El oficial Kendall y el resto de su equipo del FBI retienen a Sydney para interrogarle. Su objetivo es obtener información sobre su pasado y su relación con la profecía Rambaldi. Sydney, presionada por los agentes, se ve en la obligación de confesar cómo entró a formar parte del SD-6 tras su entrenamiento en el Credit Dauphine. Explica, también, cómo descubrió la verdad sobre el SD-6 gracias a su padre, algo que le llevó a unirse con la CIA y que le convirtió en un agente doble. Por su parte, Jack advierte a Vaughn de que Sydney perderá la protección que ahora tiene, por parte del SD-6, si permanece demasiado tiempo retenida por los miembros del FBI. Jack elabora entonces un plan para liberarla y demostrar su inocencia.

Sydney comienza a cuestionarse si su madre está intentando ayudarla o matarla. Después de entregarse a la CIA, Irina rechaza hablar con alguien que no sea su hija pero Sydney no quiere ver a su madre. Es enviada a una nueva misión para recuperar un cd-rom que contiene la información comprometida que Irina (Lena Olin ) utilizó para sus chantajes, pero algo sale mal y el disco cae en las manos equivocadas. Irina asegura que quiere ayudar Syd a recuperar el disco, y durante una tensa visita, ella explica sus motivos: derrotar Arvin Sloane, la SD-6 y la Alianza, justamente lo que Syd desea. Mientras eso ocurre, Sydney tiene que decidir si el gesto de buena voluntad de su madre es sincero o sólo una tentativa de matar a su hija. Sloane recibe informaciones de un chantajista que pueden dejar la SD-6 y que puede ser una oportunidad para descubrir los secretos de la madre de Sydney. Will ve a Francie (Merrin Dungey ) hablando con un hombre de dudosa reputación. Y Sloane se hace miembro oficial de la Alianza de los Doce.

Sydney tendrá que engañar su mayor enemigo, Sark, en la tentativa de encontrar una pieza crucial de un satélite militar ruso. Sydney descubre que la cámara que robó era un prototipo y que la Agencia Espacial Asiática va a lanzar la cámara real. Su misión es cablearla para que el SD-6 pueda hacerse con las imágenes que proporciona la cámara. .Mientras eso pasa, Jack se reencuentra con la madre de Sydney por primera vez en casi 20 años, intentando impedir que ella continúe trabajando con Syd. Will finalmente conoce a Vaughn, que pide la ayuda sobre la misión de Taipei. Y Sloane está asombrado por la muerte de su mujer, que tal vez no esté tan muerta como él creía.

Arvin Sloanen se preocupa por una llamada que ha recibido hasta tal punto que ordena a Jack que se encargue del tema y el envía a que Marcus R. Dixon (Carl Lumbly) la investigue. Mientras Syd le cuenta que la caja de música esta en manos de Sark (David Anders) pero que no podrá utilizarla porque ha sido destruida, aunque más tarde los restos son recuperados en un refugio de Sark junto con un hombre, Claus Richter (Jim Hanna), en muy mal estado por una suero inyectado por el propio Sark. Se trata de un hombre que trabaja para la madre de Syd, Irina, y que fue el encargado de esconder la Biblia que Irina había conseguido en Barcelona; pero existe un mapa para recuperarla. Sydney tras ser rescatada del hielo y ya en las oficinas del SD-6 recibe la misión de viajar hasta Moscú para recuperar el mapa que está escondido en una biblioteca militar. El mapa revela que la Biblia está en Madagascar

Vaughn está infectado y desesperado, tanto que acude a Irina para que le ayude pero esta no quiere hacerlo a menos que él le confiese lo que siente por su hija Syney y si está enamorado de ella. . Will le habla a Syd del trabajo que hace para Vaughn y que en su búsqueda en los test estudiantiles le faltan todos los datos de 1982. Entonces ella le habla de la operación llamada “Proyecto navidad” que había desarrollado su padre y servía para ver que niños se podían reclutar y para eso la inteligencia rusa envió a su madre. Se cree que aún se utiliza por la inteligencia rusa para reclutar americanos. Syd al enterarse por su madre que el antídoto está en Palinski (Estonia), en una antigua base para submarinos nucleares, viaja hasta allí. La base esta dirigida por las autoridades locales pero Syd sabe que aunque lo encuentre puede no salvarle la vida a Vaughn porque ha de ser un antídoto especifico para la sangre del paciente. Cuando va a Estonia es capturada por Sark (David Anders) y este le propone un trato que Syd acepta. Su vida a cambio de que colabore con el para apresar a Sloane. Pero no se trata más que otra trampa de Sark para introducirse en el SD-6.

La alianza de Sark con el SD-6 pone de forma repentina a Sydney en una situación en la que corre el riesgo de ser descubierta como agente doble. Ella se ve obligada a participar en su plan, hasta que su alianza con Sloane pone numerosas armas nucleares en manos equivocadas. Ahora, sólo Irina tiene la clave para desentrañar los planes de Sark, pero ella se niega a cooperar.

Sydney debe actuar como pacificadora en la lucha de sus combatientes padres por recuperar una serie de armas nucleares que han caído en manos equivocadas. Pero cuando los Bristow se infiltran en un complejo militar abandonado, los problemas familiares quedan en un segundo plano frente a un cambio de lealtades, sorprendentes revelaciones y un descubrimiento Rambaldi que podría cambiar todo para siempre.

Cuando Sydney descubre que Marshall ha sido secuestrado, lucha contra un despiadado Sloane para liberarlo. Mientras tanto, la CIA hace todo lo posible por impedir que el SD-6 acceda a un sistema de seguridad de alto secreto y Jack se da cuenta de que la única persona que puede ayudarles es Irina.

Kane (Faye Dunaway) ordena la caza y captura del padre de Sydney, Jack Bristol (Victor Garber). Sin embargo, y a pesar de los planes de Kane, Jack consigue huir, aunque su regreso al SD6 es invitable. Por otro lado, Sydney (Jennifer Garner) y Michael (Michael Vartan) viajan a Francia a desarrollar una misión. Lo que no saben es que el SD6 ha hecho seguir a Sydney y han confirmado su encuentro con una agente de la CIA. Jack necesita averiguar la razón por la que Kane quiere eliminarlo, para ello debe solicitar la ayuda de mujer Irina.

En este episodio, el universo de Alias vive un momento de caos con la misteriosa desaparición de Sloane, lo que trae un nuevo responsable del SD-6 a la vida de Jack y Sydney. Mientras los Bristow luchan por mantener a salvo su secreto frente a éste nuevo jugador, Will y Francie hacen un asombroso descubrimiento, Sydney destapa un fallo crucial que podría echar abajo toda la alianza. Sin embargo, para poner en marcha su plan, primero debe contarle a Dixon toda la verdad.

Tras la muerte de una joven agente de la CIA, todas las sospechas recaen inmediatamente sobre su compañero y amante, el agente Jim Lennox. Sin embargo, tras ser liberado por Sydney, ella empieza a ver que entre ellos existe una conexión más estrecha al tener heridas similares y haber perdido a alquien que querían debido a su trabajo. Pero su opinión empieza a cambiar cuando Vaughn y Jack descubren que Lennox iba detrás de una tecnología que permitía a la gente cambiar su apariencia. Ahora Sydney se pregunta: ¿Es éste el verdadero Jim Lennox o su doble?.

Sydney Bristow (Jennifer Garner) vuelve a sentirse presionada por el SD-6, pese a vivir uno de los días más importantes de su vida. La joven espía acaba de terminar sus estudios de postgrado y quiere celebrarlo por todo lo alto. No en vano, Sydney se plantea abandonar la Agencia de Inteligencia, pero el subdirector Kendall (Terry O'Quinn) le advierte que si deja la CIA no podrá seguir viendo a su madre. Además, Sloan (Ron Rifkin) le confiesa a Sydney que conocía su condición de agente doble y le advierte que no se entrometa en sus planes si no quiere que su vida se convierta en un infierno. Por otro lado, Marshall (Kevin Weissman) y Dixon (Carl Lumbly) viven momentos intensos después de descubrir la verdad sobre el SD-6. Marshall consigue adaptarse a su nuevo puesto, pero Dixon se siente traicionado y su mujer le empuja a dejar la vida de agente secreto.

Cuando Sloane se apodera de una terrorífica arma, Sydney se ve obligada a pedir ayuda a un traicionado y herido Dixon. Pero cuando su ex-compañero se niega a ayudarla, a ella no le queda otra opción que llevar a cabo la misión en solitario.

Arvin Sloane (Ron Rifkin) y sus secuaces se desplazan a Rusia para robar a un traficante de armas la llave de la caja de seguridad que custodia un importante manuscrito de Rambaldi. La madre de Sydney, Irina Derevko (Lena Olin), considera que puede ayudar a la CIA a recuperar el manuscrito. Para ello deben dejarla en libertad y permitirle reunirse con uno de sus contactos en posición de darle el manuscrito. El plan es que Sloan quiera reunirse con Irina y comprarle el manuscrito. Cuando lo haga un equipo de Fuerza Delta le atrapará.

Sydney es informada sobre la fuga de su madre. La CIA ha decidido ascender a Jack de forma que pasa a ocupar el cargo del subdirector Kendall. Jack Bristow es el agente mejor capacitado para capturar a su esposa Irina Derevko. Aunque Jack accedió a quitarle a Irina el localizador aprovechó su momento romántico para implantarle un localizador pasivo. Jack localiza a Irina en la Toscana italiana. El servicio de contraespionaje de la Agencia desconfía del agente Michael Vaughn: se ha estado reuniendo sin autorización con agentes del KGB.

Sydney Bristow (Jennifer Garner) se sentirá una vez más traicionada por los que considera sus amigos. Y es que, tras arrestar a Will Tippin (Bradley Cooper) acusado de espionaje, la joven agente comenzará a cuestionarse la identidad de Will. Francie (Merrin Dungey), que ya había informado a su contacto Sark (David Anders) de que Will era sospechoso para la CIA, decide reforzar su tapadera. Para ello, usa un láser para modificar la retina de Will de forma que parezca que se trata del segundo doble del proyecto Hélice. El peso de la CIA cae sobre un Will desconcertado. Tras ser detenido por la CIA, Sark ordena que sea eliminado.

La agente Sydney Bristow (Jennifer Garner) se enfrenta por fin a su madre Irina Derevko (Lena Olin), algo que la joven espía lleva tiempo persiguiendo. Irina cumple con su parte del trato y suministra a la CIA la información genética del segundo doble surgido del proyecto Hélice. Will (Bradley Cooper) por su parte investiga los archivos relacionados con el proyecto Navidad y descubre que una joven fue activada como espía y asesina hace pocos años. Irina se pone en contracto con la CIA y les informa sobre la ubicación del almacén donde Sloan (Ron Rifkin) guarda todos sus inventos.

El Departamento de Investigaciones especiales (DIE) irrumpe en la Agencia y se hace con la custodia del artefacto de Rambaldi. Sydney frustrada por la pérdida de competencias se va a casa pero allí alguien le dispara un dardo tranquilizante. Syd se despierta dentro de un avión en pleno vuelo, su compañero de viaje es Kendall que en realidad no es subdirector del FBI, trabaja para el DIE y sabe lo que le pasó a Sydney durante su cautiverio.