El doctor Benton y su abogado comienzan a luchar en los tribunales por arrebatarle a Roger -el "otro" padre- la custodia de Reese. Mientras, la doctora Corday tiene que esperar a que un hombre emocionalmente destrozado decida si donar los órganos de su mujer, que se ecuentra en estado terminal, todo ello antes de que sea demasiado tarde para el transplante. Por otra parte, el doctor Greene y la doctora Lewis atienden a un boxeador adolescente que ha sufrido una lesión cerebral mientras hacía de sparring para su hermano, que ahora se siente tremendamente culpable. La doctora Weaver vuelve a coincidir con una valiente bombera que la ayudó en un rescate. El doctor Carter intenta ayudar a una mujer aquejada de una molesta reacción alérgica. Y, por último, el doctor Greene sospecha lo peor cuando descubre que el novio de su problemática hija Rachel da positivo en marihuana.

A Corday y a Greene les resulta difícil trabajar juntos mientras viven separados. Corday sospecha que Greene está teniendo una aventura con Lewis. A Greene le sorprende la reacción de Terry, la hermana de una paciente llamada Joanna, a la que le sugiere que done parte de su hígado para salvarle la vida a su hermana. También Greene reprende a los descuidados padres adoptivos de un muchacho que está a punto de morir tras recibir un tratamiento experimental. Weaver atiende a las víctimas de un terrible incendio y no puede dejar de preguntarse si su novia, la bombero Sandy López, habrá resultado herida en dicho incendio. Chen es acosada por un paciente trastornado llamado Martin que sufre un importante trauma. Los médicos atienden a dos universitarias después de que una de ellas afirme que han sido atacadas por un maníaco que estaba en el campus. Y dos ancianos adúlteros causan problemas en urgencias.

Los residentes de Chicago son victimas de una epidemia. Cuando Carter y Abby tratan a dos jóvenes con los mismos síntomas, la sala de urgencias se declara en cuarentena hasta que lleguen los expertos del gobierno federal. Mientras que Carter lucha por salvar a los jóvenes, el personal es atrapado por los pacientes, los heridos del choque de un autobús y con los irritados ciudadanos. Los periodistas rodean el hospital y la policía bloquea las salidas, por iniciativa propia las victimas inquietas organizan un pequeño motín en intento de escapar de unas peligrosas y agobiantes condiciones dentro. Mientras tanto, Pratt y Chen, que pueden haber contraído la enfermedad, ignoran sus propios síntomas mientras intentan salvar la vida de un vagabundo, paciente habitual del hospital.

El County General continúa en cuarentena y las autoridades deciden evacuar el hospital. El Dr. Gallart vacuna contra la viruela a los pacientes y la Dra. Lewis avisa a Abby y Carter de que hay que evacuar el hospital, pero que ellos deben permanecer en el County General dos semanas mas, por estar expuestos a la enfermedad. Chen y Pratt, también deben quedarse. Por otro lado, el Dr. Romano debe subir a un paciente grave para que lo lleven en helicóptero y pelea con Luka, quien tiene otro paciente grave en la misma situación. Romano levanta un papel y la hélice del helicóptero le corta el brazo izquierdo y Luka y la Dra. Lewis lo trasladan urgentemente al quirófano para operar. La Dra. Weaver visita a Romano y se entera de que podría perder la mano, aunque al final la operación sale con éxito, mientras que Elisabeth Corday está trabajando en un hospital de Londres, confiesa a su padre que extraña su hogar y decide volver a Chicago con su hija. Al final el Dr. Carter explica a Abby la teoría del caos y le cuenta que lleva dos años enamorado de ella, pero el caos siempre reinó en su vida.