Teyla and Dr. Keller go to the Athosians' new planet, where they discover that the Athosians have gone missing. It seems to be the work of a warrior tribe, the Bola Kai.

The entire city locks down for a false quarantine, leaving people stranded with a decreasing amount of oxygen, while Rodney is unable to reach a computer.

Poco a poco, todos en Atlantis llegan a aceptar la repentina reaparición del Dr. Carson Beckett, quien afirma haber sido prisionero de Michael durante aproximadamente dos años. Les cuenta lo que estaba haciendo en el laboratorio de Michael y se ponen en marcha para encontrar a la secuestrada Teyla. La Dra. Keller descubre cómo ha llegado allí en primer lugar. Mientras tanto, Sheppard ha estado utilizando todos sus contactos para tratar de localizar a Teyla, pero se encuentran con alguien del pasado. Por su parte, Teyla ha encontrado a algunos de los atosianos vivos, pero son pocos debido a los experimentos de Michael. Michael le explica qué es lo que quiere de ella, así como sus propios planes para el futuro.

Rodney está infectado con una enfermedad mortal conocida como "segunda infancia" que disminuye sus capacidades mentales y hace que pierda su memoria gradualmente.

El Dr. Daniel Jackson llega a Atlantis en busca de una sala perdida de los atlantes. El descubrimiento revela una nueva raza. Daniel y McKay son secuestrados por la nueva raza y son obligados a terminar un dispositivo que podría matar a los Wraith. Todd se siente traicionado y se lleva el Daedalus.

La nueva raza que robó el dispositivo, sin mencionar a Rodney y Daniel, resulta ser una antigua, lo que significa muy antigua y bien conocida por la raza humana. Con una antigua rencilla por resolver, obligan a Rodney a activar el dispositivo contra los Wraith con un efecto secundario que podría matar a millones en toda la galaxia. Esto enoja a los Wraith, así que se llevan a la Daedalus para tomar represalias. Una vez más, nosotros, los humildes humanos, tenemos que tomar el control de una situación complicada para evitar que las razas maestras causen estragos en la galaxia.