Coulson y su equipo son ahora fugitivos con recursos limitados - pero eso no les impedirá mantener el mundo a salvo de poderosas y ocultas amenzas en cualquier parte. Sin embargo, con los nuevos miembros que apenas conocen, ¿Volverán a confiar en S.H.I.E.L.D?

Perseguido y quedándose sin soluciones, Coulson pone a su equipo justo en la línea de fuego, con el General Talbot, Hydra y Creel en el ataque. Un Doctor misterioso alberga algunos secretos peligrosos que podrían destruir a uno de nuestros miembros del equipo central.

Coulson y su equipo compiten contra HYDRA para llegar a Donnie Gill - un dotado peligroso con la capacidad de congelar objetos - mientras que Simmons se ve atrapada en el fuego cruzado.

Mientras está en una misión para aprender más acerca de los secretos de la escritura misteriosa, Coulson se ve atacado por la única persona en quien puede confiar: la Agente Melinda May. El resto del equipo está atrapado en una situación explosiva, y le toca a Fitz salvarlos.

El equipo de Coulson está en contra de la hermosa y mortal Bobbi Morse - Jefa de Seguridad de Hydra. El padre de Skye obliga Raina a reunirlo con su hija a cualquier precio.

El mundo se vuelve contra S.H.I.E.L.D. cuando Hydra les suplanta para atacar las Naciones Unidas, y un enemigo inesperado lidera la carga para lograr su caída.

El equipo descubre víctimas de asesinato con glifos exóticos como los que Coulson ha grabado. Todos los secretos y las mentiras de Coulson vuelven a su cabeza.

Coulson y el equipo se encuentran en un épico enfrentamiento contra Hydra para descubrir un antiguo secreto, mientras que Ward, secuestra a su hermano, el senador Christian Ward, para un violento viaje por sus recuerdos.

S.H.I.E.L.D. descubre la antigua ciudad antes de Hydra, pero descubrir los secretos puede requerir que uno del equipo de Coulson haga el último sacrificio. Mientras tanto, May y Skye corren para llegar a Raina antes de que Whitehall se la lleve.

Coulson y las fuerzas de Whitehall se reúnen en un enfrentamiento explosivo que altera dramáticamente destinos de todo el mundo. Mientras tanto, Skye descubre secretos impactantes sobre su pasado.

El equipo de Coulson debe lidiar con las consecuencias de su guerra con Hydra mientras revelaciones impactantes amenazan con separarlos, e Hydra hace una jugada peligrosa que puede implicar a un traidor en medio de S.H.I.E.L.D.

Coulson y su equipo ayudan a Lady Sif que perdió su memoria mientras peleaba con un guerrero. Mientras tanto, Skye trata de controlar sus nuevos poderes.

Mark tiene secuestrado a Hunter para que no le cuente a los demás que Bobbi y Mark tienen un secreto. May contacta a su ex-marido para que le ayude a controlar los poderes de Skye. Bobbi y Coulson tratan de encontrar al padre de Skye que ha estado reuniendo a un grupo de personas con habilidades especiales.

Ward y la Agente 33 regresan y su nueva misión es recuperar la cara original de la Agente 33. May convence a Coulson de dejar en un lugar seguro a Skye para que esté lejos de S.H.I.E.L.D. Mientras tanto, Hunter se encuentra con el "verdadero S.H.I.E.L.D."

Bobbi Morse roba la caja de herramientas de Furia de la oficina de Coulson, permitiendo así que el "verdadero S.H.I.E.L.D." ataque las instalaciones. Gordon visita a Skye en la cabaña en que está aislada y le habla del hogar donde personas como ella pueden aprender a controlar sus habilidades.

Gordon lleva a Skye al "Más Allá", el refugio para gente con habilidades, donde conoce a Lincoln Campbell, otro joven con poderes quien le explica que a cada uno de ellos les es asignado un guía para ayudarlos a controlar sus habilidades. Gonzales les pide ayuda a Fitz-Simmons para abrir la caja de herramientas de Furia, pero Fitz se niega y decide abandonar S.H.I.E.L.D., aunque es en realidad una treta organizada entre él y Simmons para así poder escaparse con el objeto y mantenerlo a salvo. Mientras, Coulson y Hunter roban un quinjet con la ayuda de Mike Peterson, quien ha estado trabajando secretamente bajo las órdenes de Coulson y vigilando al Dr. List, uno de los líderes de HYDRA, con lo que ha descubierto que éste está realizando experimentos con gente que posee "dones".

La historia de la transformación de Melinda May en "La Caballería" se revela mientras se encuentra en una encrucijada en la guerra entre Coulson y Gonzales. Cuando Skye aprende más sobre su verdadera herencia a través de Lincoln, la verdad acerca de los Inhumanos le llevará en una nueva dirección.

Una nueva alianza peligrosa se forma cuando Coulson y Hunter recurren a la última persona que nadie esperaría - Grant Ward! A medida que la guerra entre las facciones de S.H.I.E.L.D. continúa, Skye y Lincoln se encontrarán envueltos en este conflicto.

Gonzales y Coulson deben encontrar una manera de poner sus diferencias a un lado y trabajar juntos contra HYDRA, incluso si esto significa colaborar con alguien en quien no confían.

Skye se debate entre su lealtad a S.H.I.E.L.D. y su conexión con los Inhumanos mientras la tensión aumenta entre los grupos - y Coulson revela un secreto que ha estado escondiendo de incluso los más cercanos a él.

S.H.I.E.L.D. apuesta todo para sobrevivir a una guerra que emborrona los límites entre amigo y enemigo. Coulson y su equipo deberán hacer grandes sacrificios que cambiarán sus relaciones y sus mundos.

La batalla entre SHIELD y los Inhumanos alcanza su punto máximo. SHIELD debe defender a los suyos y mantener a salvo a Skye.