Comienza un nuevo año en el Instituto de Neptune para Verónica Mars. El primer dia de clase ayuda a un novato que se ha visto atacado por los P.C.H., la banda de moteros de la zona marginal de la adinerada ciudad de Neptune. Empezará a crecer una gran amistad entre este novato, Wallace, y Veronica. Este año será especial para Verónica, su mejor amiga Lilly Kane fue asesinada y el sheriff Keith Mars, su padre, acusa al padre de Lilly, Jake Kane de ser responsable del asesinato de su hija. El sr. Kane es la persona mas rica, poderosa e influyente de Neptune así que todo termina con el despido de Keith como sheriff. La vida de Verónica cambia radicalmente debido al apoyo que ofrece a su cuestionado padre, pasa de ser una de las chicas más populares del instituto a ser una marginada que compaginará sus estudios con ayudar a su padre en su nuevo trabajo como detective privado.

Aumenta la tensión entre los 09 y los PCH debido a las elecciones escolares. Veronica apoya a Wanda, una estudiante del grupo de no ricos del insituto de Neptune. Pero las elecciones parecen amañadas cuando sale vencedor Duncan Kane, exnovio de Veronica y hermano de la fallecida Lilly Kane. Por otro lado Logan se ve enfrentado a su padre debido a su mala conducta.

Veronica decide investigar el extraño hecho de que se hayan producido tres simulacros de incendio en una semana, lo que se suma a la aparición de un nuevo alumno muy sospechoso. Además, Wallace y Veronica se enteran de que sus padres están saliendo.

Verónica ayuda a Jackie a buscar su tarjeta de crédito robada, a pesar de las diferencias entre ellas. Wallace, por su parte, descubrirá algo que no sabía sobre su familia.

El dinero recaudado en el carnaval de invierno del insituto desaparecen y Veronica investiga el caso, desmintiendo los rumores que culpan a Jackie. Mientras, Keith se ve con Terrence Cook ya que le han acusado de tener algo que ver en el accidente del autobús. Logan inicia una nueva relación mientras Beaver continúa con una antigua.

Veronica investiga el hackeo de la web de los estudiantes gays del instituto, quienes son chantajeados. pero encuentra dificultades ya que las victimas quieren permanecer anónimas. Mientras, Hana descubre las intenciones reales de Logan y Keith cree que ha encontrado una cuartada para Terrence.

Veronica ayuda a Gia a descubrir quien la está acosando pero todo se complica cuando Keith es contratado por un escandalo en el que se ve envuelto el padre de Gia. Logan organiza una fiesta de promoción alternativa cuando la oficial se cancela. Wallace y Jackie solidifacan su nueva relación.

Después de su absolución por el asesinato de Lilly Kane, Aaron sale a la calle, cosa que decepciona a Veronica. Keith le dice que tienen que seguir adelante, ya que seguro que Aaron recibirá su merecido. Al llegar a la oficina, Veronica lee que el padre de Meg ofrece dinero por la captura de Woody Goodman. Keith recibe la llamada de Vinnie Van Lowe, que le ofrece trabajar juntos en la búsqueda de Woody. Vinnie posee información valiosa que puede ayudar a Veronica y a Keith a encontrar a Woody. Entre esa información, Veronica encuentra ciertos datos que le ayudan a resolver ciertas cuestiones de su pasado. Por otra parte, el día de la graduación llega y Keith está exultante. En la ceremonia, Veronica se lleva una gran sorpresa. Además, Veronica sueña con cómo sería su vida si Lilly no hubiera sido asesinada. Mientras tanto, Veronica encuentra la pista definitiva que revela el culpable del accidente de autobús. Nuevamente, la vida de Veronica vuelve a correr peligro.

El pánico se extiende por Neptuno cuando una bomba explota durante las vacaciones de primavera. Verónica y Keith son contratados por la familia de una víctima herida en el bombardeo para averiguar quién es el responsable.