Michael Ross se gana la vida bordeando los límites de la legalidad. Es un joven muy inteligente, pero las malas compañías de la universidad lo llevaron a creer que para triunfar en la vida hay que saltarse las reglas. Así, por ejemplo, vive de presentarse en nombre de otros a los exámenes de Derecho. Por azar conoce a Harvey Specter, uno de los abogados más jóvenes y brillantes de Manhattan. La inteligencia y las dotes de Michael lo deslumbrarán tanto que lo contrata a pesar de que aún no ha terminado la carrera.

Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).