Las tensiones aumentan entre Alec y Clary, ya que no se poner de acuerdo manera de cazar a Valentine. Pero cuando Jace e Isabelle son enviados en una misión de inteligencia para los Seelies por Maryse Lightwood, Alec es puesto a cargo de mantener a Clary segura, muy a pesar de ambos. Con dura madre de vuelta en la ciudad y las tendencias a romper reglas de Clary, Alec se encuentra luchando para atenerse a las reglas de la Clave, manteniendo su promesa a Jace.

Magnus y Luke revelan el pasado de Clary. Mientras tanto, Isabelle y Alec son puestos a prueba para restaurar el nombre de su familia a los ojos de la Clave. Con Luke necesitado de ayuda, Jace, Clary y Simon lo llevan a la casa de Magnus con la esperanza de que le salve la vida. Una vez allí, la historia de como Valentine se volvió malvado y el pasado de Jocelyn y Luke son revelados a Clary con la esperanza de restaurar su memoria y saber qué ocurrió con la Copa Mortal.

Clary considera si debe revivir a Simon como vampiro. En el instituto, la aparición de la enviada de Clave, Lydia Branwell, obliga a Alec a sacrificarse.

El Instituto está en pleno funcionamiento mientras todos se están preparando para la boda de Alec y Lydia. Lydia está recibiendo los últimos retoques en su vestido de novia, las decoraciones de la boda se ponen e Isabelle está tratando de encontrar una manera de hacer una fiesta de soltero mundana tradicional para su hermano-le guste o no. Durante lo que debería ser un momento de gran celebración para muchos es lejano a eso a medida que examinan sus relaciones. Alec está luchando entre dos lados -su matrimonio es uno de los días más importantes de su vida y su parabatai debe permanecer a su lado, pero por desgracia, todavía hay una gran cantidad de tensión entre él y Jace. Alec también continúa luchando con sus sentimientos por Magnus, especialmente cuando Magnus no se da por vencido con Alec. Mientras que en el Instituto hay un aire de romance, Clary trata desesperadamente de hacer funcionar las cosas entre ella y Jace, pero él no parece dispuesto a cambiar de opinión. Entre todo esto, Jace, Clary y Magnus buscan a Ragnor Fell, un brujo poderoso, para ayudarles a crear un antídoto para Jocelyn.

El tiempo corre para los Shadowhunters en su búsqueda de detener a Valentine. Jace, quien aún está lidiando con todo lo que ha sucedido, hace de la cacería de Valentine su prioridad número uno aunque continúa batallando con sus confusos sentimientos. Esperando encontrar una forma de detener a Valentine antes de que sea demasiado tarde, Clary y Simon deben encontrar la llave para desbloquear el coma de Jocelyn. Pero esa llave para desbloquear el hechizo de Jocelyn podría deshacer el tratado de paz con los subterráneos, la relación de Simon con Raphael y el clan de vampiros en el proceso. Mientras tanto, Alec debe lidiar con las consecuencias de su decisión y lo que su elección significa para su futuro.

Jocelyn se reúne con su familia. Clary y el nuevo jefe del Instituto discrepan en cómo rescatar a Jace de Valentine, quien revela un oscuro secreto.

Valentine tiene una nueva idea para ganarse a Jace, Simon le pide ayuda a magnus y Clary busca el equilibrio entre su vida pasada y la actual.

Alec planea la ceremonia de runas para su hermano Max, pero la tensión aumenta entre los shadowhunters y conduce a una velada de dolorosas revelaciones.

Clary, Jace y Simon parten hacia la Corte Seelie para obtener respuestas de la reina de las hadas, mientras Alec prepara un acuerdo de paz con los subterráneos.

Después de un devastador ataque en el Instituto, todo el mundo está en alerta mientras los cazadores de sombras se acercan a la caza deJonathan. Mientras tanto, Simon y Maia ayudan a un nuevo submundo mientras la Reina Seelie exige una respuesta de Magnus y Luke.

Alec invita a su madre a una cena familiar con la ayuda de Magnus. Raphael se enfrenta a una desgarradora tragedia personal. Simon intenta entrar en la corte seelie.

Magnus le pide ayuda a un viejo amigo durante la investigación de un ataque demoníaco con Clary. Simon intenta arreglar las cosas con una visita que no quiere marcharse.

Clary, retenida por la Clave, está a la espera del juicio. Magnus, Alec e Isabelle tratan de salvar a Jace. Simon obtiene más información sobre la reina de Edom.

Simon toma una dolorosa decisión para proteger a su familia. Magnus le pide ayuda a su padre. Los shadowhunters se preparan para enfrentarse a Lilith.

Los recuerdos de haber sido poseída por Lilith persiguen a Jace. Clary descubre la verdad acerca de la runa que la une con Jonathan. Luke le da consejos a Maia.

Incapaces de quitar la runa, los Shadowhunters deciden probar con otra estrategia. Magnus sufre los efectos adversos de la transfusión mágica.

La hermana de Simon mantiene viva la tradición en la noche de Halloween. Clary sufre la separación de Jace. Alec tiene que tomar una dificil decisión acerca de Magnus.

Consumido por la runa, Clary huye con Jonathan a un club del mundo subterráneo donde espera obtener la espada Estrella del Alba. Izzy trata de reforjar a Gloriosa.

Jonathan hace un pacto con los Seelies y revela su verdadera identidad. Los Shadowhunters, desesperados por detenerlo, se involucran en una batalla Alicante

Los shadowhunters descubren una runa con la que podrían entrar a Edom y unirse a los subterráneos para encontrar a Magnus y liberarlo.

Los aliados se enfrentan a Lilith en su versión más poderosa. Mientras tanto en la Tierra, Jonathan planea un ataque devastador contra los institutos.