Un equipo de agentes especiales del Servicio de Investigación Criminal de la Marina de los Estados Unidos, liderados por el agente especial Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon), investiga los crímenes que se cometen dentro del Cuerpo de la Marina. Entre los casos está la muerte del ayudante del maletín nuclear del presidente, una situación explosiva a bordo de un buque de guerra de la Armada y la muerte de un famoso durante un show de televisión en una base del cuerpo de marines... La serie nació como un spin-off de algunos personajes presentados previamente en la serie "JAG: Alerta roja".

Meredith Grey forma parte de un grupo de jóvenes doctores que, tras licenciarse en Medicina, tratarán de equilibrar sus vidas personales con un duro periodo de pruebas en el famoso Hospital Seattle Grace.

El detective Steve McGarrett y Danno forman parte de un equipo élite de trabajo cuya misión es eliminar el crimen en las playas del estado de Hawái. Colaborando con McGarrett y Danno, está el exdetective de la policía de Honolulú, Chin Ho Kelly, que ha sido relegado a la patrulla de seguridad federal por ser acusado equivocadamente de corrupto. La prima de Chin, una novata de la academia, también se une al equipo y trata de posicionarse en la élite del departamento.