Se produce la reincorporación de Rizzoli a su puesto de trabajo. Poco a poco, las cosas se irán complicando de nuevo para las protagonistas, puesto que ahora los casos no sólo implican a terceras personas, sino también a sus familias y allegados.

Un antiguo compañero de Jane aparece muerto en el campo de fútbol. Con la vuelta al pasado, todos los de su clase son sospechosos potenciales.

Maura y Jane experimentarán cambios en su vida gracias a una persona nueva en su vida: un nuevo amigo para Maura y una persona del pasado de Jane.

Jane y Maura deberán averiguar la razón del asesinato de jóvenes exitosas y atractivas en el transporte público. Angela lleva a cabo nuevas ideas en la cafetería.

Cuando un universitario, ex jugador de fútbol americano, es apuñalado en el interior de un tren de lavado durante un evento para recaudar fondos para su alma mater, Jane junto a Maura y al equipo deben juntar todas las pistas para encontrar al asesino. Mientras tanto, la madre de Frost visita Boston con una noticia inesperada. Y el teniente coronel Casey Jones choca con Jane y se ve obligado a revelar una noticia sorprendente ya que quiere que Vince Korsak le cuide a su perra, lo cual hace que Jane se pregunte a donde va sin su compañera.

La doctor Hope Martin vuelve a escena para pedirle un favor a Maura que alterará su vida ya que necesita un riñón para su otra hija. Mientras el equipo trata de dilucidar quien mato a un actor voluntario que ha muerto a manos de su pareja artística en pleno ensayo. Jane está muy preocupada por la inminente cirugía espinal del teniente coronel Casey Jones tras la información que le ha proporcionado Maura. Tommy cuida de su bebé TJ pero todo se complica cuando un edificio se derrumba, atrapando en el interior a sus seres queridos.

Un desfile comunitario termina en tragedia en un caso relacionado con el mundo de la política, coincidiendo con la visita sorpresa del coronel Jones.

Los agentes trabajan en el caso de un popular profesor de instituto fallecido en un atropello que no ha sido un accidente.

El equipo se apresura a resolver el caso de homicidio violento de una profesora universitaria en el jacuzzi enturbiado por pruebas contradictorias. Maura carga con la mayor decisión de su vida ya que su padre le pide que su padre Patrick, recientemente puesto en libertad condicional, viva con ella. Ese hombre, el abuelo de la doctora, quiso matar a su madre cuando ella estaba embarazada de Maura. Mientras tanto, Jane y Casey se ven obligados a decidir entre su carrera y su relación.

Un criminal que se vestía de payaso para secuestrar a sus jóvenes víctimas y desapareció hace 20 años, resurge intentando raptar a un niño y poco después raptando a otro jovencito. Para encontrar pistas para resolver el caso, los detectives deben sumergirse en los viejos archivos de los secuestros no resueltos del verano de 1988 denominado "El verano del payaso". La relación de Jane y Casey se pone seria cuando él le entrega el anillo de pedida, pero para llevar las cosas al siguiente nivel uno de ellos tendrá que hacer concesiones referentes al trabajo. Maura entra accidentalmente en medio de otra relación, poniéndose a sí misma en un dilema.