Cuando se establece un agujero de gusano entrante en el SGC, se anula y se abre el iris. Aparece un niño joven y le dice al SGC que están en terrible peligro por parte de un grupo de terroristas. Pero estos terroristas son criaturas invisibles y están decididos a exterminar a todos los humanos para evitar que sean utilizados como huéspedes de los Goa'uld.

Versiones de realidad alternativa de Kawalsky y Carter son capturadas en el Área 51 después de haber llegado a través del espejo cuántico.

SG-1 arrives on a planet where a culturally 'medieval Catholic' community lives in fear of an Unas they believe to be a demon, which regularly collects human sacrifices to Satan - in fact hosts for System Lord Sokar's army. When Simon implores SG-1 to spare his beloved Mary and take him instead, they even nurse her chicken pox. Simon hopes they are sent by God to deliver them from the satanic burden, but the canon who rules the village as 'spiritual' leader is faithful to Sokar and fears his authority, which rests on his right to select the 'damned soul' to be sacrificed, has been challenged, so he declares Teal'c a demon and incarcerates all SG-1. Witch-trial-type ordeals see the Jaffa 'proven' a demon and executed by drowning, and Daniel refuses the canon's warning to leave immediately. When Teal'c's symbiote allows a resurrection even Sam hadn't expected, they are all designated possessed and sacrificed, along with Mary. Simon follows the Unas with a staff weapon to liberate them, but he's not alone.

El equipo SG1 se embarca en un viaje para visitar un planeta con una playa idílica, pero tan pronto como atraviesan el portal estelar, se encuentran de vuelta en el SGC. Pensaban que acababan de salir, pero han estado desaparecidos durante horas. Pronto descubren que un dispositivo alienígena ha sido implantado en sus cerebros y un ser llamado Urgo se revela ante el equipo. Sin embargo, nadie más puede verlo y es extremadamente irritante. ¿Podrán extraerlo antes de que pierdan la cordura?

El SGC es contactado por una civilización humana alienígena avanzada y en guerra que busca ayuda militar, pero sus razones exactas para ello se vuelven cada vez más sospechosas.

An old love of Teal'c approaches the SGC and the Tok'ra claiming that her Goa'uld symbiote has been convinced to defect with their help.

El Coronel O'Neill y Teal'c se dan cuenta de que ellos y sus amigos están atrapados en un bucle temporal.

The SG-1 team awake to find they have lost their memories. They believe they are workers in an underground power station. They are told that they are helping to preserve life during an ice age. In truth, they are slave labor to a huge domed city above. When Teal'c starts to recover his memory and is given another amnesia treatment, he forgets his Kelno'reem and starts to die. Will the others recover their memories in time to save him?

When Cassandra collapses at home, she is taken to the SGC for treatment. A retrovirus is causing her to emit an EM field and she expresses a need to return to her planet for an initiation ritual. SG-1 investigates and finds a Goa'uld laboratory, probably having belonged to Nirrti, meant for experimentation on the planet's population. They find that the ritual is part of the experiment, a time when Nirrti studies her subjects and cures them when she is done. SG-1 has found a way to cure Cassandra, but now all that remains to be found is Nirrti.

El equipo SG-1 se une a una fuerza de tarea rusa para investigar la desaparición de un equipo SG ruso en P2X-338. Descubren que el equipo SG ruso liberó una criatura que mató a Marduk, un Goa'uld, en su sarcófago. SG-1 debe confiar en sus socios rusos para poder escapar con vida de la ziggurat.

Un extraño barco se dirige hacia la Tierra, y el SGC sospecha que Martin Lloyd y sus compañeros pueden tener algo que ver con ello. O'Neill es enviado a hablar con Martin y se le asigna como consultor militar en el nuevo programa de Martin, "Wormhole X-Treme!", que extrañamente se asemeja a SG-1 a pesar de que Martin vuelve a perder la memoria. Sus antiguos compañeros del barco detienen a Carter y Daniel al desviar su camino y ponerlos en manos del NID.

A new leader has risen among the Free Jaffa, K'tano, former First Prime of Imhotep. SG-1, accompanied by Bra'tac, seeks an alliance between the Tau'ri and the large force he has amassed.

El arma de Anubis continúa amenazando a la Tierra. Se intentan varios planes hasta que Jonas Quinn sugiere algo simple que podría funcionar. Mientras tanto, el Maestro Bra'tac ha descubierto el planeta desde el cual Anubis está lanzando el ataque. Él, Teal'c y Rya'c viajan allí para detenerlo.

Cuando el SGC detecta una nave Goa'uld en órbita, el SG-1 es enviado con Jacob Carter para investigar. Descubren que la nave está abandonada sin signos de vida discernibles y Sam determina que es la misma que se utilizó para secuestrar a Thor. Una vez a bordo de la nave Goa'uld, descubren que la tripulación había iniciado una secuencia de autodestrucción. O'Neill desea recuperar la nave a pesar de las advertencias de Jacob de que podría ser un caballo de Troya. Un examen del núcleo de la computadora revela que Thor pudo haber introducido un virus, pero Jacob tenía razón: es una emboscada y la nave pronto se sumerge en el océano. El SGC y la Armada llevan a cabo una operación de rescate.

After Sam receives an emergency call from geneticist Dr. Richard Flemming, the SGC learns that he has been working for Immunotech, a company owned by Adrian Conrad, who implanted himself with a Goa'uld symbiote in order to cure himself. Fleming has now gone missing and General Hammond orders Sam, Jonas and Teal'c to investigate. They head to Oregon where Fleming lived and worked and learn from the local Sheriff that Fleming isn't the first Immunotech worker to disappear. The locals are acting strangely and seem to suffer from memory lapses. What they eventually find is a town full of Goa'uld and NID seemingly aware of everything that is going on.

Stargate Command is approached by representatives of Jonas Quinn's home planet seeking military hardware. Their world is divided into three territories and there is a long history of war among them. Jonas' country fears that the other two territories are about to sign a non-aggression pact thus making them vulnerable to attack. In return for arms, they are offering an abundance of Naquadria. SGC isn't about to get involved in what amounts to a civil war but there's another possible outcome when Jonas' one-time professor, Doctor Kieran, tells them of an underground movement ready to overthrow the government and seek out a lasting peace. SG-1 travels to Jonas Quinn's home planet to obtain information on the situation there but not all is as it seems.

Un chico adolescente se presenta en el SGC afirmando ser Jack O'Neill. Recuerda un sueño en el que un Asgard lo estaba estudiando. Determinan que deben encontrar a este Asgard para arreglar lo que le han hecho a Jack.

SG-1 investiga una colonia humana aparentemente idílica y sutilmente avanzada, resguardada dentro de una cúpula de energía en un planeta por lo demás inhóspito.

Mientras exploraba una nave alienígena estrellada llena de pasajeros en criostasis, una fuerza alienígena ha descargado un número de sus conciencias en Daniel.

Having obtained permission to live off the base, Teal'c rents an apartment, telling neighbors that he has recently arrived from Mozambique. He's under orders to keep a low profile but can't seem to help himself when it comes to helping his neighbors. He helps one who is about to be assaulted by three thugs, but it's his next-door neighbor who seems to need assistance. Krista is having problems with her boyfriend, Doug. Teal'c soon realizes that Doug is beating her and warns him that should he hurt her, Teal'c will kill him. It all becomes very difficult when Doug is found dead in Krista's apartment. Daniel Jackson soon after receives an offer - translate a Goa'uld text, and he will get ironclad evidence that Teal'c is innocent. Meanwhile, Carter is shocked when her boyfriend Pete Shanahan tells he asked for a transfer to the local police department and asks her to marry him.

Después de una larga ausencia, Jacob Carter regresa al SGC para decirle a Jack que la galaxia está amenazada de ser tomada por los Replicadores. Los Goa'uld están siendo atacados por los Replicadores y están siendo eliminados rápidamente. Los ejércitos de Ba'al están siendo destruidos y él llega al SGC para sugerir que trabajen juntos para derrotar a su enemigo común. El doble de Carter, RepliCarter, está liderando el ataque y ha secuestrado a Daniel Jackson con la esperanza de descubrir cualquier arma que los Antiguos hayan creado que pueda derrotarlos. Jackson recibe ayuda de una fuente inesperada, la Antigua Oma Desala, o eso cree él.

Daniel se encuentra en un tiempo y lugar extraños: un restaurante donde Oma trabaja como camarera. Ella le ofrece una elección clara: puede elegir morir o ascender, pero si elige lo segundo, no podrá ayudar a sus amigos a luchar contra Anubis, quien aún no ha sido eliminado. Entabla una conversación con otro cliente, Jim, quien tiene su propia opinión sobre la situación. Mientras tanto, Sam decide que ha llegado el momento de que su prometido conozca a su padre, Jacob. Sin embargo, Jacob no está bien, algo que ha ocultado a Sam durante varias semanas. Después de que Pete la sorprende -él cree haber encontrado la casa perfecta para ambos- Sam se da cuenta de que debe enfrentar sus sentimientos hacia otra persona. Teal'c y el Maestro Bra'tac tienen información de que Anubis podría estar reuniendo lo que queda de sus fuerzas para atacar Dakara.

Con las amenazas tanto de los Replicadores como de los Goa'uld considerablemente disminuidas y la nave hermana de la Prometheus, la Daedalus, ahora en construcción, SG-1 está ansioso por viajar en la nueva nave. Sin embargo, el ánimo se ve algo oscurecido por una llamada telefónica que informa al Dr. Jackson sobre la muerte de Catherine Langford. Después del funeral, la sobrina de Catherine le entrega a Daniel "algunas cosas sueltas" que su tía quería que él tuviera. Al entregarlo, descubren que casi toda su colección fue enviada al laboratorio de Daniel. En uno de sus libros, él encuentra una posible ubicación de un ZPM, pero los escaneos del área muestran que ya no está allí. Daniel propone que utilicen la máquina del tiempo de los Antiguos para obtenerlo de Ra en Giza en el año 3000 a.C.

SG-1 regresa temprano de una misión solo para darse cuenta de que ellos y el Gral. Landry no están en la misma página en lo que respecta a la misión que acaban de completar. La confusión se resuelve rápidamente cuando el "verdadero" SG-1 regresa en el momento correcto. La Dra. Lam los examina a todos y concluye que son idénticos y piensa que podrían ser clones. Sin embargo, Sam cree que podrían haber venido de un universo paralelo como resultado del agujero negro que crearon cuando destruyeron el punto de apoyo de los Ori. A medida que llegan más equipos de SG-1 de otros universos alternativos, uno de ellos incluye al Dr. Fraiser y otro incluye al Tok'ra Martouf. Queda en manos de Sam y Martouf encontrar una manera de enviarlos a todos a casa.

While investigating the source of an addictive corn-like crop, SG-1 becomes involved in a firefight. They are forced to fall back to the gate, but as Daniel is dialing both the Stargate and the DHD are beamed away.

Martin Lloyd busca la ayuda de SG-1 cuando su programa de televisión fallido basado en el programa real de Stargate se convierte en una película.

Vala es secuestrada por agentes de la Confianza que intentan encontrar un antiguo tesoro cuando un accidente hace que Vala olvide quién es.