Es la mañana después de su escape de la prisión de Fox River, y los reclusos evitan por poco ser atrapados por Bellick mientras saltan a un tren de carga. El agente especial del FBI Alex Mahone ha sido asignado a su caso y convoca una conferencia de prensa instando al público a entregar a los "Fox River 8". Michael, Lincoln, Abruzzi, C-Note y Sucre se encuentran con un cazador y su hija. Él los apunta con un arma hasta que Abruzzi toma a la hija y obliga al cazador a darles su SUV y dejarlos ir. Los fugitivos se dirigen a un lugar donde Michael tiene cosas guardadas. El agente Mahone rastrea la tarjeta de crédito de Michael hasta una instalación de almacenamiento en Oswego, pero rápidamente descubre que uno de los tatuajes de Michael contiene la ubicación real. El tatuaje de Michael "Ripe Chance Woods" es una pista que apunta a un cementerio donde Michael tiene objetos enterrados en la tumba de "E. Chance Woods". Justo dos pasos detrás, el agente Mahone llega a la escena justo cuando los reclusos han reunido lo que necesitan. Mientras tanto, T-Bag descubre una clínica veterinaria y obliga al veterinario a volver a unirle la mano amputada. La Dra. Sarah Tancredi se recupera de su sobredosis. Dentro de su bolso, encuentra un cisne de origami dejado por Michael con un mensaje que dice: "Hay un plan para arreglar todo esto" y un código. El código es una serie de números que lee 3221243324 para la primera línea, 4221312231 para la segunda y 23133121 para la tercera. Veronica localiza a Terrance Steadman en Montana y descubre que las puertas están cerradas desde el exterior, manteniéndolo como rehén (aunque de manera voluntaria). Veronica llama al 911 y luego habla con Lincoln y le cuenta lo que ha descubierto. Empleados de The Company llegan y matan a Veronica por haber descubierto su conspiración y haber encontrado a Steadman. Lincoln

Con hospitales y clínicas bajo vigilancia, Michael lleva a Lincoln a la casa de Nika para que sane su pierna herida. Luego regresa al lugar donde estacionó su Accord y descubre que el auto ha sido remolcado. Mientras tanto, el agente Mahone recupera la mochila de Michael con su pasaporte de un vagabundo que rompió la ventana trasera del auto de Michael para robar la mochila. Michael va al depósito de Brewster Towing para recuperar su auto. Mientras tanto, Sucre descubre que Maricruz se casará con Héctor en un par de días y se dirige a Nueva York en un auto robado. Sara es arrestada y su padre la visita, paga su fianza y le ordena que cuente una versión falsa sobre el incidente en Fox River, ya que él será el próximo Vicepresidente de los Estados Unidos. Más tarde, ella va a rehabilitación donde Kellerman finge ser un paciente adicto. C-Note programa una reunión con su esposa, pero su conversación es interceptada por el agente Mahone. Bellick y Geary se encuentran por casualidad y luego se unen para obtener la recompensa de $400,000 por capturar a Michael y Lincoln. Van a Fox River y Bellick interroga a Manche Sanchez, quien revela el plan de los fugitivos. Michael y Lincoln simulan un accidente automovilístico para escapar de Mahone, pero no se dan cuenta de que Bellick y Geary los siguen de cerca.

El plan de Michael encuentra un obstáculo cuando la hija del dueño de la casa, que es policía, llega. Mahone discute con Lyle Sands sobre cómo proceder, pero espera que Tweener, bajo custodia del FBI, revele la ubicación de los otros fugitivos. Sara comienza a sospechar de Kellerman, por lo que él intenta algo diferente para encontrar a Lincoln Burrows. En una instalación de detención en Arizona, L.J. descubre que será liberado al día siguiente; Linc va a buscarlo. Haywire, en Wisconsin, roba suministros de una tienda de campamento.

En sus esfuerzos por tratar de hacerse con todo el dinero, Sucre se encuentra con algunas dificultades inesperadas. Y el Capitán Bellick y su compañero no se han dado por vencidos en encontrar a sus antiguos reclusos.

Michael intenta recuperar un objeto del Jardín Botánico de Blanding en Utah, pero el equipo de Mahone llega primero. Mahone cree que alguien de su equipo está filtrando información a la prensa; mientras tanto, Michael investiga a Mahone en un café de Internet y luego viaja a Durango, Colorado, para ver a una mujer allí. Linc y L.J. están en la carretera en Arizona. C-Note está en Chicago, y el Agente Lang intenta utilizar a su esposa para capturarlo. Bellick y Geary llaman al oficial Patterson, en la prisión de Fox River, para obtener información sobre dónde buscar a T-Bag. Sara está en un motel en Elgin, Illinois, tratando de descifrar el código de Michael. T-Bag llega a Tribune, Kansas, en busca de "romance", como él lo llama. Kellerman está siguiendo a Sara.

El capitán Bellick tortura a T-Bag para obtener el dinero, durante lo cual T-Bag se traga la llave y Bellick utiliza trucos sucios para sacar la llave. Bellick y Mac dejan a T-Bag en el límite de la policía. Sarah y Michael Scofield se encuentran, pero son constantemente perseguidos por Alexander Mahone. Michael se acerca a la impotencia de Mahone. Mientras tanto, Lincoln Burrows y LJ son rescatados por el padre de Lincoln, pero aún no están protegidos de los sucios juegos políticos. Sucre intenta contactar a Maricruz, pero ese plan falla debido a que la policía estatal hace rondas.

Continuando desde donde lo dejamos, Sucre, Michael, Linc y Aldo están juntos, con Mahone pisándoles los talones. Sara está boca abajo en la bañera mientras Kellerman se prepara para deshacerse de su cuerpo. C-Note está en Harvey, Dakota del Norte, con Kacee y Dede, quien necesita su medicación. En Tribune, Kansas, el detective Slattery interroga a Bellick.

Sara se encuentra con Michael y Lincoln en una estación de tren en Evansville, Indiana; cuando ve a Kellerman con ellos, se perturba y se pone molesta. Kellerman le dice que ella tiene una llave de un club privado de cigarros en Chicago. Caroline llama a Kellerman y él le dice que se dirige a Chicago en tren, y ella promete devolverle su vida, incluido el puesto de jefe de personal. T-Bag le dice a Susan que están pasando por un "período de ajuste" en sus vidas; cuando ella le dice que tendrá una invitada llamada Patty Wallace, T-Bag recibe a Patty con un magnífico brunch familiar y utiliza la figura de padre autoritario para disciplinar a Zack, seduciendo a la invitada con su encanto y actitud. Wheeler informa las acciones de Mahone a la sede del FBI y descubren que Haywire mató a un hombre en Algoma, Wisconsin. Mahone visita a Bellick en River Fox, lo libera utilizando un habeas corpus para que haga su trabajo sucio, y le da un auto, una pistola y una placa del FBI al hombre despreciable. Bellick persigue y atrapa a Haywire, y espera a Mahone. En Benson, Minnesota, C-Note y Dede están saliendo de un bar cuando un ladrón adicto anuncia un atraco. Cuando Kellerman ve un bloqueo en el tren, se da cuenta de que fue traicionado.