Sydney comienza a cuestionarse si su madre está intentando ayudarla o matarla. Después de entregarse a la CIA, Irina rechaza hablar con alguien que no sea su hija pero Sydney no quiere ver a su madre. Es enviada a una nueva misión para recuperar un cd-rom que contiene la información comprometida que Irina (Lena Olin ) utilizó para sus chantajes, pero algo sale mal y el disco cae en las manos equivocadas. Irina asegura que quiere ayudar Syd a recuperar el disco, y durante una tensa visita, ella explica sus motivos: derrotar Arvin Sloane, la SD-6 y la Alianza, justamente lo que Syd desea. Mientras eso ocurre, Sydney tiene que decidir si el gesto de buena voluntad de su madre es sincero o sólo una tentativa de matar a su hija. Sloane recibe informaciones de un chantajista que pueden dejar la SD-6 y que puede ser una oportunidad para descubrir los secretos de la madre de Sydney. Will ve a Francie (Merrin Dungey ) hablando con un hombre de dudosa reputación. Y Sloane se hace miembro oficial de la Alianza de los Doce.

Arvin Sloanen se preocupa por una llamada que ha recibido hasta tal punto que ordena a Jack que se encargue del tema y el envía a que Marcus R. Dixon (Carl Lumbly) la investigue. Mientras Syd le cuenta que la caja de música esta en manos de Sark (David Anders) pero que no podrá utilizarla porque ha sido destruida, aunque más tarde los restos son recuperados en un refugio de Sark junto con un hombre, Claus Richter (Jim Hanna), en muy mal estado por una suero inyectado por el propio Sark. Se trata de un hombre que trabaja para la madre de Syd, Irina, y que fue el encargado de esconder la Biblia que Irina había conseguido en Barcelona; pero existe un mapa para recuperarla. Sydney tras ser rescatada del hielo y ya en las oficinas del SD-6 recibe la misión de viajar hasta Moscú para recuperar el mapa que está escondido en una biblioteca militar. El mapa revela que la Biblia está en Madagascar

Irina ha comunicado que el edificio a asaltar esta limpio, sin explosivos ni sistemas antiintrusos pero Jack no se fía de su exmujer. Syney es enviada a Madagascar a recuperar la Biblia junto con Vaughn mientras Jack se ocupa de la tapadera de Syd. Pero Syd encuentra explosivos, que habían sido puestos por orden de su padre y cree que su madre le ha mentido. Sydney testifica ante un tribunal de la CIA donde ha de contar lo que ocurrió en Madagascar, explicando que su madre la había engañado para que ella cayera en una trampa y sólo gracias a su padre pudo salvar la vida. Ambos se reconcilian. En Viena, el contacto austriaco del SD-6 muere tras haberles informado del desarrollo de varias armas de nueva generación por parte de un grupo de élite. Sydney viaja a Hungría con la misión de fotografiar las armas escondidas en una oficina en Budapest. Allí descubre que las armas son niños a quienes están adiestrando militarmente.

Will habla con Vaughn porque necesita un trabajo y tras lo que ha pasado nadie le da trabajo ya que tiene antecedentes por una drogadicción que nunca existió. Vaughn lo ve difícil, pero puede pagarle por investigar para él. El primer trabajo es una lista de preguntas que necesita saber si han figurado en algún test de estudiantes en los últimos años. Sydney y Jack se encuentran en el hospital en Ginebra haciéndose pasar por padre e hija de una familia de alta posición. Saben que Sark realiza allí experimentos con un virus mortal y ellos intentan conseguir una muestra utilizando como tapadera un transplante de riñón y para ello tienen un dispositivo, realizado por Marshall J. Flinkman (Kevin Weisman), que han de utilizar en el quirófano para que lance un anestésico que les permita librarse del transplante, tiene 15 minutos ya que ese es el tiempo que estarán inconscientes. De vuelta, Sydney debe evitar la muerte de su madre.

Kane (Faye Dunaway) ordena la caza y captura del padre de Sydney, Jack Bristol (Victor Garber). Sin embargo, y a pesar de los planes de Kane, Jack consigue huir, aunque su regreso al SD6 es invitable. Por otro lado, Sydney (Jennifer Garner) y Michael (Michael Vartan) viajan a Francia a desarrollar una misión. Lo que no saben es que el SD6 ha hecho seguir a Sydney y han confirmado su encuentro con una agente de la CIA. Jack necesita averiguar la razón por la que Kane quiere eliminarlo, para ello debe solicitar la ayuda de mujer Irina.

En este episodio, el universo de Alias vive un momento de caos con la misteriosa desaparición de Sloane, lo que trae un nuevo responsable del SD-6 a la vida de Jack y Sydney. Mientras los Bristow luchan por mantener a salvo su secreto frente a éste nuevo jugador, Will y Francie hacen un asombroso descubrimiento, Sydney destapa un fallo crucial que podría echar abajo toda la alianza. Sin embargo, para poner en marcha su plan, primero debe contarle a Dixon toda la verdad.

Sydney es informada sobre la fuga de su madre. La CIA ha decidido ascender a Jack de forma que pasa a ocupar el cargo del subdirector Kendall. Jack Bristow es el agente mejor capacitado para capturar a su esposa Irina Derevko. Aunque Jack accedió a quitarle a Irina el localizador aprovechó su momento romántico para implantarle un localizador pasivo. Jack localiza a Irina en la Toscana italiana. El servicio de contraespionaje de la Agencia desconfía del agente Michael Vaughn: se ha estado reuniendo sin autorización con agentes del KGB.

Sydney (Jennifer Garner) y Sloan (Ron Rifkin) se ven obligados a realizar una misión juntos: deben volar hasta China y recuperar un objeto importante. A la vuelta del viaje Sloan le entrega a Sydney un sobre cerrado con un código y una llave. La letra es indudablemente la de Sydney.

Sark (David Anders) es retenido por las fuerzas de seguridad francesas y extraditado a los Estados Unidos. Sydney (Jennifer Garner) y Vaughn (Michael Vartan) esperan a pie de pista el aterrizaje de su avión, pero no llega. Mientras, el senador George Reed (Raymond J. Barry, Ley y Orden, CSI) ha sido enviado para dirigir la operación. Se trata del padre de Lauren Reed, la esposa de Vaughn y también agente doble del Pacto y la CIA. Finalmente, Sark aterriza en el desierto y escapa, asesinando a los guardias y secuestrando a los hijos de Dixon (Karl Lumbly). George Reed no quiere negociar con terroristas, pero Jack sugiere que se abran las negociaciones para ganar un poco de tiempo. Por otro lado, Sloane y Barnett deciden terminar su relación.

Vaughn y Sydney están en México. Allí un contacto tiene información sobre un mapa que conduce a un objeto del rompecabezas de Rambaldi. Con la ayuda de un satélite localizan el objeto y envían a Sydney y a Vaughn a recuperarlo. Sloane (Ron Rifkin) esperando su ejecución, para tratar de salvar su vida, facilita a la CIA la información que les permite llegar hasta el mapa. A Vaughn le asaltan dudas respecto a su matrimonio con Lauren por la llegada de Sydney. Sark organiza un plan en el que Lauren debe matar a su padre para que Vaughn vuelva con ella por lástima. Finalmente, Lauren no es capaz de pulsar el gatillo, aunque una inesperada aliada le hace el trabajo sucio.