La Enterprise detecta 3 estrellas congeladas, restos de una supernova y también un planeta clase minshara a menos de 5 años luz con unos 500 millones de habitantes que componen una civilización entera. Puestos en órbita a 500 kilómetros sobre el planeta, T'Pol informa que se trata de una civilización preindustrial y que el protocolo estándar dice que se ha de esperar a que una sociedad desarrolle el primer motor warp antes del primer contacto. Esos son los protocolos vulcanos hasta la fecha y el capitán Archer, a pesar de no ser protocolos humanos, decide adaptarlos bajando al planeta disfrazados y maquillados como nativos gracias a la tecnología manejada por el doctor Phlox. El lugar exacto será una granja para así correr menos riesgos. Antes de salir en una ciudad del continente Este se detectan emisiones de neutrino producidas posiblemente un reactor antimateria. No saben si alguien los ha visitado antes y no detectan nada a tanta distancia. Hoshi Sato, Tucker, Archer y T'Pol descienden y se separan en dos grupos observando como muchos habitantes (los Akaali) sufren algún tipo de plaga que los están matando. Encuentran el reactor dentro de un edificio similar a una tienda protegido con una barrera magnética que Tucker intenta desactivar cuando una mujer les apunta con una especie de ballesta preguntándoles que hacen en el lugar y les explica que allí se hacen entregas nocturnas y que cree que la gente enferma por algo relacionado con lo que allí se esconde. Riann (Diane DiLascio), una boticaria, es reducida de un disparo por T'Pol. Archer se queda con ella y cuando despierta no se cree que se ha desmayado como el capitán le dice. Le pregunta si trabaja para Garos (Wade Andrew Williams), el dueño de la tienda, y al él negarlo si acepta la versión de que es un investigador de otra ciudad y no le puede contar nada más. Quedan al día siguiente en el mismo lugar para hablar.

El Enterprise explora Valakis, un planeta descubierto recientemente, habitado por dos pueblos distintos. Una de las razas padece una enfermedad incurable, con millones de muertos. A Phlox se le plantea un difícil dilema ético. ¿Podrá Phlox con toda su ciencia médica ayudar a esta gente?....

El capitán Archer protege a una nave civil vulcaniana mientras la reparan. Estos vulcanianos salieron hace muchos años de su planeta natal para buscar nuevas emociones. Las dos tripulaciones se hacen rápidamente amigas. En un experimento, T'Pol tendrá la posibilidad de descubrir sus emociones reprimidas....

Cuando los Ferengi abordan la nave, toda la tripulación duerme. También Phlox y T'Pol, con quien uno de los ladrones se muestra entusiasmado, están bajo ese efecto. Los Ferengi registran ávidamente la nave y se llevan todo lo que no está sólidamente fijado. La única esperanza que le queda al Enterprise es Trip, vestido con ropa interior azul...

En un almuerzo de negocios con un comerciante que intenta vender seda a T'Pol, surge en la conversación un planeta donde aquél ha encontrado una nave. Al no ver signos de vida, se acercó para echar un vistazo y se dio cuenta que allí había todo lo que la tripulación necesita. Por diez kilos de café estaría dispuesto a darle las coordenadas. ¿Por qué no se las llevó él mismo? Porque la tripulación se lo impidió. Cuando Archer T'Pol, Trip y Merryweather avistan la nave, sus tricordios emiten la misma señal que el del comerciante: ningún signo de vida. Cada vez tienen más la impresión de que el lugar está realmente embrujado. T`Pol oye ruidos sin detectar la menor señal de vida, ni siquiera de ratas, ven sombras, se sienten vigilados. Siguen a una de las sombras hasta un jardín en medio de la nave, envuelto en una nube de vapor. Allí encuentran a la tripulación, a la que enseguida empiezan a ayudar a reparar la nave. Sin embargo, la nave y su tripulación guardan un sombrío secreto...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Después de tres meses de actividad sin pausa, T'Pol demuestra que el rendimiento de la tripulación ha descendido un tres por ciento y concluye que todos padecen falta de actividad sexual. Conclusión: vacaciones en el planeta Risa. Aunque Trip y Archer no dicen nada, la idea les gusta. Pero, para empezar, el planeta está a nueve días de distancia, y a continuación, les llega una orden del almirante Forrester: deben ir a buscar a una embajadora Vulcaniana a un planeta llamado Mazar. Nada más llegar, son informados de que T'Val va en una lanzadera camino del Enterprise. Además, se sabe que T'Val ha sido relevada de su puesto por abuso de autoridad y comportamiento delictivo. La conducta de la diplomática sorprende y asombra a todos los del comité de recepción. Archer y Trip estrechan su mano y T'Pol se da cuenta, al saludarla en Vulcaniano, que ella se ha alegrado de dirigirse a él en inglés. Durante la comida ella hace una broma y, lo que es peor, es acusada de un delito y no se defiende de lo que asegura un testigo. Y eso que el comportamiento delictivo no es normal en un Vulcaniano, y menos en uno de su posición. En ese momento llega otra nave de Mazar, le ordenan a T'Val que regrese, el Enterprise se ve envuelto en una lucha, y la embajadora no da ninguna explicación, así que Archer emprende una jugada diplomática con todas sus reglas y posibilidades...

Tras un corto rodeo, el Enterprise se encuentra otra vez rumbo a Risa. Pero en mitad de los preparativos el Enterprise recibe una llamada de socorro y Archer decide ayudar a la nave. El capitán de la nave es un extraterrestre vigoroso y amable llamado Zombral, que invita a Archer y Trip a un banquete en su honor en su planeta, pues al parecer entre ellos no es obligado atender las llamadas de socorro, y además a Trip le ha costado mucho trabajo reparar la pequeña nave. Aunque Trip se muestra poco entusiasmado, entre otras razones porque ya tuvo alguna desagradable experiencia con la carne de serpiente en el desierto australiano, deciden aceptar la invitación ante la perspectiva de una comida suculenta. Pero cuando se descubre que el amable Zombral es un terrorista a en busca y captura, los peores temores de Trip amenazan con hacerse realidad...

Cuando la tripulación visita una colonia de una raza llamada Paraaganos, ocurre un accidente, en el que mueren 3600 habitantes, del que aparentemente es culpable el Enterprise. Aparte de su presencia, no hay pruebas de la culpabilidad del Enterprise, pero para los mandos de la Flota estelar no hay duda: la misión de la tripulación en el espacio debe interrumpirse. A raíz de esto, la Humanidad vuelve a encontrarse como estaba 20 años atrás. Archer se va a la cama tras un día duro, y se despierta al día siguiente en su apartamento de San Francisco con las misma llamada de Trip, diez meses antes, antes del incidente de Broken Bow, antes de que los hombres se lanzaran al espacio en una misión sin un objetivo determinado....

"Nota en el cuaderno de bitácora del oficial científico, 14 de agosto de 2152. La Enterprise continúa en ruta hacia el sistema Trinary. He enviado una llamada de socorro, pero la nave vulcaniana más próxima se encuentra a nueve días de distancia. Cuando quieran llegar, lo más probable es que encuentren sólo nuestros restos, o ni siquiera eso. Incluso aunque el Enterprise resista al agujero negro, la tripulación no podrá sobrevivir..."

Trip y Hoshi intentan comprender unos dibujos con miles de años de antigüedad, para lo cual toman datos. Ya han tomado notas en 24 cámaras en ruinas, que recuerdan a los aztecas. Pero ya no harán más por hoy: una tempestad se aproxima a velocidad de vértigo. Desgraciadamente, no pueden usar la lanzadera, así que la única posibilidad es ser teletransportados. Hoshi sostiene que no quiere que dividan sus moléculas y luego las vuelvan a unir. Trip afirma estar dispuesto a ir el primero. Como con él todo sale bien, Hoshi se deja también teletransportar. Y, al menos en apariencia, todo sale bien...

Guerra. O se puede decir que falta poco para que empiece. Los Andorianos están tan dispuestos a defender "su" territorio como los Vulcanianos. Ambos creen tener acreditados sus derechos. Ambos han sacado ya sus armas. Cuando los andorianos hacen prisioneros a tres soldados vulcanianos, los vulcanianos proponen negociaciones de paz, pero nadie cree en ellas. Para el comandante Shran, la única solución es ese piel rosada con el que tuvo algunos tratos: Jonathan Archer.

La nave es tragada por una nave alien ocupado por criaturas no corporeas que invaden los cuerpos de los miembros de la tripulación.

Cuando la nave invierte su curso para ir a investigar un fenómeno planetario, Mayweather aprovecha la oportunidad de visitar la nave de carga donde nació y creció, el E.C.S. Horizon. Pero su padre, el capitán de la nave, recientemente murió, y Travis descubre que las cosas en casa no son como parecen.

Mientras estudian una estrella en las fases anteriores de volverse supernova, la nave se encuentra con una raza llamada Vissians. Las dos tripulaciones se llevan bastante bien, hasta que Tucker se pone demasiado curioso sobre un miembro del tercer género de la especie: un individuo llamado "cogenitor."

Un equipo de investigación ártica en la Tierra descubre los restos de una nave alien, de casi un siglo atras, enterrado en un glaciar junto con los cuerpos de dos humanoides cibernéticos. Una vez que estos seres se deshielan para investigarlos, vuelven a la vida y raptan a los científicos y se escapan en su nave. La enterprise debe interceptarlos, pero el Capitán y su tripulación descubren que estos cyborgs son un enemigo terrible.

Una sonda proveniente de una fuente alien desconocida libera un ataque que devasta la Tierra. La nave es llamada, y camino a casa el Capitán Archer descubre que los perpetradores vienen de una región del espacio conocida como la Expansión de Delphicun lugar donde cosas muy raras pasan, y de que algunas naves que entran nunca retornan. Starfleet debe decidir ahora si arriesgarse enviando los NX-01 a la Expansión de Delphic para prevenir un posible segundo ataque.

La tripulación sufre los efectos de distorsión espacial producidos por la expansión délfica mientras son atacados por unos aliens.

Mientras investigan una nave Xindi abandonbada en un planeta selvático, Reed, Hoshi y Archer son atacados por un virus que los hace volverse primates.

La Enterprise está a punto de una confrontación con los Xindi cuando de pronto toman a una extraña pasajera, una hermosa esclava Rajiin.

Cuando Archer con su grupo contestan una llamada de auxilio de una nave vulcana atrapada en la expansión délfica, son atacados por unos vulcanos zombies.

Cuando Trip recibe una herida mortal, la única alternativa para seguir viviendo es el trasplante de un simbionte mimético que Plox tiene junto a otras extrañas criaturas en su laboratorio.

Un grupo de religiosos Zealotes secuestran la nave para usarla contra sus enemigos de la fe.

Una nave Andoriana al mando del comandante Shran llega a la Expansión Délfica para ayudar a la enterprise del ataque Xindi.

Archer finalmente se encuentra cara a cara con Degra, el diseñador de la super arma Xindi, a quien trata de forzar para que revele su ubicación.

Archer encuentra una nave colisionada en un planeta desértico. Tiene en su interior una incubadora en malfuncionamiento y llena de huevos insectoides Xindi, y toma medidas extremas con tal de salvar el nido. Mientras tanto apenden sobre las tecnologías de la nave alien.

Archer es devuelto a la nave inexplicablemente después de una brutal tortura por parte de los Xindi. La Enterprise se recupera de los daños sufridos por el ataque de los Reptilian. Archer se entera que hay una facción del consejo Xindi que quiere dialogar con él, pero son varios años luz y la nave esta averiada.

Habiendo llegado a las esferas metálicas para un encuentro secreto con Degra, el supervisor de armamentos Xindi. Archer trata de convencerlos de que los humanos no son sus enemigos, mientras la tripulación repara los graves daños de la nave.

T'Pal y Reed van en una expedición a unas extrañas esferas metálicas causantes de la expansión Délfica, mientras Archer va al consejo Xindi a evitar diplomáticamente un ataque a la tierra.

Archer y sus nuevos aliados dentro del consejo Xindi intentan evitar el ataque a la tierra por parte de los insectoides y los reptílicos, mientras T'Pal y Reed van a destruir las extrañas esferas metálicas causantes de la expansión Délfica.

A bordo de la nave de Degra, Archer, Reed y Hoshi trabajan con los Arboreals y los humanoides para alcanzar a los Reptilians y detener el superarma Xindi. Archer planea abordar el super arma y sobrecargar sus motores. Mientras en la expansion délfica intenta destruir la esfera 41 y as desamblar toda la red, mientras los creadores de las esferas tratan de acabar con ellos.

Después de finalizado el conflicto todos deberán enfrentarse a los resultados de sus acciones durante la guerra Xindi. T'Paul y Trip viajan a Vulcano. Ella debe reconsiderar su relación con su prometido Koss.

Un grupo peligroso de humanos mejorados genéticamente llamados Augments escapan de un planeta prisión. Buscan crear una guerra entre Klingons y humanos. La enterprise es alistada junto al criminal Dr. Arik Soong, creador de estos superhombres, para cazarlos.

T'Pol, Archer y T'Pau van en busca del Kil'Shara, el objeto que contine las escrituras sagradas de Surak. Cuando lo llevan de regreso a la capital Vulcana se encuentran en medio de un pleito entre naves militares vulcanas y andorianas.

El inventor del transportador, Emory Erickson, viene a la Enterprise a hacer un experimento arriesgado.

La Enterprise viaja a Babel con un embajador Tellarite para tentativas de paz con los Andorianos, cuando es recibida una llamada de auxilio de Shran.

Archer trata de unir a Andorianos, Tellarites y Vulcanos en un plan para capturar una nave que esta tratando de desestabilizar la región.

Archer visita el mundo de Shran's para encontrar una subespecie Andoriana llamada los Aenar, para determinar su conexión con la nave que destruye naves en la región.

Mientras la Enterprise visita la tierra para el lanzamiento del Columbia, Phlox es secuestrato y forzado a ayudar a los Klingons.

En un universo paralelo y como segundo a bordo, Archer y la tripulación de la Enterprise inician un motín contra el capitán Forrest para apoderarse de una nave terrestre en el espacio Tholiano.

La saga del Universo Espejo concluye cuando Archer se declara capitán de una formidable nave estelar del futuro, mientras que su tripulación alienígena inicia una rebelión en un intento desesperado por evitar que él alcance el poder supremo.

En la Tierra, un grupo xenofóbico, los Terra Prime, intenta terminar con el anexamiento de aliens y las relaciones con más planetas.

Un líder humano aislacionista amenaza destruir el comando de la flota estelar si los aliens no abandonan la tierra.

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.