Mientras vuelven a marcar viejas direcciones del Stargate, el SGC descubre que una puerta que anteriormente estaba enterrada ha quedado al descubierto. Envían una sonda a través y encuentran a dos arqueólogos. Sin embargo, cuando viajan a través del Stargate, descubren que se encuentra en una sociedad en guerra civil: un continente cree que las personas fueron creadas por un Goa'uld, mientras que su enemigo cree que los humanos llegaron de otro planeta, a través del Stargate. O'Neill, Carter y Jackson son capturados por las autoridades y interrogados, pero Teal'c resulta herido y ciego. ¿Podrá ayudar Teal'c a que SG-1 escape de los hostiles y regresar a través del Stargate?

A medida que Jackson sufre de una dosis fatal de radiación, lucha con el valor de su vida mientras sus amigos lidian con las repercusiones emocionales y diplomáticas.

SG-1 brings back an Ancient device, the purpose of which is unknown. When Jonas touched it the device activated. Upon reaching the SGC Jonas sees a large red insect fly into a wall, but no one else can confirm his sighting. The SGC is put into lockdown, but nothing is found. Jonas suspects that the Ancient device is causing his hallucinations, but to his dismay it is set to be shipped to Area 51. When Teal'c and Jack see the bugs as well, General Hammond decides to let Jonas take a crack at deciphering the Ancient text on the device.

El documentalista sigue siendo un dolor de cabeza para ellos, el SGC se enfrenta a un dilema inesperado. Con la mitad del equipo SG-13 en otro planeta luchando contra los Jaffa enemigos, los equipos SG 1, 5 y 7 entran como refuerzo. En medio de un intenso fuego, O'Neill recibe un disparo de un bastón en el pecho. Las numerosas muertes en el enfrentamiento afectan duramente al SGC y el Senador Kinsey ordena una investigación completa sobre el asunto.

Como el nuevo jefe del SGC, el General O'Neill empieza a sentir el peso de su responsabilidad y comienza a tener dudas sobre toda la idea, cuestionando su propia competencia.

Sam y Jacob están en el planeta Dakara tratando de configurar el dispositivo de los Antiguos para destruir a los Replicadores de una vez por todas, con la ayuda parcial de Ba'al y Daniel, quien logra congelar a los Replicadores manipulando al duplicado de Carter.

SG-1 regresa temprano de una misión solo para darse cuenta de que ellos y el Gral. Landry no están en la misma página en lo que respecta a la misión que acaban de completar. La confusión se resuelve rápidamente cuando el "verdadero" SG-1 regresa en el momento correcto. La Dra. Lam los examina a todos y concluye que son idénticos y piensa que podrían ser clones. Sin embargo, Sam cree que podrían haber venido de un universo paralelo como resultado del agujero negro que crearon cuando destruyeron el punto de apoyo de los Ori. A medida que llegan más equipos de SG-1 de otros universos alternativos, uno de ellos incluye al Dr. Fraiser y otro incluye al Tok'ra Martouf. Queda en manos de Sam y Martouf encontrar una manera de enviarlos a todos a casa.

Vala es secuestrada por agentes de la Confianza que intentan encontrar un antiguo tesoro cuando un accidente hace que Vala olvide quién es.

Cameron Mitchell must go undercover inside the Lucian Alliance to find the location of the hijacked Odyssey.

Durante un experimento fallido, Samantha es transportada a un universo paralelo donde oculta la Tierra para salvarla de un ataque de los Ori. Regresar a su propio universo no es recibido con simpatía.

El general Landry acompaña a SG-1 en una misión para recopilar el conocimiento de los Asgard. Sin embargo, cuando aparecen los Ori, Sam se ve obligada a evacuar a la tripulación. Landry y SG-1 se quedan a bordo, pero quedan atrapados e indefensos en un campo de dilatación temporal durante décadas.