Con el programa Stargate en peligro de ser terminado, el equipo está bajo presión para encontrar tecnología. Visitando un planeta donde creen que hay una criatura que posee el secreto de la invisibilidad, se encuentran con Apophis y sus guardias. Ambos lados sufren heridas mortales, pero son ayudados por los habitantes del planeta, los Nox, un pueblo amable con un secreto muy grande.

En su primera visita a un nuevo planeta, SG-1 descubre que está sujeto a una actividad volcánica totalmente destructiva y salva a diez nativos, los Tollan, una sociedad mucho más avanzada tecnológicamente. Su líder, Omoc, no está agradecido ni interesado en una raza tan primitiva como los terrícolas o cualquiera de los planetas "aún más primitivos" que están dispuestos a acogerlos. Solo un Tollan, Narim, muestra un interés activo en la vida en la Tierra, especialmente en la capitana Samantha Carter y el gato Schrodinger que ella le regala, explicando que su planeta fue destruido después de que los Tollan suministraran una fuente de energía ilimitada a un planeta vecino primitivo que la utilizó para crear un arma catastrófica. Mientras tanto, la Casa Blanca autoriza al coronel Maybourne del NID a hacerse cargo de los Tollan con fines militares, exactamente como temía Omoc.

Colonel O'Neill awakens and is told by new staff everything in the SGC is different because he was just revived after 79 years of cryogenic hibernation, as sole survivor of a disastrous SG-1 mission on a Goa'uld-ruled planet. He accepts to undergo a 'high tech hypnosis' to retrieve information of use in the present war against them, which is going badly, involving earth's ten endangered colonies on other planets. However Major General Trofsky, the new base commander, and his female assistant tell Daniel and Sam, in different sections, that each of them is the sole survivor: it's all make-believe to probe their brains about the weaknesses of earth and the Alliance of the four races. Meanwhile, Teal'c awakes on earth, where it took Dr. Frasier months to save him from death; there was no trace of his teammates, and he resigns when General Hammond refuses permission to keep searching. O'Neill hears Goa'uld language, gets himself free and discovers he's on a fake SGC, frees Sam and Daniel, only to be stopped by the female Goa'uld system-lord Hathor, who employs both Horus and Serpent Jaffa and demands the humans' help against her rival system-lords.

El equipo SG-1 es solicitado por los Tollan para participar en un juicio relacionado con Skaara y si él o el parásito Goa'uld, Klorel, tienen el control de su cuerpo.