Un Cylon humanoid se ata explosivos y comete un atentado suicida en un pasillo lleno de gente en la Galáctica. Roslin y Adama se ven obligados a revelar públicamente que los Cylons ahora tienen modelos que se parecen a los humanos, y una ola de paranoia se extiende por la flota mientras todos comienzan a ser sospechosos de ser un Cylon.

Un virus Cylon está interfiriendo con el suministro de energía de la Galáctica, mientras que los centuriones Cylon se dirigen hacia sistemas cruciales. De alguna manera, deben ser detenidos.

La decisión de Tigh de imponer la ley marcial es protestada tanto en la flota como en la Galáctica. En Caprica, Helo y Starbuck se encuentran con otros humanos.

Mientras Tyrol decide comenzar a construir un nuevo caza, el virus Cylon vuelve a hacer acto de presencia. Boomer dice que esto significa que se avecina un gran ataque Cylon.

Los Cylons han estado en control de Nueva Caprica durante más de cuatro meses. Gaius Baltar está bajo su control y básicamente sigue sus órdenes. Hay una resistencia que hace estallar bombas y hace todo lo posible para interrumpir la actividad de los Cylons. El Coronel Tigh está en prisión y a pesar de ser sometido a torturas extensas, incluyendo la pérdida de un ojo, no les ha revelado nada. Su esposa Ellen hará cualquier cosa para asegurar su liberación y pronto comienza una relación sexual con uno de los Cylons, John Cavil. Hay sentimientos encontrados entre los sobrevivientes. Algunos sienten que los actos aleatorios de violencia contra sus captores no sirven para nada, mientras que otros sienten que es su deber resistir. Kara Thrace, Starbuck, está siendo mantenida prisionera en un apartamento por Leoben Conoy. Ella también se resiste, pero cada vez que lo mata, él simplemente se regenera y reaparece insistiendo en que lo seguirá haciendo hasta que ella le diga que lo ama. De vuelta en Galactica, el Almirante Adama reprende a su hijo Lee, Comandante del Battlestar Pegasus, por volverse débil.

Como resultado de los recientes atentados suicidas, algunos de los Cylons ahora argumentan que necesitan tomar represalias. Laura Roslin, entre otros, está bajo custodia y Gaius Baltar intenta hacer que coopere. Sin embargo, Tigh se niega rotundamente a poner fin a los atentados suicidas. Los arrestos nocturnos también conducen al arresto de Cally, pero dejan a su bebé en paz. Sharon Valerii ve lo que puede hacer al respecto. Mientras tanto, John Cavil le dice a Ellen Tigh que debe proporcionar la fecha y el lugar de la próxima reunión de los comandantes de la resistencia. Leoben Conoy todavía tiene a Starbuck prisionera, pero le presenta a su hija, Kacey, que fue concebida a partir de huevos que recolectaron de ella cuando estaba en la Granja. En Galactica, el almirante Adama comienza a planificar un rescate masivo de todos en New Caprica. Se da cuenta de que tendrán que obtener las llaves de lanzamiento de todas las naves en la superficie del planeta. La mejor manera de infiltrarse entre los Cylons es con otro Cylon, por lo que Adama comisiona a Sharon Agathon como oficial.

La fuente secreta dentro de la administración ha proporcionado a Tyrol una lista de todos los humanos programados para ser exterminados. La esposa de Tyrol, Cally, está en la lista y él se dispone a rescatarla. Sharon Agathon ha llegado a salvo al planeta, pero son emboscados por Cylons que los esperan. Se dan cuenta de que fueron traicionados y Anders encuentra pruebas contundentes que señalan la identidad del traidor. D'Anna Biers ha estado teniendo extraños sueños últimamente y un oráculo le dice que la niña Hera está viva y la sostendrá en sus brazos. Mientras tanto, Roslin asigna un equipo de hombres para proteger a la niña a toda costa. El Almirante envía el Pegasus lejos con los pocos barcos civiles restantes para continuar la búsqueda de la Tierra.

Comienza el ataque para rescatar a todos en New Caprica. La Galactica se encuentra con cuatro Basestars Cylon en lugar de los dos esperados. El final parece estar a la vista, pero reciben ayuda de una fuente bienvenida pero inesperada. En el planeta, Tyrol y Anders lideran el ataque para liberar a todos de la prisión. Anders encuentra a Starbuck, pero ella no se irá sin Kacey. Su exitoso regreso a la Galactica provoca emociones encontradas. El Coronel Tigh debe decidir qué hacer con su esposa Ellen después de que ella confiesa haber dado las coordenadas del encuentro a los Cylon. Hera no logra salir del planeta.

Ahora, de vuelta de manera segura en la flota, aquellos que lograron escapar de Nueva Caprica buscan venganza contra aquellos que creen que colaboraron con los Cylons. Seis de ellos, incluyendo al Jefe Tyrol y al Coronel Tigh, han formado el Círculo y actúan como juez, jurado y verdugo. Aquellos encontrados culpables son lanzados al espacio desde una escotilla de aire. Lee Adama ha notado que en los tres días desde que todos se reunieron, 13 personas han desaparecido sin dejar rastro. El ánimo a bordo de la Galactica no es bueno, con los colaboradores percibidos siendo rechazados por los demás. Entre aquellos en esa situación se encuentra Felix Gaeta, quien como Jefe de Personal de Gaius Baltar, está en lo alto de la lista del Círculo. En cuanto a Baltar, ahora está siendo retenido a bordo de una nave Basestar Cylon y sus captores también están decidiendo su destino.

A look at the events that took place during the year-long gap from the storyline in the Season Two finale. The story reveals the reasons for the rift between Kara ("Starbuck") and Lee ("Apollo").