Se depositó una columna vertebral humana durante la noche en el monumento a Lincoln con un mensaje desafiante para encontrar el resto. Sus vértebras fueron reensambladas, formando un código con el que Hodgins se obsesiona por resolver. La sangre en ella proviene de 5 agentes del FBI, que la donaron en la Cruz Roja. Sweets y su perfil ayudan a Booth a identificar sospechosos, en particular al brillante hacker Christopher Pelant y al omnipresente reportero de periódico Ezra Krane. Sigue otro asesinato y un crimen de diversión altamente original. Mientras tanto, Bones acepta quedarse en casa y considera seriamente las ideas de Booth para un nuevo hogar.

El presunto asesino en serie Christopher Pelant, el genio de la informática, claramente espera evitar el juicio desacreditando por completo al equipo de Jeffersonian. Jugando con sus emociones, cada uno de ellos cae en una trampa para cometer errores innegables, a menudo ilegales, que conducen a su destitución como testigo e incluso a la suspensión de sus deberes, como le sucede a Booth. Ante las amenazas implícitas hacia la bebé Christine y las pruebas acumuladas en contra de Bones misma en el asesinato de su mentor detenido, el Dr. Ethan Sawyer, Max argumenta convincentemente que sería mejor que ella desapareciera hasta que se aclare el caso.

Meses después, Brennan sigue huyendo del FBI, después de ser incriminada por asesinato por Christopher Pelant. El equipo restante busca al verdadero asesino.

Después de que Hodgins y Angela fueran drogados y despertaran con un cadáver ensangrentado colgado en la cama y pétalos de flores alrededor de la cuna de su hijo Michael, se ven obligados a creer que Pelant ha vuelto para vengarse de Hodgins. Aunque Hodgins quiere ir tras Pelant directamente, Booth sabe que es mejor trabajar dentro del sistema y no ir en contra del protocolo. Mientras tanto, mientras el equipo de Jeffersonian investiga el cadáver, descubren que la víctima era un agente de las Fuerzas Especiales que trabajaba para el proveedor de mercenarios más grande del mundo, y Angela y Hodgins deciden iniciar una investigación sin el resto del equipo de Jeffersonian por el bien de su familia.

Cuando el malvado genio de la tecnología Christopher Pelant regresa para jugar con el equipo de Jeffersonian en su nueva investigación, descubren que la serie de asesinatos que han estado ocurriendo están relacionados con agentes del FBI cercanos a Booth. Mientras tanto, a medida que avanza la investigación, Sweets se da cuenta de que las pruebas le resultan demasiado familiares y Brennan comienza a evaluar su relación con Booth cuando las señales comienzan a apuntar a él como un posible objetivo de Pelant.

El equipo crea una escena de asesinato falsa para imitar el trabajo de Chris Pelant, esperando que Pelant se ponga en contacto con ellos sobre un asesino imitador.

El equipo Jeffersoniano investiga la muerte de Lana Brewster, una chica cuyos restos son entregados a la casa de Brennan y Booth por alguien que cree que su muerte hace 18 años no fue un accidente. Cuando el equipo descubre que Lana fue asesinada y que su muerte fue encubierta, personas de su pasado se convierten en sospechosos clave, incluyendo un exnovio con quien Hodgins era amigo. Mientras tanto, Brennan vuelve a tener sueños sobre el malvado genio de la tecnología, Pelant, y sobre un asesino potencialmente más atroz, con quien se da cuenta de que podría estar relacionado con la muerte de Lana.

En la década de 1950 en Hollywood, Brennan es un detective del LAPD que se enfrenta al sexismo en la fuerza policial, y Booth es un notorio ladrón de joyas que es incriminado por asesinato.

Mientras el equipo investiga un asesinato, las pruebas encontradas en la escena del crimen les recuerdan a un viejo enemigo. Por otro lado, Angela se preocupa por la decisión de Hodgins y ella, mientras que Booth y Brennan consideran una vida sin el Jeffersonian.