En lugar de esperar a que los Jem'Hadar ataquen, Sisko quiere intentar una táctica diferente; quiere tomar una nave estelar de clase nueva para tratar de encontrar a los Fundadores.

Odo ha encontrado su hogar y es presentado. Mientras tanto, Sisko descubre que las negociaciones de paz entre el Dominio y la Federación ya han comenzado.

After chasing a fugitive into a cave, Kira gets stuck and is slowly encapsulated by a growing crystal stone while Odo tries to figure out how to free her.

Odo es golpeado repentinamente por una enfermedad. Apenas puede mantener su forma. Bashir y Odo no ven otra alternativa que ir a los Fundadores. Garak quiere acompañarlos.

Después de formar un plan de ataque contra el Dominio, Sisko cede el mando del Defiant a Dax después de aceptar un ascenso. En DS9, la resistencia enfrenta el descubrimiento cuando Odo se enlaza con otro cambiaformas.

Sisko lleva a cabo un ataque para retomar DS9, mientras que Rom enfrenta cargos como enemigo del estado dominion.

La Federación ataca DS9 con la esperanza de mantener el campo de minas en el agujero de gusano intacto, mientras que el Dominio espera ingresar al Cuadrante Alfa desde el otro lado.

Un Vorta le ofrece a Odo información valiosa sobre el Dominio a cambio de asilo. Mientras tanto, Nog utiliza sus conocimientos Ferengi mientras regatea para obtener una pieza valiosa de equipo para el Jefe O'Brien.

When the ship Worf was serving on is attacked in battle and all search efforts are abandoned, Ezri takes a runabout in search of him against Sisko's orders. Meanwhile, Sisko proposes to Kassidy Yates.

Los Profetas le han dicho a Sisko que no aprueban su próximo matrimonio. Después de haber sido capturados por los Breen, Ezri y Worf aún no saben por qué los Breen se molestarían en capturarlos. Algunos cardassianos están comenzando a pensar que su alianza con el Dominio fue un grave error. Gul Dukat, disfrazado como bajorano, pisa DS9 y continúa desplegando su plan.

Kai Winn se involucra sin saberlo con Gul Dukat, que ha sido sometido a una cirugía para parecerse a un bajorano, utilizando el nombre de 'Anjohl'. Las tensiones aumentan aún más entre Weyoun y el Legado Damar, mientras que el Dominio se reúne para firmar un tratado de paz con los Breen, que incluye otorgar a los Breen ciertos territorios cardasianos. Después de haber sido prisioneros del Dominio, Ezri y Worf intentan escapar del mundo natal cardasiano.

Después del ataque de los Breen a la Tierra, abundan las emociones encontradas en DS9. Kai Winn revela sus verdaderos sentimientos hacia los Profetas a su guía espiritual, un granjero bajorano llamado Anjohl, que en realidad es un Dukat alterado quirúrgicamente, y ella los abandona, convencida por él de abrazar a los Pah Wraiths. En el mundo natal de Cardassia, el Legado Damar lidera una resistencia contra el Dominio.

Odo se ve más afectado por la enfermedad que amenaza con eliminar a su raza de lo que deja entrever, mientras Kira tiene que lidiar con la aversión de los Cardassianos hacia ella. Aunque el General Martok ve el movimiento del Canciller Gowron como parte de una vendetta política, no hace nada al respecto. Worf sospecha que las estrategias militares de Gowron están destinadas a humillar las habilidades de mando de Martok, sin tener en cuenta las consecuencias que esto tiene para los Klingons en su conjunto. Mientras tanto, O'Brien sugiere a Bashir que anuncie que ha encontrado una cura para la enfermedad de los Cambiaformas con el fin de atraer a alguien de la Sección 31 a DS9.

Odo comienza a recuperarse de la enfermedad mortal que el Dr. Bashir le dice que fue creada por la Sección 31 para exterminar a toda la raza de los Fundadores. Una misión de resistencia sale mal para Kira y Garak, y terminan escondiéndose en el sótano de la casa en la que Garak creció. Pronto escuchan que el Legado Damar, quien había estado en su misión y estaba escondido con ellos, acaba de convertirse en una víctima de la guerra. El Gran Nagus ha elegido a Quark como su sucesor, ante su inminente retiro en el planeta de placer, Risa.

A medida que la Guerra del Dominio llega a su fin, Dukat se acerca a los Pah Wraiths para despertarlos. Mientras tanto, el Dominio se vuelve contra los cardasianos rebeldes, destruyéndolos ciudad tras ciudad. ¿Prevalecerá la Alianza sobre el Dominio? ¿Podrá Garak y la Rebelión detenerlos antes de la destrucción de Cardassia? ¿Logrará Sisko detener el ascenso de los Pah Wraiths?