Carter necesita la ayuda de Stark cuando Fargo accidentalmente activara un prototipo de campo de fuerza personal que pierde el control.

Carter recibe un golpe en la cabeza y cuando despierta se encuentra en un Eureka paralelo donde los habitantes de van poco a poco desapareciendo.

Un hombre que resulta ser el abuelo de Fargo ha descansado criogenizado durante 50 años. Ahora no recuerda cómo ni por qué fue congelado.

Una serie de fenómenos extraños se suceden en Eureka, casos de mudez repentina, bioluminiscencia humana… y su aparición se atribuye a una plaga.

Carter y Stark unen sus fuerzas para salvar al hijo de Allison, Kevin, y frustran la firme propagación de de un virus agresivo.

Eureka será amenazada por un misil inteligente. Eva Thorne llega al pueblo para evaluar los gastos de Global Dynamics.

Carter tiene una entrevista de trabajo en el departamento de seguridad. Lupo se va del trabajo al descubrir que su jefe es un robot.

Es tiempo de los exámenes físicos del departamento del sherif y renovaciones del sistema de seguridad de Eureka.

El equipo trabaja contra reloj para encontrar la causa de los objetos perdidos.

Es un dia ajetreado en Global Dynamics y en Eureka, ya que la tarea de Allison del día es hacer una limpieza sónica de la compañía y además el pueblo entero empieza a padecer un extraño Alzheimer.

Tess desea que su primer día como persona al cargo de Global Dynamics sea tranquilo, pero la llegada de un núcleo de hielo Ártico trae una nueva edad de hielo a Eureka.

Zoe se prepara para ir a la universidad, y Tess recibe una oferta de trabajo en Australia, cuando una perturbación magnética se cierne sobre Eureka.

Tras regresar a la ciudad desde el pasado, Carter se sorprende al encontrar a Tess en casa aún enamorada de él y con Kevin capaz de hablar y de valerse por sí mismo. Jo no tiene la misma suerte; Zane no quiere saber nada de ella. Henry, por su parte, es el alcalde de Eureka.

La semana del espacio empieza en Eureka y con ella la carrera de cohetes para la que todos están preparados. Antes del pistoletazo de salida el General Mansfield da parte de un nuevo tipo de oxígeno líquido, llamado TAP, que servirá para la colonización de Marte. La competición comienza con éxito, pero pronto Zane da el aviso de que hay un error en el vuelo del crucero espacial. Mientras ella le echa la culpa a un mal funcionamiento del aparato, el General pide que sea apartada del control y que se abra una investigación al respecto. Tras el fallo, Allison se encarga de revisar las operaciones realizadas sin detectar nada extraño, sin embargo, Henry descubre que el tanque de gasolina del crucero está vacío. Durante la investigación alertan que alguien ha usado el TAP, un oxígeno que una vez liberado comienza a extenderse poniendo, de esta manera, la ciudad en peligro. Averiguar quién ha sido el responsable del robó se convierte en algo secundario cuando la ciudad de Eureka puede desaparecer tras una explosión.

El amor envuelve Eureka cuando SARAH, el sistema de inteligencia artificial de la casa de Carter decide quitarle a EMO un programa para enamorar a Andy. El nuevo software que incluye emociones humanas infecta a todos los sistemas de inteligencia artificial de la ciudad. La única solución posible es desactivar todos los aparatos hasta que Zane limpie los códigos de sus respectivos programas. El problema es que uno de los sistemas, Tiny, no puede ser cerrado ya que es el vehículo de comunicación entre Eureka y la NASA. Sin embargo, Tiny se ha infectado, hasta el punto que cree ser la madre de EMO y decide romper la vía de transporte para traer de vuelta a su hijo.

Carter se prepara para su cita con Allison cuando Zoe se da cuenta de que se ha dejado el teléfono en la excavación, con lo que se dirigen los dos allí para recuperarlo. En vez de encontrar el dispositivo, se encuentran con Derek convertido en piedra y aún vivo.

Carter se encuentra en una situación incómoda después de que el matrimonio de S.A.R.A.H. y Andy se vea obstaculizado; Zane sigue acosando a Jo por detalles; un lanzamiento no programado presenta problemas para el grupo.

Cuando los habitantes de Eureka comienzan a comportarse de manera extraña, Carter recorre la ciudad en busca de una causa, sin sospechar que Allison, a kilómetros de casa, es quien está enfrentando un peligro real.

Cuando los microbots que ensamblan la nave espacial Titán terminan su tarea, deciden embarcarse en un nuevo proyecto y proceden a devorar a Eureka en el proceso. Aislado para una evaluación de misión, el equipo de Titán no puede determinar si la catástrofe de los microbots es real o solo parte de la prueba.

La tripulación trata de sobrellevar el calvario vivido, pero la visita de Warren no hace más que aumentar la presión de todos ellos.

Henry trata de reiniciar el reactor principal, pero éste no responde. Mientras, Jack es informado de que Eureka está siendo atacada por un desconocido.

La sorpresa que Carter le ha preparado a Allison resulta letal cuando ambos se ven atrapados en un laboratorio marino en el que desaparece el oxígeno a gran velocidad.

Uno a uno, los habitantes de Eureka van siendo secuestrados y reemplazados por dobles. Varios de ellos tratan de evitar ser capturados.

Los agujeros de gusano causan problemas el día de mudanza. ¿O es el día de mudanza el que está causando problemas con los agujeros de gusano? Mientras Jack intenta arreglar los agujeros de gusano, Fargo está decidido a hacer algo sobre el día de mudanza.