Galactica se encuentra con Kobol, el mundo natal perdido de la humanidad del que se dice que las 13 Tribus provienen, y que supuestamente contiene las únicas pistas sobre la ubicación de la Tierra. Roslin convence a Starbuck de robar el raider Cylon capturado y regresar a Caprica ocupada por los Cylon para recuperar un artefacto religioso que desbloqueará los secretos en Kobol.

Furioso porque Roslin usurpó su comando al ordenar a Starbuck que robara el Raider capturado, Adama decide que su única opción es asaltar Colonial One con marines y terminar con su presidencia. Starbuck llega a Caprica y encuentra la Flecha de Apolo en un museo, pero tiene que enfrentarse a una copia de Número Seis para obtenerla.

A medida que se desarrolla el estreno de la segunda temporada, Adama se encuentra moribundo, dejando a Tigh a cargo. Lee y Roslin han sido enviados a la brigada. Un salto de emergencia sale mal, dejando a la Galactica sola en el espacio sin la flota.

Un virus Cylon está interfiriendo con el suministro de energía de la Galáctica, mientras que los centuriones Cylon se dirigen hacia sistemas cruciales. De alguna manera, deben ser detenidos.

Tigh tiene problemas con la responsabilidad de ser líder, la presidenta Roslin pierde el control sin chamalla. El equipo de Kobol descubre una batería Cylon.

Mientras Tyrol decide comenzar a construir un nuevo caza, el virus Cylon vuelve a hacer acto de presencia. Boomer dice que esto significa que se avecina un gran ataque Cylon.

La fuente secreta dentro de la administración ha proporcionado a Tyrol una lista de todos los humanos programados para ser exterminados. La esposa de Tyrol, Cally, está en la lista y él se dispone a rescatarla. Sharon Agathon ha llegado a salvo al planeta, pero son emboscados por Cylons que los esperan. Se dan cuenta de que fueron traicionados y Anders encuentra pruebas contundentes que señalan la identidad del traidor. D'Anna Biers ha estado teniendo extraños sueños últimamente y un oráculo le dice que la niña Hera está viva y la sostendrá en sus brazos. Mientras tanto, Roslin asigna un equipo de hombres para proteger a la niña a toda costa. El Almirante envía el Pegasus lejos con los pocos barcos civiles restantes para continuar la búsqueda de la Tierra.

Ahora, de vuelta de manera segura en la flota, aquellos que lograron escapar de Nueva Caprica buscan venganza contra aquellos que creen que colaboraron con los Cylons. Seis de ellos, incluyendo al Jefe Tyrol y al Coronel Tigh, han formado el Círculo y actúan como juez, jurado y verdugo. Aquellos encontrados culpables son lanzados al espacio desde una escotilla de aire. Lee Adama ha notado que en los tres días desde que todos se reunieron, 13 personas han desaparecido sin dejar rastro. El ánimo a bordo de la Galactica no es bueno, con los colaboradores percibidos siendo rechazados por los demás. Entre aquellos en esa situación se encuentra Felix Gaeta, quien como Jefe de Personal de Gaius Baltar, está en lo alto de la lista del Círculo. En cuanto a Baltar, ahora está siendo retenido a bordo de una nave Basestar Cylon y sus captores también están decidiendo su destino.

The Chief and his wife get trapped in an airlock on a routine maintenance job, while the Admiral copes with his wedding anniversary and the memories of his ex-wife.

Cuando el jefe de la planta de producción de combustible mantiene a la flota como rehén al proporcionar combustible inseguro, es arrestado por traición, lo que resulta en que el Jefe sea enviado al barco y sea responsable de poner en marcha nuevamente la planta.

Baltar es sometido a juicio por su vida, y afecta a todos, desde Lee hasta el presidente.

Las coincidencias crean nuevas alianzas a bordo de Galactica.

Durante una batalla aparentemente desesperanzadora, Kara Thrace aparece en un Viper impecable, afirmando que ha estado en la Tierra y puede guiar a la Flota allí, pero Laura Roslin, la terminal, no cree en ello. Mientras tanto, cuatro de los llamados Cinco Finales se ven obligados a enfrentar las repercusiones de su nueva naturaleza, mientras que Gaius Baltar descubre que tiene una comunidad de cultistas femeninas núbiles que creen que él es un agente del "único Dios verdadero".

Starbuck (Katee Sackhoff) y Laura Roslin (Mary McDonnell) se enfrentan con una pistola entre ellas, Lee Adama (Jamie Bamber) se despide de la Galactica, estalla un conflicto violento entre los siete modelos a bordo del Cylon Basestar, y Gaius Baltar (James Callis) es directamente involucrado en la situación de los "Cinco Finales".

Las secuelas de un golpe de estado entre los Cylons conducen a más violencia, Lee se encuentra enfrentándose a Roslin durante su primera reunión con el Quórum de los Doce como el nuevo representante de Caprica, y Cally descubre la horrible verdad sobre su esposo Galen Tyrol. Mientras tanto, Starbuck busca sin rumbo la Tierra con Anders y otros oficiales de Galactica.

Cuando una nave pesada tripulada por Leoben Conoy se acopla a bordo de la Demetrius, se forman confrontaciones entre la tripulación sobre la posibilidad de un alto el fuego con los rebeldes Cylon, mientras que Starbuck confía en un viejo enemigo.

Una lesión grave pone fin al intento de motín a bordo del Demetrius, Kara lidera a su tripulación hacia el Basestar de los rebeldes Cylon, y Roslin comienza a entender el atractivo de Gaius Baltar para sus seguidores. Mientras tanto, Anders intenta encontrar secretamente respuestas a su propósito como miembro de los Cinco Finales.

Una alianza inestable entre la Flota Colonial y los rebeldes Cylon es puesta a prueba cuando los dos grupos unen esfuerzos para eliminar un "Resurrection Hub" Cylon. Mientras tanto, Athena pierde el control cuando Hera se siente extrañamente atraída por Natalie.

El Híbrido sigue saltando la nave basestar, y Roslin tiene visiones. Los tres, D'Anna, están desactivados. Humanos y Cylon se enfrentan en una batalla para destruir el Resurrection Hub. Baltar está gravemente herido y Roslin debe decidir si ayudarlo o no.

Explorando el planeta se descubre que no hay vida excepto plantas. La destrucción ocurrió aproximadamente 2.000 años antes. Entre las ruinas se encuentran esqueletos y restos de Centuriones de un tipo diferente. Pero un examen más detallado de los esqueletos revela que ¡son Cylon! ¿Podría ser que la 13ª Tribu realmente haya sido solo Cylon? El Jefe Tyrol, el Coronel Tigh, Sam Anders y Tory recuerdan haber vivido en el planeta y morir allí. ¿Cómo llegaron a las colonias? Starbuck encuentra un trozo de su Viper y, a pesar de las advertencias de Leoben, comienza a buscar la cabina... Roslin pierde la fe en los Rollos de Pithia. Apollo y Dualla parecen reconciliarse, pero él necesita descubrir qué decirle a la gente de la Flota... Una tragedia lleva a Adama a confrontar a Saul.

La Flota se niega a cooperar con los ingenieros cylon y Adama decide poner fin a esto. Envía un mensaje al Quórum declarando que a menos que deseen unirse a Zarek en la celda, deben poner a su gente en orden. Sin embargo, Gaeta ya ha liberado a Zarek con la ayuda de otros supuestos revolucionarios. Permiten que Zarek abandone Galactica en un raptor. Aterriza en Colonial One y entra en una reunión del Quórum. Mientras tanto, Anders es emboscado y capturado. En el CIC, Gaeta manipula astutamente a todos los demás hasta que llega el momento de que la revolución comience.

Roslin está a bordo de un raptor en camino a la Base Estelar Rebelde de los Cylon, pero Gaeta ha ordenado que lo ataquen y destruyan. Los marines han utilizado una granada aturdidora contra Adama y Tigh. Roslin logra enviar una transmisión inalámbrica para que todos escuchen y se enteren de lo que Gaeta ha hecho. Ella y los demás apenas logran llegar a la Base Estelar, donde convence a Tory y a los demás Cylon de utilizar la Flota como cobertura para evitar que Gaeta la ataque. También cree que Adama podrá salvar al resto de los Cuatro Finales. Temporalmente a salvo, los Cylon Rebeldes comienzan a votar si deben simplemente saltar y aceptar sus pérdidas. Adama es llevado ante Gaeta y Tigh es encarcelado con Caprica Six, Anders, Athena, Helo y su hija Hera. Zarek llega a bordo de Galactica en Colonial One con el Quórum. A instancias de Gaeta, Zarek acepta llevar a Adama a juicio por traición, con Romo Lampkin asignado como su abogado defensor. Solo hay un problema: el Quórum se niega a reconocer la autoridad de Zarek. Sin embargo, Zarek está decidido a seguir su máxima de "La verdad es contada por aquellos que quedan en pie". Solo Tyrol, que está solo, y Lee, que está con Starbuck, son la última esperanza de Galactica.