Sydney descubre una carta escrita por su padre en la que le advierte de la caótica situación que se le avecina. Después de que Sloane active la alarma de seguridad y se abra el sótano SD, se desencadenará una fuerte explosión. Sydney debe desactivar tres cargadores antes de que los intrusos puedan averiguar el código de seguridad del sótano y se produzca la detonación. Por otro lado, los intrusos toman a Dixon como rehén, pero éste consigue despistarles y ponerse en contacto con la CIA, explicado el peligro que corre. Vaught recibe el mensaje de Dixon y, en contra de lo que dictan las órdenes oficiales, decide ir a ayudarle. En el SD-6 se reúne con Sydney y juntos consiguen desactivar el primer cargador. A continuación, se dividen para inutilizar los dos cargadores que aún están escondidos.