Willie un veterano de Vietnam que había sido prisionero de guerra y que ahora estaba atado a una silla de ruedas llega al JAG para denunciar el asesinato que acababa de cometer. Durante el interrogatorio Harm y Mac llegan a la conclusión de que se trata de un hombre cautivador pero problemático, arrogante y embaucador. El caso se complica para Harm cuando Willie afirma haber conocido al padre de Harm y dice tener información que apoya su declaración, finalmente Harm logra que Willie confiese que la historia sobre su padre es falsa y que el hombre que asesinó era el Comandante del campo de prisioneros el cual había ordenado que se mataran a todos los prisioneros excepto Willie. A pesar de los engaños Harm se compromete a ser el abogado defensor de Willie.

Tras la misteriosa desaparición de un F-14 durante una tormenta conducen la investigación de Harm a pensar en multitud de posibilidades, desde el suicidio del piloto a un acto terrorista pasando por el mito del triángulo de las Bermudas o incluso la intrusión de un OVNI. Finalmente Mac, Harm y Bud descubren que la desaparición es parte de un complot llevado a cabo por paramilitares cuya intención es la de asesinar a los miembros de la organización PLO (Organización para la Liberación de Palestina). Los paramilitares habían secuestrado a la mujer del piloto y a su hijo obligando al piloto "desaparecido" a atacar al avión diplomático cuando este se aproximase a los Estados Unidos, pero Harm, Mac y Bud rescatarán a la familia del piloto antes de que el plan se lleve a efecto.

Harm y Bud investigan la colisión de un helicóptero en una base militar. Un testigo afirma que el helicóptero colisionó con un OVNI pero Harm y Bud descubrirán una instalación en las cercanías donde se desarrolla un avión secreto para los militares. Mac tomará una importante decisión, dejar el JAG y el ejército para formar parte de un prestigioso buffet de abogados en el que trabaja su novio.

Harm es arrestado por el FBI acusado del asesinato de Konaplanik, un ruso que supuestamente le había vendido a Harm información sobre el paradero de su padre desaparecido El asesino pasará a ser el Coronel Tomashevsky, un agente ruso que seguía la pista de Konaplanik un conocido falsificador de arte. Clayton Webb, el agente de la CIA que ocasionalmente trabaja con Harm arregla la huida de este esperando que Tomashevsky trate de contactar con él. Cuando Harm es llevado a juicio opta por no obtener los servicios del JAG para que sea Mac quien le defienda, la cual es ahora una abogada civil. Harm será absuelto y Mac le pedirá al Almirante Chedwiggen su reincorporación al JAG.

Con la ayuda de Harm, Mac, Bud y Harriett, el Almirante Chedwiggen investiga el aparente suicidio de su mentor, el Almirante Clancy, quien por lo visto se pegó un tiro mientras disfrutaba de una jornada de cacería con sus amigos. Mientras que todo apunta a que el asesino podría ser alguno de los amigos que participaron en la cacería, finalmente se descubrirá que el asesino es el guía, quien había planeado el asesinato para vengar la muerte de su hijo el cual murió en prisión después de haber sido erróneamente acusado de sabotear el barco que capitaneaba Clancy hacía años.

Wetzel se distrajo durante un ejercicio de guerra, y estrella un tanque debido a la frustración que siente por no haber conseguido retirarle la custodia de su hijo a su esposa. Por lo tanto es acusado de incumplimiento de deberes, pero ruega a Mac y Harm que lo mantengan fuera de la cárcel, ya que su detención puede significar la pérdida de su hijo.

Harm, Mac y Bud investigan como fiscales una demanda de acoso sexual a bordo de un portaviones debiendo enfrentarse con Dalton Lowne, el novio de Mac y abogado defensor en el juicio. Mac tendrá que retirarse del caso aunque será de gran ayuda para Harm a la hora de coseguir pruebas, además romperá su relación con Dalton cuando descubre que este copiaba material de sus expedientes para usarlos contra Harm en el juicio. Harm también recibirá ayuda de la congresista Bobbi Latham.

Mac tiene razones para creer que su ex novio la está acechando y aunque sus recientes acciones certifican las sospechas de Mac, Dalton lo niega. De camino a encontrase con Mac para para aclarar las cosas Dalton es asesinado en un aparente robo de coche. El stress por el asesinato de Dalton y el hecho de que aún está siendo acechada conducen a Mac a recaer en la bebida para desasosiego de Harm. Finalmente Mac es secuestrada cuando se da cuenta de que la persona que le acechaba no era otra que el detective de la policía que se había enamorado de Mac cuando se conocieron en un caso anterior. Mientras Harm con la ayuda del acusado al que estaban defendiendo rastrea la pista de Mac y consigue encontrarla antes de que el detective logre dañarla.