Sydney comienza a cuestionarse si su madre está intentando ayudarla o matarla. Después de entregarse a la CIA, Irina rechaza hablar con alguien que no sea su hija pero Sydney no quiere ver a su madre. Es enviada a una nueva misión para recuperar un cd-rom que contiene la información comprometida que Irina (Lena Olin ) utilizó para sus chantajes, pero algo sale mal y el disco cae en las manos equivocadas. Irina asegura que quiere ayudar Syd a recuperar el disco, y durante una tensa visita, ella explica sus motivos: derrotar Arvin Sloane, la SD-6 y la Alianza, justamente lo que Syd desea. Mientras eso ocurre, Sydney tiene que decidir si el gesto de buena voluntad de su madre es sincero o sólo una tentativa de matar a su hija. Sloane recibe informaciones de un chantajista que pueden dejar la SD-6 y que puede ser una oportunidad para descubrir los secretos de la madre de Sydney. Will ve a Francie (Merrin Dungey ) hablando con un hombre de dudosa reputación. Y Sloane se hace miembro oficial de la Alianza de los Doce.

Sydney tendrá que engañar su mayor enemigo, Sark, en la tentativa de encontrar una pieza crucial de un satélite militar ruso. Sydney descubre que la cámara que robó era un prototipo y que la Agencia Espacial Asiática va a lanzar la cámara real. Su misión es cablearla para que el SD-6 pueda hacerse con las imágenes que proporciona la cámara. .Mientras eso pasa, Jack se reencuentra con la madre de Sydney por primera vez en casi 20 años, intentando impedir que ella continúe trabajando con Syd. Will finalmente conoce a Vaughn, que pide la ayuda sobre la misión de Taipei. Y Sloane está asombrado por la muerte de su mujer, que tal vez no esté tan muerta como él creía.

Will habla con Vaughn porque necesita un trabajo y tras lo que ha pasado nadie le da trabajo ya que tiene antecedentes por una drogadicción que nunca existió. Vaughn lo ve difícil, pero puede pagarle por investigar para él. El primer trabajo es una lista de preguntas que necesita saber si han figurado en algún test de estudiantes en los últimos años. Sydney y Jack se encuentran en el hospital en Ginebra haciéndose pasar por padre e hija de una familia de alta posición. Saben que Sark realiza allí experimentos con un virus mortal y ellos intentan conseguir una muestra utilizando como tapadera un transplante de riñón y para ello tienen un dispositivo, realizado por Marshall J. Flinkman (Kevin Weisman), que han de utilizar en el quirófano para que lance un anestésico que les permita librarse del transplante, tiene 15 minutos ya que ese es el tiempo que estarán inconscientes. De vuelta, Sydney debe evitar la muerte de su madre.

En este episodio, el universo de Alias vive un momento de caos con la misteriosa desaparición de Sloane, lo que trae un nuevo responsable del SD-6 a la vida de Jack y Sydney. Mientras los Bristow luchan por mantener a salvo su secreto frente a éste nuevo jugador, Will y Francie hacen un asombroso descubrimiento, Sydney destapa un fallo crucial que podría echar abajo toda la alianza. Sin embargo, para poner en marcha su plan, primero debe contarle a Dixon toda la verdad.