A medida que se desarrolla el estreno de la segunda temporada, Adama se encuentra moribundo, dejando a Tigh a cargo. Lee y Roslin han sido enviados a la brigada. Un salto de emergencia sale mal, dejando a la Galactica sola en el espacio sin la flota.

Un virus Cylon está interfiriendo con el suministro de energía de la Galáctica, mientras que los centuriones Cylon se dirigen hacia sistemas cruciales. De alguna manera, deben ser detenidos.

Tigh tiene problemas con la responsabilidad de ser líder, la presidenta Roslin pierde el control sin chamalla. El equipo de Kobol descubre una batería Cylon.

El bebé Cylon finalmente nace, lo que lleva a tomar algunas decisiones políticas. Mientras tanto, los Cylons en Caprica reflexionan sobre la vida y los humanos cuando se encuentran con un humano en particular de un episodio anterior. Esta historia explora el mundo Cylon.

Baltar juega un juego del gato y el ratón con Adama y el Presidente, pensando que lo matarán una vez que le hayan sacado lo que quieren saber. Lee lidia con sus sentimientos por Kara, mientras lucha por mantener su matrimonio.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.

Hace dieciocho meses: Saul envenena a Ellen, quien luego se encuentra descargada en un nuevo cuerpo a bordo de una Nave Base Cylon, con un único Centurión vigilándola. Después del shock inicial, ella tiene una revelación al recordar cosas que había olvidado. Día de hoy: El Dr. Cottle está operando a Anders, quien tiene una bala alojada en su cerebro. Anders comienza a recordar cosas que había olvidado. Hace dieciocho meses: Cavil va a ver a Ellen, quien lo llama John, porque ese es su "verdadero" nombre. Cavil dice que odia ese nombre. John fue el primer modelo de Cylon que *Ellen* creó. También creó otros siete. Entonces, en realidad solo hay *ocho* modelos de Cylon y los "Cinco Finales" son en realidad copias de humanos que vivieron hace 2.000 años y, juntos, crearon la Resurrección, que les permitió a ellos y a los Cylons descargarse. El número siete, Daniel, era el favorito de Ellen. Celoso, John saboteó el proceso de usar la Resurrección en Daniel, haciéndolo único. John y Ellen comienzan un debate filosófico y ético de meses sobre la interacción entre Cylon y humano. John dice que comenzó el genocidio de la humanidad porque sus "antepasados del lado Centurión eran los esclavos de la humanidad". Y él quiere justicia por eso. Día de hoy: Anders le dice a Starbuck que ha visto "todo" y necesita que Kara traiga "a los demás" - Galen, Tory, Saul y Ellen - a su lado. Anders dice que recuerda todo y sabe por qué han llegado hasta la Tierra... Adama reincorpora a Tyrol como Jefe de Ingeniería. Tyrol comienza a inspeccionar los daños que Galactica ha sufrido durante su viaje. Pero él no está preparado para lo que encuentra y Adama no está preparado para lo que Tyrol sugiere como método de reparación.

Con Hera ahora probablemente en manos de John Cavil, el Almirante Adama envía equipos de búsqueda para localizar La Colonia, el mundo natal de los Cylon, por así decirlo, que Ellen Tigh dice que es el único lugar donde imagina que podría estar. Adama llega a regañadientes a la conclusión de que la Galactica ha llegado al final de sus días. Ordena que se detengan todas las actividades de reparación y decide despojar la nave y compartir todo lo que se pueda salvar con el resto de la flota. Mientras tanto, Starbuck comparte con Gaius Baltar lo que encontró en la Tierra inhabitable. Él posteriormente - y de manera bastante pública - la proclama como un ángel.

La Colonia está ubicada en el borde de un agujero negro con solo un punto de entrada en lo que es un campo de escombros muy grande. Sabiendo que la Galáctica ha llegado al final de la línea, el almirante Adama pide voluntarios para llevar a cabo un ataque sorpresa en la base Cylon, dándose cuenta de que puede ser el último salto de la nave. En flashbacks previos a la invasión Cylon, se presentan momentos clave en la vida de varios miembros de la tripulación. Estos incluyen el primer encuentro entre Kara Thrace y Lee Adama; la lucha del almirante Adama con su decisión de retirarse de la flota colonial; la relación de Gaius Baltar con su padre y su relación en desarrollo con Caprica Six; y Sam Anders discutiendo la motivación detrás de su carrera deportiva profesional.

Una Galáctica despojada ataca la nave Colonia de los Cylon en la esperanza de rescatar a Hera. Se revela el significado del sueño compartido en la Ópera House en Kobol. Sam Anders es trasladado en su tanque Híbrido al CIC con la esperanza de que pueda ayudar a los combatientes. Con su misión cumplida, el Almirante Adama ordena a Starbuck que elija un destino, cualquier destino, al cual la nave pueda saltar para escapar de allí. Con eso, se explica el significado de la melodía y las notas musicales. Después de saltar con éxito, la vieja Galáctica ha llegado verdaderamente al final de su vida. Se encuentra un planeta capaz de sostener vida y Lee Adama hace una propuesta radical para el futuro de la humanidad. En un salto hacia el futuro, se revela la importancia de Hera para la raza humana.