Tom Kirkman (Kiefer Sutherland) es un miembro de rango medio del gabinete de la Casa Blanca que debe asumir el cargo de Presidente cuando un devastador ataque terrorista en Washington, durante el discurso del Estado de la Nación, acaba con la vida del anterior presidente y de sus principales sustitutos.

En la década de 1890, el inspector de policía William Murdoch utiliza técnicas forenses radicales para la época, incluidas las pruebas de huellas dactilares y de detección, y con este enfoque más científico puede resolver los casos de homicidio más resonantes de la ciudad.

Después de un naufragio y tras haber desaparecido y dado por muerto durante cinco años, el multimillonario playboy Oliver Queen es rescatado con vida en una isla del Pacífico. De vuelta en casa en Starling City, es recibido por su familia, quienes rápidamente notan que la terrible experiencia sufrida lo ha cambiado. Por otra parte, trata de ocultar la verdad acerca de en quién se ha convertido mientras trata de enmendar los errores que cometió en el pasado. Ayudado por su fiel chofer y guardaespaldas John Diggle, crea en secreto el personaje de un justiciero encapuchado, un vigilante que lucha contra los males de la sociedad tratando de darle a su ciudad la gloria que antes tenía.

Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).

A raíz del asesinato de Bruce Wayne, su rebelde hijo adoptivo forja una alianza improbable con los hijos de los enemigos de Batman cuando todos son incriminados por matar al encapuchado con capa.