En su regreso, Sydney es detenida por el DSR, ya que la Agencia Nacional de Seguridad, que se encarga de los temas relacionados con fenómenos paranormales, está intentado encontrar una explicación a la aparición de la imagen de Sydney en la página 47 del código Rambaldi. Por otro lado, Sydney está siendo sometida a un importante número de test psicológicos por parte del DSR y ahora quieren obligarle a realizar otros tantos de carácter físico. Ella se niega a hacerlos y se escapa del centro, desafiando a los agentes del DSR. Más tarde, Jack descubre que los agentes del DSR no tienen el código original para descifrar el código Rambaldi, puesto que dicho código se encuentra escondido en la sede del Vaticano. A pesar de ser una misión peligrosa, Sydney convence a Vaughn para que, junto a ella, se introduzca en su interior.

La operación de la CIA para capturar a Shark es abortada por el SD 6. Vaughn desobedece las órdenes por salvar a Sydney y su acción hace que Shark caiga en manos del SD 6. Sloan está centrando todos sus esfuerzos por salvar a su mujer y amenaza con dejar la organización si su mujer es asesinada. El SD 6 utiliza a Shark para tender una trampa a Kashinau, Sydney y Dixon viajan a París para capturarlo pero la operación sufre un importante imprevisto. Will recibe una misteriosa llamada de teléfono que le informa que su secuestrador fue Jack Bristow.

La vida de Will está en peligro. Kashinau le tiene en su poder y no dudará en usar las torturas más crueles para que confiese. Sydney recibe una llamada de Shark: Si quiere volver a ver con vida a Will debe entregar a cambio la página y el líquido de Rambaldi en poder de la CIA y el SD 6. Jack y Sydney organizan una complicada operación para rescatar de un laboratorio del SD 6 la página 47 de Rambaldi, y de los almacenes de la CIA el líquido necesario para leerla. Dixon desconfía del comportamiento de Sydney y cree que está traicionando a su causa, Sydney no puede contarle la verdad por el momento y teme que la denuncie ante la división de seguridad.Will ha sido herido y secuestrado por Shark, quien quiere proceder a interrogarle. Sydney recibe una llamada de Shark proponiendo un intercambio.

Sydney atada a una silla tiene enfrente a Alexander Khasinau (Derrick O'Connor) que la trae la comida, aunque ella no quiere comer, ella quiere preguntarle cosas pero él piensa que debería hacérselas a su jefe porque él no es “el hombre”. “El hombre” es Irina Derevko (Lena Olin), su madre, a la que Syney daba por muerta hace ya 20 años y a la que conocía por Laura Bristow. Pero sin recuperarse de ver a su madre esta le dispara en un brazo intentando sacarle información sobre quien la había enviado. Syd habla de ello con la psicóloga y le narra como pudo escapar de aquel infierno aunque no entiende que hace allí contando aquello mientras Vaughn está desaparecido. Tras ser herida por su madre se deshizo de una silla de aluminio no reforzado a la que estaba atada gracias a golpearla contra una llave de paso de agua; luego escapó de su encierro y pudo contactar con su padre quien pudo extraerla de Taipei. Will Tippin está con su padre y sigue sin comprender lo que le pasa y quien es la gente que creía conocer. Además ha de enfrentarse al hecho de que Arvin Sloane (Ron Rifkin) quiere matarle al hacerse público el artículo de Will que narraba el asesinato del prometido de Syd y los entresijos del SD-6. Francie (Merrin Dungey) la llama toda preocupada por Will y Syd intenta quitarle importancia ya que Will está a su aldo, aunque esto no se lo pueda contar, sin embargo su padre Jack se pone manos a la obra y convence a Sloane de que le permita arreglar el problema de Will ya que matarlo sólo daría una publicidad que no les interesa.