Emma Swan vive una vida solitaria y tranquila en Boston hasta que Henry, el hijo que dio en adopción cuando era un bebé, la encuentra y le pide ayuda. El chico cree que Emma procede de un mundo alternativo y que es la hija perdida de Blancanieves y el Príncipe Encantado. Emma no cree ni una palabra, aun así decide acompañar a Henry a su pueblo, Storybrooke, y allí se da cuenta de que los personajes de los cuentos están representados en la vida real.

Regina intenta echar a Emma de Storybrooke y de la vida de Henry para siempre. Mientras, se van sabiendo más cosas de la maldición que la Reina Malvada ha lanzado sobre el mundo de los cuentos.

Los ciudadanos de Storybrooke siguen afligidos por la muerte del Sheriff Graham, y más aún lo está Emma, quien lo vió morir en sus brazos. Pero cuando Regina quiere convertir al corrupto editor en jefe del Daily Mirror, Sidney Glass (el Espejo Mágico), en el nuevo Sheriff de la ciudad, Emma tomará la decisión de postularse también, iniciando así un disputa entre los que apoyan a ambos candidatos: Regina y el Sr. Gold. Mientras tanto se va conociendo la vida de Rumpelstiltske y de como llegó a ser poseedor de su gran poder a fin de salvar a su hijo Baelfire de los horrores de la Guerra de los Ogros.

Emma hace un intento desesperado por ayudar a dos pequeños hermanos, Nicholas y Ava Zimmer (Hansel y Gretel), a encontrar al padre que nunca conocieron, de lo contrario ambos serán separados y enviados a distintos orfanatos. Mientras que en el Bosque Encantado dos niños no pueden encontrar a su padre tras ir a recoger leña y terminan cruzándose con la Reina Malvada, la que al ver su gran valentía y coraje les dará una misión a cambio de buscar a su perdido padre. Lo único que deben recordar para salir con bien es no comer nada por más apetitoso que parezca.

Tanto Regina como Emma encuentran sospechoso al Forastero recién llegado a Storybrooke y empiezan a investigarlo. David y Mary Margaret se siguen viendo "accidentalmente" todos los días a las 7:15 en la Cafeteria de la Abuelita, incluso aunque los encuentros se hayan convertido en algo doloroso para ambos. Mientras tanto el amor que el Príncipe James le profesa a Blanca Nieves es conocido por el Rey George, quien de inmediato hará todo lo posible para que la boda con la Princesa Abigail se lleve a cabo, incluso si para eso debe separar a los dos enamorados para siempre.

Mary Margaret intenta ser aceptada nuevamente entre los habitantes de Storybrooke, y para ello se propone ayudar en la organización del Festival del Día del Minero. Junto al problemático Leroy (Gruñón) aceptarán la cosigna de vender las velas necesarias para salvar al Convento de la ciudad de un inminente desalojo. Por otro lado Emma investiga la desaparición de Kathryn, teniendo como principal sospecho a su esposo David. Al mismo tiempo se relata la historia del nacimiento de Gruñón, bajo el nombre de Soñador, su importante trabajo en las minas del Bosque Encantado, y su amor prohibido con la bella pero torpe hada Nova.

Emma se ve obligada a detener a Mary Margaret como sospechosa en el posible asesinato de Kathryn, después de haber encontrado sus huellas en un cofre que contenía un corazón humano. Tras hallar más pruebas en su contra y ver que todo le es adverso, el Sr. Gold será contratado para defenderla como su abogado. Mientras en el Bosque Encantado, el Príncipe James sigue su búsqueda de Blanca Nieves, sabiendo ahora que ella lo ama tanto como él a ella. Pero, tras seguir sus pasos sabrá que ese amor ha sido olvidado con la ayuda de una poción de Rumpelstiltsken, y ahora Blanca Nieves sólo busca vengarse de la Reina Malvada cueste lo que cueste.

August promete enseñar a Emma como puede derrotar a Regina con el fin de obtener la custodia de Henry, para lo cual la llevará a un viaje que revelará la historia que ambos comparten. Por otro lado Regina sigue con sus planes, esta vez intentando seducir a David. Mientras en el Bosque Encantado la historia de Pinocho se pone de manifiesto, junto con una serie de acontecimientos que se produjeran antes que la Reina Malvada promulgase su maldición, en los que Geppetto estuviera de acuerdo con el plan de salvar a la hija de Blanca Nieves, pero con la condición de poder salvar también a su hijo.

En la tierra de los cuentos de hadas, Blancanieves recluta la ayuda de sus amigos para atacar a la Reina Malvada y salvar la vida del Príncipe Encantador. Mientras tanto Henry intenta convencer a Emma de quedarse en Storybrooke y Regina, con la ayuda de Jefferson, vuelve a sus viejos trucos con manzanas envenenadas con un sólo objetivo a la vista. Emma le dice a Henry que no cree en la maldición, pero cuando Henry ve la empanada de manzana que Regina le dio a Emma, la encara diciéndole que él sí cree, cree en ella. Para probar estas creencias Henry decide comer dicha empanada y probarle a Emma que la magia existe. Henry colapsando mientras Emma grita su nombre.

Tras la ocurrencia de las acciones de Gold en la fuente de los deseos, los habitantes de Storybrooke deben familiarizarse con lo que fueron y lo que son de nuevo. Mientras tanto, en el mundo de los cuentos, el Príncipe Phillip y su acompañante, Mulan, se enfrentan a un peligroso rival.

Mientras Regina continúa buscando alguna forma de recuperar sus poderes mágicos, David continúa su búsqueda para descubrir el paradero de Mary Margaret y Emma. Y los siete enanos descubren lo que sucede si alguien intenta salir del límite de Storybrooke.

Bella amaneza con dejar a Gold si no cambia su forma de ser. Los enanos intentan encontrar polvo de hadas en la mina de Storybrooke.

El miedo de Ruby en convertirse en lobo se confirma cuando queda como principal sospechoso de un cruel asesinato. Leroy encuentra un tesoro en una mina que podría ayudar a Emma y Mary Margaret.

Garfio y Cora se enfrentan con Emma y Mary Margaret en una carrera por la brújula. El Sr. Gold y Regina planean matar a todo aquel que entre en el portal.

Regina quiere mostrarle a todos que ha cambiado, pero las cosas se van de las manos cuando es acusada de asesinato. En el mundo de los cuentos, Nieves y James deben decidir qué hacer con la Reina Malvada.

El Sr. Gold utiliza a un particular residente del pueblo como sujeto de prueba para perfeccionar un hechizo diseñado para salir de los límites de Storybrooke sin perder la memoria. Mary Margaret y David comienzan su búsqueda por un lugar más grande donde vivir. Mientras en el puerto del pueblo, Bella tropieza con un vengativo Garfio, cuya meta principal es destruir a Rumpelstiltskin a como de lugar. En el pasado del Bosque Encantado Bella se une a Mulan en una misión para asesinar a un Yaoguai, una criatura que ha estado devastando la tierra.

Secuestrado por Cora, el gigante desata su venganza en el pueblo. El señor Gold, acompañado por Emma y Henry, intentan salir de Storybrooke, en busca de su hijo Baelfire. Mientras tanto, en el mundo de los cuentos pasados, Anton, el gigante, desciende del tronco de frijoles y trata de hacer amistad con humanos.

El Sr. Gold pide la ayuda de David para lograr estimular los recuerdos perdidos de Bella, ahora que la personalidad de la maldición ha salido a flote y conseguir su amor nuevamente. Cuando Mary Margaret y David le revelan a Emma que Anton y los enanos han estado cultivando las habichuelas mágicas y éstas han comenzado a crecer y, posiblemente, podrían transportar todo el mundo a casa, ella se debate sobre si ella querría vivir en el Bosque Encantado o quedarse en nuestro mundo. Mientras tanto, en el Bosque Encantado, Rumplestiltskin fuerza a Bella a que lo acompañe a la caza de un ladrón, a quien ella liberó en nombre de la misericordia.

Ahora que el detonador ha sido activado Regina, Emma, Mary Margaret y David tratan de evitar la destrucción total buscando las habichuelas; el Señor Gold llora la pérdida de su hijo Neal y los enanos le dan una cura que puede devolverle los recuerdos a Bella. Mientras tanto, años atrás un joven Bae se encuentra a bordo del Jolly Roger siendo buscado por Los Perdidos, un grupo de chicos que sirve a Peter Pan, con Hook diciendole que está a dispuesto a cambiar por él. Al final Greg y Tamara abren un portal mágico teniendo a Henry de rehén; pero Regina, Emma, David, Mary Margaret, el Sr. Gold y Hook están unidos para enfrentarse a un enemigo mayor que habita en lo mas recóndito de Nunca Jamás.

Peter Pan le ofrece a Emma una manera de ayudar a encontrar a Henry, pero debe admitir quién es, antes de poder usarlo. El señor Gold obtiene un consejo inesperado. Encantador intenta detener a Nieves de aceptar un trato con la Reina Malvada.

Ariel viaja a Storybrooke para contactar con Bella y que le ayude a encontrar un artefacto escondido que le ayude en sus propósitos.

Los residentes de Storybrooke se alegran por el regreso de Henry y los héroes de Neverland. Sin embargo, un plan secreto está siendo ejecutado por Peter Pan sin que nadie lo sepa.

Peter Pan amenaza con promulgar otra maldición sobre los habitantes de Storybrooke que podría matar a todo ser vivo en la ciudad.

Emma y Henry viven solos en la ciudad de Nueva York, ya que sus recuerdos de su vida en Storybrooke han sido borrados. Sin embargo, Hook trata de encontrar a Emma para decirle que ella es la única persona que puede ayudar a sus padres. Mientras tanto, un año antes en el Bosque Encantado, Blancanieves y David regresan con la gente de Storybrooke, pero descubren que alguien ha ocupado su castillo.

Emma descubre que los habitantes de Storybrooke no recuerdan nada de cómo regresaron a la ciudad, de su pasado como habitantes en el país de los cuentos ni de quien es el causante de esta nueva maldición. Regina intenta entrar en su propio castillo con la ayuda de Robin Hood pues ha sido invadido por la Bruja Malvada.

Zelena se entera de que tiene una hermana, lo que la hace pedirle al Mago que la lleve a la tierra de Cuento de Hadas.

La muerte de Zelena logra abrir el portal del tiempo. Emma y Hook son enviados 30 años hacia el pasado... y al Bosque Encantado. Mientras tratan de encontrar la forma de regresar, sin darse cuenta, alteran la historia y ahora Blanca y Charming nunca podrán reunirse... y Emma nunca llegará a nacer.

Emma y Hook son empujados a través del portal del tiempo y aparecen en el Bosque Encantado. Tienen que tener mucho cuidado de no cambiar nada porque se arriesgan a alterar las vidas de su familia, sus amigos, incluso su propia existencia.

Reina el caos en Storybrooke: todos los hechizados por la Reina de las Nieves se tiran los trastos a la cabeza.

Mientras Emma, sus padres, el Capitán Garfio y Regina tratan de boicotearlo, el Autor demuestra que es totalmente imprevisible y se alía con el Sr. Gold.

Emma, sus padres, el Capitán Garfio y Regina van a detenerlos, pero el Autor y el Sr. Gold suben la apuesta cambiando las reglas para todos: sean héroes o villanos.

Inmediatamente después de desaparecer, Emma va en busca de Merlín, con el fin de que la ayude a detener su transformación, y mientras, los que quedaron en Storybrooke se unen para salvarla, pero primero deberán encontrarla, lo que requerirá la ayuda de alguien inesperado.

Un baile real es dado en Camelot, pero un giro oscuro de los acontecimientos obliga a David y Robin a tomar medidas. Mientras tanto, la fortaleza de Regina se pone a prueba mientras ella intenta proteger a Emma; y en Storybrooke, Garfio intenta traer a Emma de nuevo a la luz.

Arturo se une a David en una misión para obtener una reliquia mágica que Regina necesita para ponerse en contacto con Merlín. Mientras tanto, Mary Margaret aprende sobre el destino de Lancelot; y en Storybrooke, Garfio es cauteloso cuando Emma le pide que le ayude.

Emma y Regina idean un plan para liberar a Merlín, pero les falta un ingrediente fundamental. Mientras tanto, Mary Margaret y David buscan una daga importante; Henry pide a Violet ir a una cita; y Mérida intenta llevar a cabo una misión secreta que Emma le ha asignado.

Emma recibe un ultimátum de Merlín, que está bajo el control de Arturo. Mientras tanto, en Storybrooke, el embarazo de Zelena acelera; y Garfio hace todo lo posible para obtener respuestas de Emma.

Zelena y Arturo viajan a DunBroch para obtener una antigua reliquia, y se cruzan con Mérida, que está tratando de pagar una deuda que su padre le debe a la Bruja.

Emma se transforma en Dark One para salvar el destino de su único y verdadero amor. Ahora es el momento de unirse a la saga épica del bien contra el mal.

The dark ones están cada vez más cerca y los planes de venganza de Hook continúan.

Emma, Regina, Mary Margaret, David, Robin, Henry y Gold llegan al Inframundo con la misión de rescatar a Garfio pero descubren que su búsqueda será más complicada de lo que esperaban. Los habitantes del Inframundo, todas las almas con asuntos pendientes y muchas de ellas con venganzas personales, persiguen a nuestros héroes en cada paso que dan. Mientras tanto, en un flashback del Bosque Encantado, una cara familiar del pasado de la Reina Malvada regresa al presente de Regina con el regalo de cumpleaños perfecto.

Emma, David, Regina, Robin y Henry han vuelto por fin a Storybrooke y se han reunido con Snow, pero, desafortunadamente, todavía deben enfrentarse a Hades, que continua engañando a Zelena mientras lleva a cabo su plan de usar el todo poderoso cristal olímpico para apoderarse de la ciudad. Los héroes buscan desesperadamente la forma de vencer a Hades mientras Hook hace lo mismo en el inframundo buscando las páginas perdidas del libro de cuentos. Regina y Robin toman una estrategia más directa que culmina con un momento decisivo que cambiará a nuestros héroes para siempre.

En la primera hora del especial de dos horas del final de temporada, Regina sobrelleva la muerte de Robin, y todos intentan darle espacio para el duelo, pero cuando los héroes descubren que Gold ha robado el cristal Olímpico de Hades y quiere acumular toda la magia de Storybrooke en él, estarán determinados a detenerle. Henry decide que no puede convivir más tiempo con el dolor que la magia ha causado a su familia, así que se va intencionadamente, con Violet a su lado, a destruir la magia de una vez por todas. Mientras tanto, Zelena, Snow, David y Hook intentan abrir un portal para devolver a Mérida y a los demás visitantes de Storybrooke a sus hogares, pero las cosas no van bien, y el grupo es arrastrado y desterrado a un nuevo mundo.

La Reina Malvada y Hyde intentan apoderarse del suero del Dr. Jekyll. Hook y Gold toman medidas para proteger a Belle. Snow vuelve a trabajar.

Cuando la Reina Malvada amenaza con destruir Storybrooke, los héroes van en busca de una planta mágica que podría salvar la ciudad. Un leñador ataca a Blancanieves.

Emma descubre el alcance de los poderes de la espada y traza un osado plan. La Reina Malvada roba la lámpara mágica de Aladdín.

Atrapado en Nunca Jamás, Garfio recurre a una aliada inesperada. Mientras, en Storybrooke, Regina trata de romper la maldición del sueño.

En un flashback, Snow hace un deseo que provoca que todos comiencen a cantar, enfureciendo a la Reina Malvada. En Storybrooke, este deseo vuelve a ser relevante mientras Emma y Hook se preparan para su boda, y la Hada Negra anuncia sus planes.

Tras la maldición del Hada Negra, la ciudad de Storybrooke ha cambiado para siempre. La batalla final comienza a tomar forma.

Se revela el malvado plan de Rumple y Regina se da cuenta de que la única esperanza para detenerlo es desviando al Henry del Mundo de Deseo de su camino de venganza. Mientras tanto, Tilly y Margot intentan obtener ayuda en Storybrooke. Con su esperanza de volver a reunirse con Bella desvaneciéndose, Weaver lucha por encontrar una manera de vencer a su alter ego malvado; y cuando la vida de Rogers se ve amenazada, se enfrenta a un sacrificio final.