Una peculiar abducción ocurre en Boston, llevando al equipo Fringe a destapar detalles del misterioso hombre conocido como El Observador. Mientras el estrafalario caso toma protagonismo, Walter, Peter y Astrid analizan evidencias inusuales en el laboratorio, mientras lidian con el insaciable gusto de Walter por los batidos.

Un violento temblor de origen desconocido sacude un edificio de oficinas dejando sólo un superviviente. Con otra catástrofe inminente, el equipo busca respuestas en Jacksonville en un esfuerzo para salvar a cientos de personas de la muerte.

En un flashback, Walter le explica a Olivia que en 1985 construyó una ventana que le permitió presenciar los eventos de un mundo alterno. En el otro mundo, Walter está trabajando en una cura genética para su hijo.

Un Observador contacta con el equipo científico del FBI para que el ayuden a corregir un error que supuestamente ha sido cometido. Walter se hace amigo de su icono musical, Roscoe Joyce, teclista de su banda favorita, Violet Sedan Chair. Walter se entera del motivo de la separación del grupo, y se da cuenta de que sus vidas se solapan de una forma extraña e inesperada.

En el 2026 Peter continúa trabajando para la División Fringe, al igual que Olivia y Ella, Walter se encuentra en la cárcel por ser el responsable de activar la máquina, destruir el otro universo y afectar el propio.Peter crea un agujero de gusano para unir los dos universos y tratar de convencer a La Primera Gente de fusionarse en Unidad. Dos observadores dialogan, diciendo que la gente no recuerda a Peter, pues éste nunca existió.

Sólo una semana después de que Peter Bishop salvara el día y fuera eliminado de la existencia, la tregua entre los dos mundos se mantiene intacta y los dos universos se ven obligados a trabajar juntos. Lincoln Lee se une al equipo Fringe mientras investigan un caso de cambiaformas que es muy personal para él.

Astrid de Este Lado recibe la inesperada visita de su Alternativa, mientras que Peter y Olivia siguen a un asesino con una toxina que aún no se ha inventado. Ambos universos chocan en un caso que empuja los límites de lo que es posible.

El Observador moribundo va a ver a Walter y Peter, que deben tomar medidas extremas para conocer los secretos que oculta y determinar si él sabe dónde está Olivia. Mientras tanto, David Robert Jones trata de forzar a Olivia a usar sus habilidades torturando a Nina.

Michael es llevado por Windmark a la isla de la Libertad, la cual está fuertemente protegida, donde este último no logra leer la mente del chico. Mientras Michael es examinado, Broyles le revela al equipo donde se encuentra el chico. Olivia sugiere que se le inyecte Cortexiphan para que pueda cruzar al universo paralelo. Después de cuatro dosis para los cuatro cruces, ella encuentra un universo alternativo sin ninguna invasión Observadora y logra reunirse con Lincoln Lee (Seth Gabel) y su versión alterna, ahora casados y esta última dirigiendo la División Fringe. Con tres horas para que el Cortexiphan deje de hacer efecto, Olivia llega a la isla de la Libertad y cruza al universo principal para rescatar a Michael, donde posteriormente vuelve al alternativo donde Lincoln y la versión alterna de Dunham matan a los Observadores que la persiguieron. Después de dejar la isla, Olivia y Michael regresan a su universo. Por otra parte, Septiembre ha construido el dispositivo que le permitirá a Michael viajar al año 2167, pero busca la ayuda de un ex colega, Diciembre, ya que el reactor inicial está defectuoso. Windmark se entera que Broyles ha estado entregando información a la Resistencia.

Sabiendo que los Observadores y los Lealistas siguen a Broyles, el equipo Fringe se ve obligado a cambiar sus planes. Peter se entera que alguien tendrá que viajar con el silencioso Michael para hablar con los científicos que crearon la tecnología Observadora y Walter será quien se sacrificará. Posteriormente, Septiembre decide sustituir a Walter. Diciembre es encontrado muerto en su departamento ya que los Observadores fueron tras él. Como el plan ha cambiado, el equipo tiene que interceptar un envío a través de un agujero de gusano en un puerto, el cual estará custodiada por Lealistas. Peter y Olivia realizan un ataque biológico, el cual incluye varios eventos Fringe del pasado como los vistos en los episodios «The Cure», «The Dreamscape», «Ability», «Snakehead» y «Os», a través de la ventilación del edificio donde Broyles está cautivo y donde se encuentra un reactor bueno. Durante un enfrentamiento para proteger el proceso del plan de los Observadores y los Lealistas, la Resistencia logra activar un agujero de gusano hacia el año 2167. Windmark intenta retenerlos, pero finalmente muere aplastado por dos camiones, debido al Cortexiphan en el cuerpo de Olivia, antes de que se pudiera teletransportar. Como Septiembre comienza a correr con Michael hacia el agujero de gusano, el primero recibe una bala la cual le provoca la muerte, haciendo que Walter tenga que llevar al niño. Como resultado de esto, la línea de tiempo se reescribe y en el año 2015 nunca se produjo la invasión. En la escena final, Peter abre un sobre proveniente de su padre, el cual contiene un tulipán blanco dibujado en un pedazo de papel.