El equipo enfrenta al Sindicato, una peligrosa corporación de agentes especiales muy preparados, y dispuestos a todo para establecer un nuevo orden mundial. Ethan regresa a la acción, acompañado de la enigmática agente doble británica Ilsa Faust, de quien no sabe con seguridad si colabora sinceramente con él, o está trabajando de forma oculta para el Sindicato.

Las aventuras del escritor Newt Scamander en la comunidad secreta de brujas y magos de Nueva York setenta años antes de que Harry Potter lea su libro en la escuela.

Ngoc Minh Quan, un ex soldado de reconocimiento de largo alcance de la Guerra de Vietnam, dirige un restaurante chino llamado Happy Peacock en Londres junto a su socio comercial Lam. Cuando su hija adolescente Fan es asesinada en un atentado en una tienda de ropa, él busca venganza. El grupo que se hace llamar "Authentic IRA" se atribuye la responsabilidad del atentado. Al no obtener los nombres de los perpetradores por parte de Scotland Yard, Quan se enfoca en el Primer Ministro de Irlanda del Norte y en el viceprimer ministro Liam Hennessy, quien habla públicamente sobre su pasado como líder del IRA Provisional mientras condena el atentado. Quan finalmente viaja a Belfast y busca a Hennessy, quien afirma no tener conocimiento del atentado ni de sus autores. Quan no le cree y coloca una bomba casera en la oficina de Hennessy como una amenaza hasta que obtenga los nombres de los terroristas.

Durante años, Abe Portman le ha contado historias a su nieto Jake sobre su infancia, sobreviviendo a la Segunda Guerra Mundial, luchando contra monstruos y viviendo en un hogar secreto para niños en Cairnholm, Gales. Según Abe, los hijos de la casa y su directora, la señorita Alma Peregrine, poseen habilidades paranormales y son conocidos como "Peculiars". Cuando Jake cumple dieciséis años, responde a una llamada telefónica de pánico de Abe y va a su casa para encontrarlo muriendo sin los ojos. Abe le dice que vaya al "bucle del 3 de septiembre de 1943". Después de que Abe muere, Jake vislumbra un monstruo exactamente como los descritos en las historias de Abe escondido en el bosque.