Desesperado por encontrar una pista en el caso del verdugo de Minnesota el agente especial del FBI Jack Crawford llama al poco ortodoxo criminalista Will Graham.

Will Graham, ahora un investigador especial del FBI, ayuda a Jack Crawford y a la unidad BAU en la búsqueda de un asesino que entierra a sus víctimas con vida para cultivar hongos. En sus sesiones de terapia, Aníbal comienza a ganarse la confianza de Will como vínculo de su responsabilidad por Abigail, y ayuda a Will a que comparta sus verdaderos sentimientos acerca de matar a Hobbs. Mientras tanto, Freddie Lounds fisgonea sobre la investigación del BAU.

Jack propone que Abigail pudo haber ayudado a su padre, Garret Jacob Hobbs, en sus asesinatos en serie. A instancias de Hannibal, aunque en contra del consejo de la Dra. Alana Bloom, Abigail es escoltada de vuelta a Minnesota, donde descubre mucha más hostilidad contra ella y su familia. Las cosas van de mal en peor cuando un imitador del asesino mata a un amigo de Abigail. Hannibal sugiere que oculten el cuerpo para proteger Abigail - pero los secretos tienen un coste...

Dos familias aparecen muertas y, en ambos casos, la madre fue la última en morir. En único vínculo entre las familias es que tienen hijos que han estado en la lista de personas desaparecidas durante un año aproximadamente. Graham deduce que estos "niños perdidos" están matando a sus antiguas familias para estar más unidos a sus nuevas familias. Graham continúa sus sesiones con el Dr. Lecter y le confía que, incluso si encuentra a estos chicos, nunca podrá devolverles lo que han perdido: sus familias. El interés creciente de Lecter por Abigail Hobbs le conduce a sacarla del hospital, en contra de las recomendaciones de la Dra. Alana Bloom, y cuidarla él mismo.

Will Graham y el equipo de la UAC siguen a un asesino en serie cuyo ritual sangriento incluye cortar la piel de la espalda de las víctimas y estirarla como las alas de un ángel. Volver al campo tiene un gran peso en la psique de Will y Hannibal trata de abrir una brecha entre Will y Jack. Mientras tanto, Bella, la esposa de Jack Crawford, se aleja de él y comienza a ver a Hannibal como su terapeuta, en un esfuerzo por aceptar el hecho de que se está muriendo.

Jack y Alana son llamados por un ex colega, el Dr. Chilton, que creer tener al Destripador de Chesapeake bajo custodia, cuando uno de sus pacientes comete un asesinato que coincide con el perfil del Destripador. El equipo llegó a la conclusión de que el Destripador era un cirujano y aún anda suelto cuando la ex-discípula de Jack, Miriam, se convirtió en la siguiente víctima. Jack hace frente a su pérdida y a la posibilidad de perder a su esposa por abrirse a Hanníbal.

Cuando la UAC investiga un asesinato en el que se han extraído los órganos de la víctima, Jack cree que el destripador de Chesapeake puede haber vuelto, pero Will deduce que el asesinato es el resultado de un accidente en una recogida de órganos. Mientras tanto, Will sufre pesadillas nocturnas donde él es el padre de Abigail. Hannibal empieza a seducir a la Dra. Alana Bloom y además comienza a visitar a su propio terapeuta, el Dr. Bedelia Du Maurier.

Un nuevo asesino se presenta en sociedad con una macabra puesta en escena digna del Destripador de Chesapeake. Hannibal tiene que tomar una decisión acerca de su relación con Will...

La salud mental de Will decae y la llegada de un nuevo asesino en serie no le ayudará a estar mejor. El nuevo asesino entierra a sus víctimas y crea un tótem con sus miembros, como una especie de trofeo.

El equipo investiga un asesinato en el que las dos víctimas son mutiladas de forma similar. Will contamina la escena de un crimen por primera vez porque piensa que él ha cometido el primer asesinato. Además, una resonancia magnética demuestra que sufre encefalitis.

Después de escapar de la custodia policial, el doctor Gideon intenta matar a los psiquiatras que lo trataron. Will y el equipo BAU le siguen la pista a través del blog de Freddie Lounds e intentan detenerlo antes de que encuentre a Alana

Tras la muerte de Georgia Madchen en una explosión, Will afirma que el asesino sigue vivo. Las alucinaciones de Will se intensifican, lo que hace que pierda a Abigail en Minnesota. Mientras, la manipulación de Hannibal convence a Jack de que Will es capaz de asesinar...

El declive mental de Will acaba en tragedia cuando todo indica que asesinó a Abigail Hobbs. Will está indefenso y solo en intentar demostrar que el asesino es el imitador...

Will está decidido a luchar por su inocencia así como Aníbal y Jack intentan aceptar en sus mentes el hecho de que está tras las rejas. Mientras tanto, Alana se enfrenta a una tensa relación con Will mientras Kade Purnell junto con el FBI le hace una visita.

El equipo de la Unidad de Ciencias de la Conducta del FBI se acerca a conocer el origen de los cuerpos encontrados en el río, tratando de descubrir el artístico plan del asesino. Mientras, Will Graham comienza a trazar su propio plan desde su encierro.

El juicio de Will da un giro cuando su abogado recibe una oreja amputada por correo y el juez es brutalmente asesinado.

Will continua a juntar los pedazos de recuerdos que tiene y trabaja con Beverly para descubrir la verdad. Cuando ella descubre algo vital del caso del asesino del mural, Hannibal se asegura de no hable.

Cuando aparece el cuerpo de Beverly, Will coge el toro por los cuernos. Está decidido a parar de una vez por todas al Destripador.

Zeller y Price hacen un descubrimiento que les lleva hasta la cabaña del Destripador. Y no sólo eso, también hasta Miriam Lass.

Chilton y Will intentan convencer a Jack de que Hannibal es el Destripador. Sin embargo Hannibal deja el cuerpo de Gideon en la casa de Chilton para inculparle del crimen.

Will reconoce a Hannibal que ha disfrutado intentando matarle. Está conociendo una parte oscura de él que le gusta. ¿Estará siendo sincero o está jugando con Hannibal?. Hannibal tiene una nueva paciente, una mujer que ha intentado matar a su hermano, Margot Verger.

Will conoce a Margot. Las intenciones de Margot no serán tan nobles como parece.

Will continua su relación con Margot. Ella le cuenta los malos tratos que sufre en manos de su hermano Mason.

La verdad de la desaparición Freddie es descubierta por Jack y su equipo. Alana expresa su preocupación por el estado mental de Will, pero confunde sus miedos para protegerse a sí misma. Mason Verger sospecha que su hermana, Margot, está conspirando con él conseguir un heredero. Hannibal revela a Will cuánto le recordaba Abigail a su hermana, lo que hace aún más difícil para Will entender por qué tenía que morir.

En una sesión de terapia, Will imagina cómo iba a matar a Hannibal, compartiendo con honestidad sus visiones, y por extraño que parezca reforzar su codependencia. Más tarde, en una sesión con Mason Verger, Hannibal discute el desafortunado "accidente" de Margot y otras veladas amenazas. Jack se impacienta con el progreso de Will en la captura de Hannibal, y trae un testigo sorpresa del pasado para ayudar. Y cuando se ve amenazada la vida de Hannibal, Will debe decidir ayudarle ya que sin él no podrá lograr su venganza.

Hannibal se prepara para su inminente salida con, según él, Will. Will se prepara para una salida de otro tipo, atar cabos sueltos, aunque no está seguro si va a sobrevivir a la trampa que ha creado para su enemigo. Todos sienten que Jack se merece la verdad, pero ¿cuál es esa verdad? Las lealtades se pondrán a prueba y la inevitable batalla entre Hannibal y Jack está sobre la mesa.

Varios meses después de los acontecimientos ocurridos en el último episodio de la segunda temporada, nos encontramos con Hannibal, que ha logrado huir del FBI, en Europa.

Tras recuperarse de las heridas inflingidas por Hannibal Lecter, Will Graham viaja a Europa con la misión personal de encontrarle,sin estar seguro de lo que hará cuando lo encuentre.

Will Graham visita la casa de los antepasados de Hannibal en Lituania. Bucea en el sórdido pasado de Hannibal para encontrar pistas del presente.

El doctor Fredrick Chilton está vivo a pesar del disparo que efectuó Miriam Lass. Ahora Chilton está centrado en atrapar a Hannibal Lecter.

El enfrentamiento en Florencia parece inevitable con el acercamiento de Will y Chiyoh. Paralelamente Crawford se une al inspector Pazzi para localizar a Hannibal que se prepara para una tempestad inminente.

Will Graham y Jack Crawford renuevan su alianza mientras que Hannibal se prepara para su última cena en Florencia.

Tras su captura, Will y Hannibal, son enviados a la granja Muskrat donde Mason Verger se prepara para impartir su propia justicia.

Tres años después de detener a Hannibal Lecter, Jack recluta a Will en búsqueda de un nuevo asesino en serie.

Will comienza a elaborar un perfil de "El dragón rojo" con la ayuda de Hannibal prisionero.

Dolarhyde lucha contra sus propios demonios mientras una nueva pista de Hannibal lleva a Will a acercarse a "El dragón rojo".

Dolarhyde va detrás de la propia familia de Will.

Dolarhyde centra su atención asesina en Reba pero tiene que improvisar cuando Will publica un insultante texto.

Will trama un astuto plan para matar a Francis Dolarhyde, utilizando a Hannibal Lecter en su estratagema. Bedelia expresa preocupación sobre el peligroso plan mientras Will continúa su juego con Hannibal, aunque Will tal vez deba enfrentar sus miedos más oscuros.

Un nuevo asesino se presenta en sociedad con una macabra puesta en escena digna del Destripador de Chesapeake. Hannibal tiene que tomar una decisión acerca de su relación con Will...

Cuando la UAC investiga un asesinato en el que se han extraído los órganos de la víctima, Jack cree que el destripador de Chesapeake puede haber vuelto, pero Will deduce que el asesinato es el resultado de un accidente en una recogida de órganos. Mientras tanto, Will sufre pesadillas nocturnas donde él es el padre de Abigail. Hannibal empieza a seducir a la Dra. Alana Bloom y además comienza a visitar a su propio terapeuta, el Dr. Bedelia Du Maurier.

Tras su captura, Will y Hannibal, son enviados a la granja Muskrat donde Mason Verger se prepara para impartir su propia justicia.

Jack y Alana son llamados por un ex colega, el Dr. Chilton, que creer tener al Destripador de Chesapeake bajo custodia, cuando uno de sus pacientes comete un asesinato que coincide con el perfil del Destripador. El equipo llegó a la conclusión de que el Destripador era un cirujano y aún anda suelto cuando la ex-discípula de Jack, Miriam, se convirtió en la siguiente víctima. Jack hace frente a su pérdida y a la posibilidad de perder a su esposa por abrirse a Hanníbal.

Jack propone que Abigail pudo haber ayudado a su padre, Garret Jacob Hobbs, en sus asesinatos en serie. A instancias de Hannibal, aunque en contra del consejo de la Dra. Alana Bloom, Abigail es escoltada de vuelta a Minnesota, donde descubre mucha más hostilidad contra ella y su familia. Las cosas van de mal en peor cuando un imitador del asesino mata a un amigo de Abigail. Hannibal sugiere que oculten el cuerpo para proteger Abigail - pero los secretos tienen un coste...

Will trama un astuto plan para matar a Francis Dolarhyde, utilizando a Hannibal Lecter en su estratagema. Bedelia expresa preocupación sobre el peligroso plan mientras Will continúa su juego con Hannibal, aunque Will tal vez deba enfrentar sus miedos más oscuros.

Dos familias aparecen muertas y, en ambos casos, la madre fue la última en morir. En único vínculo entre las familias es que tienen hijos que han estado en la lista de personas desaparecidas durante un año aproximadamente. Graham deduce que estos "niños perdidos" están matando a sus antiguas familias para estar más unidos a sus nuevas familias. Graham continúa sus sesiones con el Dr. Lecter y le confía que, incluso si encuentra a estos chicos, nunca podrá devolverles lo que han perdido: sus familias. El interés creciente de Lecter por Abigail Hobbs le conduce a sacarla del hospital, en contra de las recomendaciones de la Dra. Alana Bloom, y cuidarla él mismo.

Hannibal se prepara para su inminente salida con, según él, Will. Will se prepara para una salida de otro tipo, atar cabos sueltos, aunque no está seguro si va a sobrevivir a la trampa que ha creado para su enemigo. Todos sienten que Jack se merece la verdad, pero ¿cuál es esa verdad? Las lealtades se pondrán a prueba y la inevitable batalla entre Hannibal y Jack está sobre la mesa.

Varios meses después de los acontecimientos ocurridos en el último episodio de la segunda temporada, nos encontramos con Hannibal, que ha logrado huir del FBI, en Europa.

Will comienza a elaborar un perfil de "El dragón rojo" con la ayuda de Hannibal prisionero.