De regreso a la Tierra, la nave de carga Nostromo interrumpe su viaje y despierta a sus siete tripulantes. El ordenador central, MADRE, ha detectado la misteriosa transmisión de una forma de vida desconocida, procedente de un planeta cercano aparentemente deshabitado. La nave se dirige entonces al extraño planeta para investigar el origen de la comunicación.

Alien es un organismo perfecto, una máquina de matar cuya superioridad física sólo puede competir con su agresividad. La oficial Ripley y la tripulación de la nave “Nostromo” se habían enfrentado, en el pasado, a esa monstruosa criatura. Y sólo Ripley sobrevivió a la masacre. Después de vagar por el espacio durante varios años, Ripley fue rescatada. Durante ese tiempo, el planeta de Alien ha sido colonizado. Pero, de repente, se pierde la comunicación con la colonia y, para investigar los motivos, se envía una expedición de marines espaciales, capitaneados por Ripley. Allí les esperan miles de espeluznantes criaturas. Alien se ha reproducido y esta vez la lucha es por la supervivencia de la Humanidad.

Después de su último encuentro, Ellen Ripley aterriza en Fiorina 161, una prisión de máxima seguridad. Cuando una serie de eventos extraños y mortales ocurren poco después de su llegada, Ripley se da cuenta de que ha traído consigo a un visitante no deseado.