Un estudiante de doctorado, Ian Gray, está investigando la evolución de los ojos humanos con Karen, su asistente de laboratorio de primer año, y Kenny. Tiene una particular hostilidad hacia la superstición, la religión y el "diseño inteligente", que espera desacreditar al completar los pasos de la evolución del ojo. En una fiesta de Halloween, tiene un encuentro con Sofi, quien lleva una máscara facial negra, donde solo son visibles sus ojos magnéticos de color avellana moteados de azul ceniza. Fascinado, fotografía sus ojos y luego, en la fiesta en un almacén, ella lo lleva al baño para tener relaciones sexuales. Sin embargo, poco después, ella se va abruptamente sin despedirse.

Peter Parker lleva una vida muy ocupada, compaginando su tiempo entre su papel como Spider-Man, acabando con los malos, y en el instituto con la persona a la que quiere, Gwen. Peter no ve el momento de graduarse. No ha olvidado la promesa que le hizo al padre de Gwen de protegerla, manteniéndose lejos de ella, pero es una promesa que simplemente no puede cumplir. Las cosas cambiarán para Peter cuando aparece un nuevo villano, Electro, y un viejo amigo, Harry Osborn, regresa, al tiempo que descubre nuevas pistas sobre su pasado.