En su primera visita a un nuevo planeta, SG-1 descubre que está sujeto a una actividad volcánica totalmente destructiva y salva a diez nativos, los Tollan, una sociedad mucho más avanzada tecnológicamente. Su líder, Omoc, no está agradecido ni interesado en una raza tan primitiva como los terrícolas o cualquiera de los planetas "aún más primitivos" que están dispuestos a acogerlos. Solo un Tollan, Narim, muestra un interés activo en la vida en la Tierra, especialmente en la capitana Samantha Carter y el gato Schrodinger que ella le regala, explicando que su planeta fue destruido después de que los Tollan suministraran una fuente de energía ilimitada a un planeta vecino primitivo que la utilizó para crear un arma catastrófica. Mientras tanto, la Casa Blanca autoriza al coronel Maybourne del NID a hacerse cargo de los Tollan con fines militares, exactamente como temía Omoc.

While exploring a new planet, Teal'c is stung by a giant insect whose venom causes a terrifying transformation.

Un dispositivo de control climático es robado de un planeta y SG-1 es acusado del robo. Deben encontrarlo y restaurarlo antes de que el planeta se congele. Luego, el clima en la Tierra comienza a cambiar de manera inesperada y el equipo cree que el dispositivo ha sido robado por agentes renegados del NID. ¿Lo encontrarán a tiempo y cómo lograron viajar fuera del mundo el NID?

Una incursión alienígena toma el control de la base.

El Coronel O'Neill es despedido del SGC por robar tecnología alienígena y posteriormente se le acerca para participar en una operación del Stargate aún más encubierta.

El SGC se entera de que los rusos tienen su propio Stargate y necesitan la ayuda de los estadounidenses con los problemas que están afectándolos a ambos.

El general Hammond se retira misteriosamente del SGC y se trae a un nuevo general, quien separa al SG-1: Daniel y Sam son científicos, Teal'c está con el SG-3 y O'Neill comanda un nuevo SG-1. O'Neill intenta convencer al general Hammond de que regrese, pero descubre que alguien ordenó a Hammond que se fuera o lastimarían a sus nietos. Mientras los demás mantienen ocupado al nuevo general, O'Neill intenta descubrir quién es ese "alguien". Para ello, debe confiar en la persona que más odia: Maybourne.

Carter gets kidnapped and taken to an abandoned hospital where two doctors work to study the remains of Jolinar. She finds out that they have a Goa'uld, taken from the Russians, which they are planning to put inside a man named Adrian Conrad to heal his sickness. They need Carter to tell them how to get the Goa'uld out after he's healed. O'Neill believes the government is involved with Carter's disappearance and contacts Maybourne. Together, with Daniel and Teal'c, they find Carter but also find out that the Goa'uld has escaped inside Conrad's body.

Cuando Teal'c queda atrapado en el búfer del Stargate, el equipo debe enfrentar desafíos técnicos mientras lidian con rivalidades personales, interdepartamentales y diplomáticas para rescatarlo a tiempo.

El ex coronel Harry Maybourne se acerca a Jack con una propuesta: Jack le consigue un indulto presidencial y Harry les muestra el depósito de armas avanzadas al que Simmons intentaba llegar. Llevan a cabo el trato, pero Harry intenta traicionar a SG-1. Logra pasar por el portal que lleva al depósito, pero con un elemento inesperado, Jack. Se encuentran en un campo y el zat de Harry ha desaparecido. Sin embargo, Jack todavía tiene su P-90. Harry revela que no están en un depósito de armas, sino en una utopía. Tenía la intención de vivir el resto de su vida allí y cree que no hay forma de regresar.

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.

SG-1 es enviado para advertir a Harry Maybourne de que el Señor del Sistema goa'uld Ares está llegando al planeta donde fue desterrado, y en el proceso descubren lo que podría ser una máquina del tiempo antigua.