Gastón en el inframundo y le incita para que busque venganza contra Rumplestiltskin. Cuando los héroes intentan encontrar una forma de derrotar a Hades, Emma tiene una terrible pesadilla que cree que está empezando a cumplirse. Y en flashbacks, Belle y Gastón se conocen, pero su romance comienza a florecer en vísperas de un alto en la Guerra de los Ogros.

En flashbacks, Ruby y Mulán se encuentran a sí mismas en Oz, donde conocen a Dorothy. Después de presenciar cómo Zelena vuelve a Oz por tercera vez, buscan una forma de vencerla de una vez por todas. Sin embargo, Dorothy desaparece misteriosamente, y la búsqueda de Ruby por su nueva amiga la lleva al inframundo. Reunida con los héroes, Ruby forma equipo con Emma, Regina y Snow para continuar buscando a Dorothy. Mientras tanto, Snow y David lidian con la incapacidad de estar con su hijo, Neal, y idean un plan para que al menos uno de ellos pueda escapar del inframundo.

Ahora que Hades y Zelena están reunidos, Hades le dice a Zelena que quiere un futuro con ella fuera del inframundo. Todo lo que tiene que hacer es sanar su corazón con un beso de amor verdadero para así ambos puedan abandonar el inframundo y atrapar a los héroes por toda la eternidad. Cuando Regina se entera de su plan, recurre a la ayuda de Cora para encontrar una forma de separar a Zelena de Hades. Sin embargo, Cora revela un secreto familiar que podría cambiar las vidas de Regina y Zelena para siempre. Mientras tanto, David finalmente conoce a James, sólo para averiguar que su hermano está decidido a vengarse de él por haberle robado toda la vida que podría haber tenido.

Hades recurre a los héroes para rescatar a Zelena de Rumplestiltskin y Peter Pan. A cambio, él ofrece borrar todos sus nombres de las tumbas. Sin embargo, como Hook sigue sin poder irse, él y Emma deben viajar a las profundidades del inframundo. Mientras tanto, Cruella De Vil está decidida a atrapar a los héroes en el inframundo. En flashbacks, Emma busca respuestas sobre su familia y forja una inesperada amistad.

Emma, David, Regina, Robin y Henry han vuelto por fin a Storybrooke y se han reunido con Snow, pero, desafortunadamente, todavía deben enfrentarse a Hades, que continua engañando a Zelena mientras lleva a cabo su plan de usar el todo poderoso cristal olímpico para apoderarse de la ciudad. Los héroes buscan desesperadamente la forma de vencer a Hades mientras Hook hace lo mismo en el inframundo buscando las páginas perdidas del libro de cuentos. Regina y Robin toman una estrategia más directa que culmina con un momento decisivo que cambiará a nuestros héroes para siempre.

En la primera hora del especial de dos horas del final de temporada, Regina sobrelleva la muerte de Robin, y todos intentan darle espacio para el duelo, pero cuando los héroes descubren que Gold ha robado el cristal Olímpico de Hades y quiere acumular toda la magia de Storybrooke en él, estarán determinados a detenerle. Henry decide que no puede convivir más tiempo con el dolor que la magia ha causado a su familia, así que se va intencionadamente, con Violet a su lado, a destruir la magia de una vez por todas. Mientras tanto, Zelena, Snow, David y Hook intentan abrir un portal para devolver a Mérida y a los demás visitantes de Storybrooke a sus hogares, pero las cosas no van bien, y el grupo es arrastrado y desterrado a un nuevo mundo.

La segunda hora, ante la posibilidad de que la magia sea destruida y el destino de storybrooke quede en el aire, supondrá una carrera para Emma y Regina que tendrán que seguir a Henry antes de que Gold lo encuentre primero. Regina continúa lidiando con sus frustaciones sobre su ex yo-malvado; en otro lugar, Snow, David, Hook y Zelena están prisioneros y deben luchar contra dos individuos muy perturbados que pueden hacerle la competencia a Gold.