Tras un duro combate, Arturo consigue rescatar a Morgana, que llevaba meses desaparecida. La vuelta de Morgana a Camelot supone una gran alegría para todos, sobretodo para Uther. Morgana se muestra afectuosa y se reconcilia con Merlín, tras el dramático final que vivieron ambos en la temporada anterior. Pero todos esos sentimientos de Morgana son falsos.En realidad, Morgana ha pasado todos estos meses al lado de Morgause, y juntas han ideado un plan para derrocar a Uther. Así pues, la vuelta de Morgana a Camelot es un montaje para que así ella pueda colaborar con Morgause en su plan, desde Camelot, sin levantar sospechas. El plan consiste en un hechizo que hace que Uther pierda el juicio, y que el histórico enemigo rey Cenred aproveche esa debilidad para acabar con Camelot. Merlín se acaba percatando de la situación y acude a investigar, pero Morgause le tiende una trampa mortal, bajo la mirada satisfecha y maliciosa de Morgana. Merlín no tiene salida, y sólo le queda una opción desesperada: invocar al gran dragón.

Morgana y Morgaus continúan con su malvado plan. Tienen incapacitado mentalmente a Uther, convencen a su enemigo, Cenred, para invadir Camelot. El destino del reino descansa ahora sobre los hombros de Arturo. El príncipe y sus caballeros resisten a los invasores, pero los soldados de Cenred no son la única amenaza que enfrentan, ya que Morgana desde adentro del reino ayuda a Morcadeés a derrotar Camelot.

Husmeando en la biblioteca real Merlín tropieza con una cámara secreta y accidentalmente libera un Goblin. La criatura entra en el cuerpo de Gaius, una vez dentro del cuerpo de Gaius empieza a hacer de las suyas extorsionando al pueblo vendiendo medicina para raras enfermedades a cambio de oro, desarrollando el gusto por el oro, la cerveza y las bromas mágicas, dejando calvo al rey y poniéndole orejas de burro a Arthur, Merlín se ve amenazado por este ya que asegura que si lo mata a el matara a Gaius tambien.

Después de entrenar Merlín y Arturo deciden entrar a una taberna pero lo único que encuentran son problemas ya que se ven ampliamente superados en número en una pelea, un hombre desconocido les ayuda a obtener la victoria. El desconocido arriesga su vida para proteger al príncipe, y es herido de gravedad en el proceso, Arturo agradecido lo lleva de vuelta a Camelot, donde rápidamente se pone a beber, a seducir a las damas, y causar problemas a Merlín. Gwaine es desterrado de Camelot por decreto de Uther ya que Gwaine insulta a dos caballeros, pero lo que Uther no sabe es que estos no son caballeros sino ladrones disfrazados con cristales encantados para vengarse de Arturo, el cual los derroto en la taberna. Ya en un combate los dos caballeros disfrazados sin escrúpulos tratan de matar al príncipe, de pronto aparece un hombre y ayuda a Arturo a derrotarlos, cuando se quita el casco resulta ser Gwaine, pero como se supone que estaba desterrado Uther lo arresta y quiere sentenciar a muerte. Al final la verdad sale a relucir pero Uther se mantiene en desterrar a Gwaine quien se ve forzado a salir de Camelot para jamas volver o de lo contrario sera ejecutado.

Mientras Arturo y Merlín se encuentran fuera de Camelot son emboscados por ladrones y en su intento de huir Arturo es herido por una flecha en la espalda, es entonces cuando Merlín tiene un inesperado encuentro con un misterioso Taliesin, un viejo mago que cura a Arthur e invita a Merlín a la cueva de cristal para mostrarle una visión del futuro, pero este regalo resulta ser una maldición, ya que Merlín ve a Morgana matar a Uther. Merlín sabe que debe hacer todo lo que pueda para detener el futuro a como diera lugar, pero cambiar el destino es un juego peligroso, y sus acciones tienen consecuencias fatales.

Arthur is pressured into an arranged marriage with a visiting princess, but there's more to her than mere gracelessness and a taste for frogs.

Gwen se enfrenta a un dilema imposible cuando se ve obligada a elegir entre salvar la vida de su hermano distanciado (Elyan) o la de Arthur.

Arthur debe emprender un viaje en solitario para buscar a un antiguo hechicero, el Rey Pescador, y recuperar un tridente dorado para demostrar su derecho al trono. Morgana le da un amuleto, el Ojo del Fénix, que lo debilitará y matará si lo lleva puesto durante demasiado tiempo. Al descubrir esto, Merlin sale en su búsqueda, junto con Gwaine, y logran salvar al príncipe debilitado de dos wyverns atacantes, desechando el amuleto. Arthur cree que la búsqueda es suya, pero Merlin, separado de los demás, se encuentra con el Rey Pescador, quien le dice que él es el elegido. Le entrega una botella de agua del lago de Avalon para usar en caso de que Camelot esté en peligro. La búsqueda se ha cumplido, pero Guinevere también descubre que Morgana es una hechicera malévola y se confía en Gaius.

A healer is in Camelot using magic to heal the sick, and Gaius quickly realizes it is Alice, a woman whom he was about to marry many years earlier until she had to flee from Uther's persecution of sorcerers. Now Gaius is happy to work with Alice again in preparing potions, but he is unaware that Alice is being controlled by a mythical monster, a manticore, which urges her to poison the cold-hearted king. To break the manticore's hold over Alice and ultimately save her from execution, Gaius has to perform the magic that he possessed but had forsaken long ago.

Los sueños proféticos de Guinevere convirtiéndose en la reina de Camelot atormentan a Morgana. Morgause la anima a revelar el noviazgo de Arthur y Gwen a Uther, sabiendo que el rey hará lo que sea necesario para evitar que su hijo se case con una sirvienta. Como resultado, Uther destierra a Gwen del reino, obligando a Arthur a hacer el sacrificio supremo de abandonar Camelot para unirse a ella. Determinada a detener a la pareja enamorada, Morgana acusa a Gwen del imperdonable crimen de hechizar al príncipe. Con el destino una vez más en juego, Merlin se verá obligado a arriesgarlo todo para salvar a Gwen de una muerte atroz.

El legendario torneo de Camelot solo tiene una regla: no hay reglas en absoluto. Guerreros aterradores comienzan a llenar la ciudad mítica, Gilli entre ellos. A pesar de su pequeña estatura, Gilli está listo para unirse a la acción y está decidido a lograr la victoria con un arma secreta que lo ayudará: la magia. Cuando Gilli comienza a darse cuenta de toda la magnitud de sus poderes, Merlín se encuentra dividido, ya que su nuevo amigo está poniendo en peligro su propia vida y amenazando el corazón mismo de Camelot con sus acciones. ¿Podrá Merlín hacer que Gilli recapacite antes de que sea demasiado tarde?

Sir Leon es cuidado hasta recuperar la salud por los druidas usando la Copa de la Vida después de ser el único superviviente de un ataque de los hombres de Cenred. Supuestamente otorga inmortalidad a aquellos que beben de ella, y Arthur y Merlin la recuperan de los druidas para evitar que caiga en manos de Cenred. Sin embargo, ellos, junto con Gwaine, son emboscados y la copa es robada. Después de matar a Cenred, Morgause hace que sus soldados beban de ella y, bajo sus órdenes, atacan con éxito a Camelot. Para cuando los tres jóvenes regresan a la corte, Uther está encadenado y Camelot tiene un nuevo gobernante.

La nueva reina de Camelot resulta ser mucho más cruel que Uther, quien es obligado a ver desde su mazmorra cómo ella mata a inocentes. Guinevere ayuda a Sir Leon a escapar de la prisión y se une a su hermano Elyan, Gaius, Merlin, Arthur y Gwaine, que se esconden en el bosque. Los soldados los persiguen, pero son salvados por Lancelot y un joven de una fuerza inmensa, Percival. Merlin mira en las aguas de Avalon en el frasco que le dio el Rey Pescador, lo cual lo dirige hacia Excalibur, la espada que derrotará al enemigo. Los fugitivos encuentran una mesa redonda, alrededor de la cual declaran conmovedoramente su lealtad mutua, y Arthur nombra caballeros a todos los jóvenes, excepto, por supuesto, a Merlin, aunque Lancelot, consciente de sus poderes, le dice a Merlin que él es el más valiente de todos. El grupo inicia su invasión a Camelot, lo cual le da a Gaius su momento más destacado ya que las hermanas son derrotadas, en gran medida gracias al uso de Excalibur por parte de Merlin. Sin embargo, él coloca la espada en una roca hasta que pueda ser utilizada nuevamente.