A new leader has risen among the Free Jaffa, K'tano, former First Prime of Imhotep. SG-1, accompanied by Bra'tac, seeks an alliance between the Tau'ri and the large force he has amassed.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.

Sam y Jacob están en el planeta Dakara tratando de configurar el dispositivo de los Antiguos para destruir a los Replicadores de una vez por todas, con la ayuda parcial de Ba'al y Daniel, quien logra congelar a los Replicadores manipulando al duplicado de Carter.

Con las amenazas tanto de los Replicadores como de los Goa'uld considerablemente disminuidas y la nave hermana de la Prometheus, la Daedalus, ahora en construcción, SG-1 está ansioso por viajar en la nueva nave. Sin embargo, el ánimo se ve algo oscurecido por una llamada telefónica que informa al Dr. Jackson sobre la muerte de Catherine Langford. Después del funeral, la sobrina de Catherine le entrega a Daniel "algunas cosas sueltas" que su tía quería que él tuviera. Al entregarlo, descubren que casi toda su colección fue enviada al laboratorio de Daniel. En uno de sus libros, él encuentra una posible ubicación de un ZPM, pero los escaneos del área muestran que ya no está allí. Daniel propone que utilicen la máquina del tiempo de los Antiguos para obtenerlo de Ra en Giza en el año 3000 a.C.

SG-1 ha cambiado el curso de la historia y ha hecho que el SGC sea prácticamente inexistente. Los doctores Carter y Jackson han ayudado al Brigadier General Hammond a encontrar la Puerta Estelar en la Antártida, pero no se les permite ayudar más. Ayudan a Jack a activar la máquina del tiempo y convencen a Hammond de permitirles unirse a la misión a Chulak para encontrar a Teal'c.