Tras la muerte de sus padres, Peter Parker, un tímido estudiante, vive con su tía May y su tío Ben. Precisamente debido a su retraimiento no es un chico muy popular en el instituto. Un día le muerde una araña que ha sido modificada genéticamente; a la mañana siguiente, descubre estupefacto que posee la fuerza y la agilidad de ese insecto. Las aventuras del hombre araña se basan en el famoso cómic de Stan Lee y Steve Ditko.

Peter Parker lleva una vida muy ocupada, compaginando su tiempo entre su papel como Spider-Man, acabando con los malos, y en el instituto con la persona a la que quiere, Gwen. Peter no ve el momento de graduarse. No ha olvidado la promesa que le hizo al padre de Gwen de protegerla, manteniéndose lejos de ella, pero es una promesa que simplemente no puede cumplir. Las cosas cambiarán para Peter cuando aparece un nuevo villano, Electro, y un viejo amigo, Harry Osborn, regresa, al tiempo que descubre nuevas pistas sobre su pasado.

Han pasado los años y los mutantes están en declive. Logan, débil y cansado, vive alejado de todos hasta que acepta una última misión de Charles Xavier: la de proteger a una joven especial, de nombre Laura Kinney pero conocida como X-23, la última esperanza de la raza mutante.

Desde los albores de la civilización, fue adorado como un dios. Apocalypse, el primer y más poderoso mutante del universo X-Men de Marvel, acumuló los poderes de muchos otros mutantes, convirtiéndose en inmortal e invencible. Pero al despertar tras miles de años, se encuentra desilusionado con el mundo en que se encuentra y decide reclutar un equipo de mutantes poderosos, entre ellos a un descorazonado Magneto, con el fin de limpiar la humanidad y crear una nueva orden mundial, sobre la cual él reinará. A medida que el destino de la tierra está en juego, Raven con la ayuda del Profesor X se unirán junto a un equipo de jóvenes X-Men para detener a su mayor enemigo y salvar así a la humanidad de la destrucción total.

Cuando el Coronel anti-mutante William Stryker secuestra al Profesor X y ataca su escuela, los X-Men deben aliarse con su archienemigo Magneto para detenerlo.

Los X-Men son seres que poseen increíbles y peligrosos poderes que derivan de extraordinarias mutaciones genéticas. Bajo la tutela del profesor Xavier, sus poderes son puestos al servicio del bien. Ahora deberán proteger al mundo de Magneto.