Cuando Teal'c hace que Sam Carter se dé cuenta de lo valioso que es el conocimiento dejado por Tok'ra Jolinar en su cerebro y la oportunidad de una alianza, convencen al General Hammond de que permita a SG-1 intentar una reunión. Llegan a un planeta que está desierto en la superficie, pero son esperados por Tok'ra bien camuflados y armados que los llevan a túneles que crean mediante un misterioso cristal, que también puede deshacerlos después. Ambas partes son bastante sospechosas, el equipo se siente como prisionero, y de hecho, el líder Tok'ra Yosuuf teme que no puedan ser liberados, al menos hasta que todo el sitio sea trasladado. Mientras tanto, los Tau'ri apenas superan su sospecha contra la biología Tok'ra Goa'uld (con simbionte), cuando se les pide que se ofrezcan como "huéspedes", y Carter descubre que Martouf (y su simbionte, Lantash) era el amante de Jolinar, por lo tanto, tiene una conexión especial con ella.

El intento de forjar una alianza con los Tok'ra parece ser un fracaso miserable, ya que el SG-1 está prácticamente encarcelado como un riesgo de seguridad y se considera prácticamente hostil debido a la "fusión", ya que aceptar ser huéspedes de un simbionte es un paso demasiado lejos para cada uno de ellos. Cuando el SG-3 llega e informa a Sam sobre la condición cada vez peor de su padre, el General Jacob Carter, quien está gravemente enfermo, ella se da cuenta de que los poderes curativos del simbionte, confirmados para aplicarse al cáncer, hacen que la oferta de ser huésped sea demasiado buena para rechazarla. Garshaw permite que Sam y Jack regresen y convenzan a ambos generales de permitir el plan, lo cual se logra. Mientras tanto, los Tok'ra deben evacuar rápidamente, destruyendo los túneles a su paso, porque se espera un ataque a gran escala por parte de las tropas de Apophis, mientras Jacob conoce a su posible pareja simbiótica, Selmak, y a su predecesor terminal para ayudarlo a decidir. Jack verifica su fuerte sospecha de que hay un traidor entre los Tok'ra que está comunicándose con los Goa'uld.

Siguiendo una pista de los Tok'ra, el SG-1 va a un planeta donde encuentran al odiado Apophis, casi muriendo y bajo el ataque de death-gliders. Lo llevan de vuelta con ellos, dándose cuenta de que fue torturado por un rival señor del sistema con daño duradero. Apophis exige refugio, siempre y cuando la Dra. Fraiser pueda salvar su vida, al menos por el bien del anfitrión humano, pero sin un sarcófago el pronóstico para su simbionte es malo; ofrece todo su conocimiento Goa'uld a cambio de un nuevo anfitrión, es decir, su vida, revelando que fue derrotado por el terrible Sokar, una vez señor del sistema supremo hasta que una alianza liderada por Ra y Apophis lo destituyó. El enfrentamiento con Daniel, debido a Amaunet/Sha're y su hijo Klorel, y con el antiguo primer ministro Teal'c, es amargo para los tres. Los Tok'ra envían a Martouf para advertir que los Tau'ri deben entregar a Apophis, pero su advertencia es ignorada, hasta que Sokar demuestra que puede bombardear el iris con partículas aceleradas y finalmente atravesarlo, por lo que la Casa Blanca ordena su extradición, pero antes de que puedan hacerlo, él muere, a diferencia de su anfitrión, un escriba de un antiguo templo egipcio de Amun.

Colonel O'Neill awakens and is told by new staff everything in the SGC is different because he was just revived after 79 years of cryogenic hibernation, as sole survivor of a disastrous SG-1 mission on a Goa'uld-ruled planet. He accepts to undergo a 'high tech hypnosis' to retrieve information of use in the present war against them, which is going badly, involving earth's ten endangered colonies on other planets. However Major General Trofsky, the new base commander, and his female assistant tell Daniel and Sam, in different sections, that each of them is the sole survivor: it's all make-believe to probe their brains about the weaknesses of earth and the Alliance of the four races. Meanwhile, Teal'c awakes on earth, where it took Dr. Frasier months to save him from death; there was no trace of his teammates, and he resigns when General Hammond refuses permission to keep searching. O'Neill hears Goa'uld language, gets himself free and discovers he's on a fake SGC, frees Sam and Daniel, only to be stopped by the female Goa'uld system-lord Hathor, who employs both Horus and Serpent Jaffa and demands the humans' help against her rival system-lords.

Martouf lidera una delegación de Tok'ra con una noticia aplastante para Carter: su padre Jacob/Selmak ha sido capturado por Sokar y encarcelado en Netu, un nombre egipcio para el infierno, en una luna del planeta Delmal, donde los prisioneros son enviados a sufrir tortura eterna, y de donde nadie regresa; solo Jolinar ha logrado escapar. SG-1 lleva a cabo una operación de rescate con Martouf, siendo la máxima prioridad cualquier información que Selmak pueda ofrecer sobre el plan de Sokar para someter a los demás señores del sistema, una amenaza sin precedentes para todos los humanoides de la galaxia. Teal'c debe pilotar una nave Goa'uld y mantenerla en órbita, ya que el aterrizaje es imposible excepto mediante una pequeña cápsula, pero primero Martouf accede a la memoria de Jolinar, que está parcialmente bloqueada por algún trauma más allá de la tortura física. Solo cuando están abajo y bajo la custodia del señor de Netu, Bynarr, Sam se da cuenta de que él es la clave, de una manera "personal", pero no voluntariamente, como ella había pensado. Sokar se entera de su presencia a través de Bynarr y ordena que el equipo y la nave sean destruidos, pero esto también significa que debe haber una salida. El primer oficial de Bynarr, Na'onak, tiene, y es él mismo, una gran sorpresa.

Ahora que Apophis se ha revelado, promete a los prisioneros derrocar a Sokar, lo cual requiere extraer un secreto de gran valor irresistible, para lo cual droga a Sam con el suero de la verdad "sangre de Sokar". Apophis también implanta un dispositivo de memoria en Jack y le administra la droga para torturarlo utilizando la personalidad de su hijo pequeño que murió, y a Daniel para obtener la ubicación de su hijo Harsesis. El amor de Martouf por Jolinar lo lleva a traicionar que los Tok'ra están en el planeta Entac, una mentira convincente, por lo que el plan de Apophis para ganarse la gratitud de Sokar y luego matarlo cuando sea recompensado con el señorío de Netu está en una base inestable. Teal'c debe ayudar al Tok'ra Aldwin a preparar una bomba nuclear para hacer explotar toda la luna cuando llegue su nave, como su última oportunidad para eliminar a Sokar, pero decide en cambio rescatar a SG-1 volando en el camino del dispositivo de anillos en la nave de Sokar cuando llegue.

Cuando un miembro del equipo SG intenta asesinar al líder de los Tok'ra, se cree que algunos miembros del SGC han sido convertidos en Za'tarcos: asesinos programados. La Tok'ra Freya llega al SGC con Martouf para intentar probar a todos los miembros del equipo SG. Pero el detector de Za'tarcos sugiere que O'Neill y Carter en realidad son Za'tarcos. ¿Es esto correcto y hay otro Za'tarc en el SGC?

SG-1 regresa temprano de una misión solo para darse cuenta de que ellos y el Gral. Landry no están en la misma página en lo que respecta a la misión que acaban de completar. La confusión se resuelve rápidamente cuando el "verdadero" SG-1 regresa en el momento correcto. La Dra. Lam los examina a todos y concluye que son idénticos y piensa que podrían ser clones. Sin embargo, Sam cree que podrían haber venido de un universo paralelo como resultado del agujero negro que crearon cuando destruyeron el punto de apoyo de los Ori. A medida que llegan más equipos de SG-1 de otros universos alternativos, uno de ellos incluye al Dr. Fraiser y otro incluye al Tok'ra Martouf. Queda en manos de Sam y Martouf encontrar una manera de enviarlos a todos a casa.