El hijo de Claire, Aaron, está enfermo. A pesar de los cuidados, Jack no sabe muy bien lo que tiene el niño.Para Rousseau, el origen de la enfermedad de niño está en lo que le sucedió a Claire cuanto fue capturada por "Los otros". Pero como la joven no recuerda nada, no pueden averiguar lo que le ocurrió durante ese tiempo. Claire no renuncia a saber lo que le ocurre a su hijo, por lo que le pide a Lily, que es psicóloga clínica, que le ayude a averiguar que es lo que pasó mientras estaba retenida por “Los otros”. La mujer sólo recuerda que estuvo en un laboratorio. Y esta información hace que Claire y Kate presionen a Rousseau -que parece conocer el lugar donde se encuentra el laboratorio-, para que vaya hasta allí y consiga algún remedio para la extraña enfermedad de Aarón. Flash backs de Claire Claire empieza a recordar el tiempo que se pasó en cautiverio, lo que la hicieran a ella y al bebe y como consiguió escapar

Los últimos incidentes han hecho que Michael, con gran determinación, persuada a Jack para que le ayude a rescatar a Walt. Michael decide qué supervivientes deben acompañarle, y en ese grupo no incluye a Sayid. Esta actitud hace sospechar al iraquí, ya que tiene la sensación de que está mientiendo y que tiene un pacto con “los otros”. Teme que sus amigos vayan directamente a una emboscada. Estas sospechas se concretan cuando descubre que Michael ha liberado a Henry. Temeroso que sus amigos puedan caer en una trampa decide comentar sus sospechas con Jack. Después de la conversación secreta entre los dos hombres, ambos decide preparar un plan alternativo. Flash back de Michael Michael recuerda el tiempo que pasó con los otros, que le hicieron y que le propusieron a cambio de su hijo

Jack y Sayid descubren en la distancia un velero. Piensan que puede tratarse de una excelente oportunidad para llevar a cabo su plan, por lo que deciden abordarlo. Los hombres descubren que en el velero viaja Desmond, que ha retornado a la isla, muy a pesar suyo. Sayid se sube a la embarcación para navegar bordeando la isla hasta el campamento de “Los otros”, con la intención de sorprenderles. Pero cuando está llegando al refugio, descubre en la costa una inquietante estatua, que no presagia nada bueno. Mientras, Michael, ajeno a lo que está sucediendo, se adentra junto a Jack, Kate, Sawyer y Hurley en la selva. Después de una dura jornada, el grupo se encuentra de frente con “Los otros”. Este encuentro dará respuesta a muchas de las preguntas que estaban planeando, entre ellas dónde había estado Michael y cuáles son las decisiones que éste ha tomado para poder rescatar a su hijo. En el campamento de los supervivientes, Eko y Locke, discuten acerca de dejar de apretar el botón. Una decisión que puede conllevar graves consecuencias para todos.

Desmond y Locke se han encerrado en el bunker, tras decidir no seguir con la esclavitud de estar pendientes de pulsar el botón. Fuera, Eko con la ayuda de Charlie, trata de impedir que consigan su propósito, ya que consideran que en el caso de que no se pulse el botón, se va a producir un cataclismo. Al otro lado de la isla, Michael ya es un padre feliz, porque ha conseguido rescatar a su hijo que estaba secuestrado por “Los otros”, pero, a cambio, ha facilitado que Jack, Kate, Sawyer y Hurley sean apresados.

La vida de Sun y Jin peligra cuando Sayid propone ir en busca de losprisioneros. Sayid tiene un plan en función de "los otros" en la playa. Kate y Sawyer son sometidos a trabajos forzados y sus conversaciones son espiadas por "los otros". Ben trata de convencer a Jack de la conveniencia de su colaboración para su bienestar y su salud.

Juliet pide a Jack que intervenga a Ben pero éste dice que no superará la operación. Mientras, la vida de Sawyer está en peligro ya que Dani, uno de los guardianes de Ben, ha decidido que es una amenaza para la comunidad. Kate recuerda una parte de su pasado, lo que la llevará a tomar una importante decisión. Jack, presionado tanto por Kate como por Juliet, elegirá qué hacer respecto a una importante oferta de Ben. Y al mismo tiempo Locke descubre oculto un mensaje que cree que posiblemente les ayude a resolver los secretos de la isla.

La situación límite a la que han sometido "los otros" a Jack, hace que interrumpa la operación de Ben, a cambio de que dejen escapar a sus amigos. Mientras, Kate y Sawyer con la ayuda de Álex (Tania Raymonde), consiguen escapar de sus captores. Juliet recuerda su pasado como médico investigadora en fertilidad y la oferta que la llevó hasta su nuevo "hogar" en la isla.

Un día despues de huir de la isla, Kate (Evangeline Lilly), Sawyer (Josh Holloway) y Karl (Blake Blashoff), que aún sufre los efectos del tratamiento de lavado de cerebro, sopesan el volver a la isla de Hydra para rescatar a Jack (Matthew Fox). La suerte de los escapados contrasta con la de Juliet (Elizabeth Mitchell), que es sometida a juicio y condenada a muerte por asesinar a uno de los suyos. De nuevo, Jack tiene en sus manos el salvar a Juliet, aunque con un cierto coste. Al tiempo, Jack recuerda unas vacaciones en Thailandia donde conoció a Achara, una misteriosa artista de tatuajes.

Kate, Sayid, Locke y Rousseau consiguen llegar hasta el campamento de "los otros". Kate se sorprende de la actitud tan amigable de Jack con sus captores, Jack se justifica diciendo que Ben le ha hecho la promesa de dejarle volver a casa. En este episodio se revelan más datos del pasado de Locke y recuerda la relación tormentosa con su padre. En su afán por buscar la verdad de la isla, Locke presiona a Ben para que le cuente ciertos secretos de este misterioso lugar. Al poner en marcha su destructivo plan, hará realidad su sueño de quedarse en la isla, mientras que Ben no romperá la promesa a Jack; pero el líder de los otros aún tiene una sorpresa para Locke...

Poco a poco Ben introduce a Locke en los secretos de la isla, incluido el misterioso Jacob. El secreto de Juliet se hace público. Los flashbacks muestran la historia de Ben en la isla.

Los supervivientes se preparan para la llegada inminente de "los otros" y Jack dispone de un plan para enfrentarse a ellos. Juliet ayuda aportando los datos que conoce de las distintas estaciones que hay diseminadas por la isla. Sayid pretende enviar un mensaje que solo podría realizarse desde la estación submarina de "El Espejo". Desmond ha vuelto a tener otra visión en la que, de nuevo, Charlie muere y un helicóptero rescata a Claire y Aaron. La misión de desconectar la estación de "El Espejo" y la supuesta muerte de Charlie parece estar conectada para lograr enviar el mensaje y que les rescaten.

Charlie consigue llegar hasta la estación submarina de "El Espejo", donde es capturado por dos mujeres que le custodian, éstas rompen el silencio cuando se comunican con Ben. Mikhail será enviado a la subestación para hacer limpieza, aunque hay cierta desconfianza hacia su líder. Mientras Jack y el resto de los supervivientes se dirigen a la torre de radio, Sayid, Jin y Bernard consiguen, sólo a medias, el plan para destruir a "los otros" y son capturados. Al mismo tiempo, Jack recuerda su intento de suicidio en un puente y cómo tuvo que abortarlo a consecuencia de un accidente de trafico.

Mientras Richard guía a "los otros" hacia el templo, Ben va a la torre de radio con Alex y allí espera a Jack y a los demás supervivientes. Ben trata de enfrentar a Jack contra Noemi, aduciendo que no es quien parece. Al mismo tiempo, Sawyer y Juliet, que han rechazado la ayuda de Hurley, traman un plan para rescatar a Sayid, Jin y Bernard, capturados por "los otros" en la playa. Por otro lado, Charlie y Desmond consiguen desbloquear la señal, pero al mismo tiempo, Charlie recibe una comunicación de Penélope -la novia de Desmond- que le asegura que no conoce a ninguna Noemi.

Pensaban que habían encotrado al enemigo. Pensaban que habían visto el mal. Se equivocaron... Al comienzo de la nueva temporada, los supervivientes sienten que el rescate está al alcance de la mano, pero no saben si creer o no el último mensaje de Charlie diciendo que la gente que supuestamente les iba a liberar no son lo que parecen ser. Las extrañas alianzas forjadas, aquellos en los que confiaban pueden tornarse en su contra, del mismo modo que los enemigos de sus enemigos se convertirán sus amigos. Pero, ¿en quién confiar?, ¿está el rescate realmente tan cerca como parece?

Los supervivientes empiezan a preguntarse por las intenciones del equipo de rescate, cuando cuatro extraños llegan a la isla.

El rehén de Locke puede ser la clave para salir de la isla, así que Sayid y Kate van a la búsqueda de su compañero en un intento de negociar un trato pacifico.

Sayid se enfrenta al espía que Ben tiene en el carguero, y Ben, a su vez, presiona a Alex a que huya del campamento de Locke, para sobrevivir al inminente ataque.

El campamento de Locke en los Barracones sufre un feroz ataque. Mientras, Jack intenta descubrir la identidad de un cuerpo que ha llegado a tierra arrastrado por el mar.

Para expiar los pecados del pasado, Ben debe intentar invocar al monstruo de humo para ser juzgado.

Ilana decide matar a Ben después de descubrir que él mató a Jacob. Mientras tanto, Jack, Hurley y Richard visitan la Roca Negra. En la realidad alternativa, Ben es un profesor de escuela secundaria que intenta convertirse en director.

Mientras Locke idea una nueva estrategia, el grupo de Jack busca a Desmond.

El campamento de Locke en los Barracones sufre un feroz ataque. Mientras, Jack intenta descubrir la identidad de un cuerpo que ha llegado a tierra arrastrado por el mar.

Un día despues de huir de la isla, Kate (Evangeline Lilly), Sawyer (Josh Holloway) y Karl (Blake Blashoff), que aún sufre los efectos del tratamiento de lavado de cerebro, sopesan el volver a la isla de Hydra para rescatar a Jack (Matthew Fox). La suerte de los escapados contrasta con la de Juliet (Elizabeth Mitchell), que es sometida a juicio y condenada a muerte por asesinar a uno de los suyos. De nuevo, Jack tiene en sus manos el salvar a Juliet, aunque con un cierto coste. Al tiempo, Jack recuerda unas vacaciones en Thailandia donde conoció a Achara, una misteriosa artista de tatuajes.

Para expiar los pecados del pasado, Ben debe intentar invocar al monstruo de humo para ser juzgado.

La situación límite a la que han sometido "los otros" a Jack, hace que interrumpa la operación de Ben, a cambio de que dejen escapar a sus amigos. Mientras, Kate y Sawyer con la ayuda de Álex (Tania Raymonde), consiguen escapar de sus captores. Juliet recuerda su pasado como médico investigadora en fertilidad y la oferta que la llevó hasta su nuevo "hogar" en la isla.

El hijo de Claire, Aaron, está enfermo. A pesar de los cuidados, Jack no sabe muy bien lo que tiene el niño.Para Rousseau, el origen de la enfermedad de niño está en lo que le sucedió a Claire cuanto fue capturada por "Los otros". Pero como la joven no recuerda nada, no pueden averiguar lo que le ocurrió durante ese tiempo. Claire no renuncia a saber lo que le ocurre a su hijo, por lo que le pide a Lily, que es psicóloga clínica, que le ayude a averiguar que es lo que pasó mientras estaba retenida por “Los otros”. La mujer sólo recuerda que estuvo en un laboratorio. Y esta información hace que Claire y Kate presionen a Rousseau -que parece conocer el lugar donde se encuentra el laboratorio-, para que vaya hasta allí y consiga algún remedio para la extraña enfermedad de Aarón. Flash backs de Claire Claire empieza a recordar el tiempo que se pasó en cautiverio, lo que la hicieran a ella y al bebe y como consiguió escapar

Ilana decide matar a Ben después de descubrir que él mató a Jacob. Mientras tanto, Jack, Hurley y Richard visitan la Roca Negra. En la realidad alternativa, Ben es un profesor de escuela secundaria que intenta convertirse en director.

Sayid se enfrenta al espía que Ben tiene en el carguero, y Ben, a su vez, presiona a Alex a que huya del campamento de Locke, para sobrevivir al inminente ataque.

Poco a poco Ben introduce a Locke en los secretos de la isla, incluido el misterioso Jacob. El secreto de Juliet se hace público. Los flashbacks muestran la historia de Ben en la isla.

Kate, Sayid, Locke y Rousseau consiguen llegar hasta el campamento de "los otros". Kate se sorprende de la actitud tan amigable de Jack con sus captores, Jack se justifica diciendo que Ben le ha hecho la promesa de dejarle volver a casa. En este episodio se revelan más datos del pasado de Locke y recuerda la relación tormentosa con su padre. En su afán por buscar la verdad de la isla, Locke presiona a Ben para que le cuente ciertos secretos de este misterioso lugar. Al poner en marcha su destructivo plan, hará realidad su sueño de quedarse en la isla, mientras que Ben no romperá la promesa a Jack; pero el líder de los otros aún tiene una sorpresa para Locke...

Pensaban que habían encotrado al enemigo. Pensaban que habían visto el mal. Se equivocaron... Al comienzo de la nueva temporada, los supervivientes sienten que el rescate está al alcance de la mano, pero no saben si creer o no el último mensaje de Charlie diciendo que la gente que supuestamente les iba a liberar no son lo que parecen ser. Las extrañas alianzas forjadas, aquellos en los que confiaban pueden tornarse en su contra, del mismo modo que los enemigos de sus enemigos se convertirán sus amigos. Pero, ¿en quién confiar?, ¿está el rescate realmente tan cerca como parece?