Tras el informe de una extraña arma secreta separatista que no deja supervivientes, Plo Koon es enviado a investigar. El arma se trata de un cañón iónico, un arma que desactiva las defensas republicanas para luego destruirlas con sus múltiples cañones, llamado Malevolencia. El malvado general Grievous ataca la flota de Plo, sin embargo él y otros clones huyen en cápsulas de escape. Cuando la noticia llega al consejo Jedi, Anakin Skywalker y Ahsoka Tano salen en la búsqueda del maestro Plo, quien además tiene otro problema: un escuadrón de droides cazadores que se encargan de asesinar a los supervivientes en las cápsulas de escape

Anakin y Ashoka se dirigen a lanzar un ataque en los bombardeadores Y-Wing contra el malevolencia, el cual se dispone a atacar una estacion médica, que enfrenta un problema al tener poco tiempo para evacuar. Con el proposito de llegar antes, Anakin guia al escuadron sombra atravez de una nebulosa, que sin embargo esta repleta de mantarrallas gigantes.

El Malevolencia se encuentra en retirada, sin embargo su hipervelocidad está desactivada. Para poder parar los ataques de la República, Palpatine envía a la senadora Amidala con la mentira de firmar un tratado con los separatistas. Grievous atrapa inmediatamente a su rehén, haciendo frenar el fuego republicano. Anakin y Obi-Wan deciden ir a salvarla y aprovechar la ocasión para destruir el Malevolencia saboteando su hipervelocidad.

Justo cuando Grievous se dispone a atacar a la flota de Anakin, este lo embosca con ATTEs detras de los asteroides que Grievous creía, lo protegían. Ante la caida de sus naves, Grievous se da a la fuga, Anakin intenta perseguirlo, pero un fragmento de metal se entierra en su nave, haciendola salir de control y estrellandolo en los asteroides, cuando este despierta en un hospital, Ashoka le informa que R2 se ha ido. Anakin informa a Obi Wan sobre el problema: La memoria de R2 aún contiene las localizaciones de sus bases y tacticas de guerra, para evitar riesgos Obi Wan ordena a Anakin que busque a R2, para ayudarlo, Ashoka consigue un R3.

R2-D2 logra enviar un mensaje a la nave de Anakin. Mientras tanto el tradoshano lleva a R2 a la estación de espionaje Skytop. Anakin y Ahsoka se infiltran en ésta: Anakin va en busca de R2 y Ahsoka y Rex son atacados por Grievous quien fue alertado por R3 (quien era un espía)

Ahsoka y Luminara escoltan al virrey Nute Gunray, pero la CSI se disponen a recuperarlo. Para ello envían cápsulas con superdroides de batalla. Tras vencerlos, Ventress entra en secreto y pone bombas dentro de la nave, deshabilitándola. Luego se dirige a sacar al virrey de su celda, cosa que Ahsoka y Luminara deben impedir.

Kit Fisto se encuentra en búsqueda del virrey Nute Gunray, llegando a investigar a la luna de Vassek. Después de encontrarse con su antiguo aprendiz, Nahdar, entran a un templo con estatuas de los guerreros Kaleesh y no tardan mucho en descubrir que se encuentran en la guarida del general Grievous, y que todo es una trampa de Dooku para lograr que Grievous los asesine y de esa manera muestre su lealtad. Grievous es sorprendido y herido por Fisto y sus hombres. Sin embargo logra escapar y les tiende diversas trampas, matando a Niner y al resto de sus clones. Nahdar, en su desesperación y deseo de venganza, desobedece a su maestro para luchar contra Grievous y éste, en un choque de espadas, saca sus otros dos brazos y mata a Nahdar. Después se va a por Fisto, el único superviviente.

Dooku es encontrado por la República y después de una larga cacería, logra escapar. Sin embargo es capturado por un grupo de piratas, liderados por Hondo Ohnaka. Cuando el pirata se entera del valor de Dooku, pide a la República la paga de un millón de créditos, si quieren llevarlo ante la justicia.

Anakin está gravemente herido en la batalla, y la general Jedi Aayla Secura debe enseñar a Ahsoka la filosofía Jedi de no tener ataduras personales. Después la general, Ahsoka y unos clones buscan ayuda médica para el caballero Jedi en el hostil planeta donde se estrellaron, donde hay algunos seres indeseados.

Anakin se encuentra en recuperacion, y Aayla, Ahsoka, Rex y Bly se quedan con los aldeanos Lurmen. Mientras rex monta guardia descubre el aterrizaje de una nave droide, los lurmen no estan de acuerdo en usar la violencia para combatir esta nueva arma separatista, y se dejan oprimir por los androides, al no poder permitir esta situacion, Anakin, Aayla y Ahsoka protejen la aldea con un escudo para combatir a los androides ya que tienen nueva arma y que la provaran en este planeta.

Padmé y Jar Jar son capturados mientras buscaban un laboratorio secreto separatista de armas biológicas. Anakin, Obi-Wan y Ahsoka van a intentar salvar a sus amigos y poner fin a la liberación de un virus mortal.

El virus de la sombra azul es liberado, infectando a Ahsoka, Padmé, el capitán Rex y muchos clones más. Anakin y Obi-Wan tienen sólo 48 horas para encontrar el antídoto en un planeta misterioso.

Ahsoka Tano desobedece las órdenes de su maestro Anakin Skywalker, y en el intento pierde la mitad de su escuadrón. Afortunadamente Anakin llega a tiempo para ayudar a su Padawan, y darle su merecida lección con respecto al merecido respeto a la autoridad, además de darle una oportunidad para que le haga caso y se arrepienta.

Con sus fuerzas, Mace Windu debe convencer al luchador Twi'lek por la libertad de Cham Syndulla para ayudar a salvar la ciudad capital de la destrucción en manos de los robots.

Cad Bane se infiltra en el templo Jedi para robar un valioso holocrón. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan tendran la misión de detenerlo.

Anakin y Ahsoka interceptan a la nave de Cad Bane intentando recuperar el holocrón Jedi robado. Pero los Jedi han subestimado las tácticas estrategicas del cazarrecompensas.

Darth Sidious le pide a Cad Bane que realize la ultima parte de su maléfico plan: debe capturar a los niños sensibles a la Fuerza y llevarlos a Mustafar.

Anakin, Ahsoka y Ki-Adi-Mundi dirigen un ataque masivo contra Geonosis con el objetivo de destruir una fábrica de droides.

Anakin Skywalker y Luminara Unduli destruyen un nuevo tipo de tanques enemigos mientras Ahsoka Tano y Barriss Offe se encargan de destruir la Fábrica de Droides Principal.

Durante la búsqueda de la desaparecida maestra Jedi Luminara Unduli, los Jedi quedan atrapados en una antigua prisión subterránea llena de guerreros zombie.

Los gusanos controlacerebros, controlando un grupo de clones, toman la nave de suplementos de la República. Ahora Barriss y Ashoka deberán detener a los clones para no desatar una plaga a nivel galáctico.

Cuando un carterista roba el sable láser de Ashoka, la Padawan recurre al Jedi Terra Sinube, que es experto en el mundo del crimen.

Anakin, Obi-Wan y Ashoka deben forjar una quebradiza alianza con cuatro cazarrecompensas para protejer a un granjero local de Hondo Onhaka y su banda de piratas.

Cuando un grupo de cazadores de recompensas lleva a Anakin y Mace en una trampa mortal en Vanqor, le toca a R2-D2 para advertir a los Jedi y la batalla de su camino de vuelta a Coruscant.

Plo Kloon y Ahsoka persiguen a Boba Fett desde el inframundo de Coruscant al planeta Florrum, donde comienza un enfrentamiento culminante.

La familia del presidente Papanodia es secuestrada y detenida para el rescate. Ahsoka debe formar su equipo con el senador de Pantora, Riyo Chuchi, para ayudar al nuevo presidente en la recuperación de su familia antes de que la Federación de Comercio indebidamente pueda influir en el futuro de su planeta.

Ahsoka es asignada a enseñar en una clase en la academia de cadetes de Mandalore. Poco después de que ella llega, el celoso sobrino de la duquesa Satine y sus compañeros de clase descubren un vil complot.

Ahsoka Tano tiene pesadillas premonitorias con la cazarecompensas Aurra Sing, que está contratada por Ziro el Hutt que quiere matar a la senadora Padmé Amidala.

Ashoka acompaña a la senadora Amidala a visitar a su antigua mentora, Mina Bouteri, que acompañó a Padmé en su infancia en Naboo. Pero Mina Bouteri es separatisata. Padmé viaja a Raxus a negociar la paz para evitar que se inviertan más fondos en la creación de clones pero el conde Dooku, que se entera de que los separatistas estan negociando a espaldas de él y sus compinches del Clan Bancario y de la Tecno-Unión, junto con el general Grievous traman un atentado…

Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi y Ahsoka Tano se sienten atraídos por el misterioso planeta de Mortis. Mientras Anakin se entera de su destino de una familia de poderosos usuarios de la Fuerza (el Padre, el Hijo y la Hija) que se enfrenta a su desafío más difícil todavía. ¿Podrá traer el equilibrio a la Fuerza?

Cuando los Jedis intentan de escapar de Mortis, Ahsoka es capturada como un señuelo para seducir a Anakin Skywalker a unirse al lado oscuro. Mientras Anakin lucha contra el lado oscuro de la Fuerza, el Padre intenta detener un enfrentamiento entre sus hijos, que amenaza con desequilibrar la Fuerza por completo.

Anakin Skywalker debe elegir entre el lado luminoso y el oscuro de la Fuerza, y tiene una visión inquietante de su propio futuro: Darth Vader. Mientras tanto, Obi-Wan y Ahsoka se preparan para una confrontación decisiva en su esfuerzo por desentrañar los misterios del planeta. Podrán alguna vez escapar de Mortis?

Con la ayuda de R2-D2 y un escuadrón de droides de batalla capturados, un equipo de élite de Jedis y soldados clon encabezados por Obi-Wan Kenobi y Anakin Skywalker van en una misión para liberar a al maestro Jedi Even Piell de una prisión separatista.

Con los presos liberados y el guardián intentando desesperadamente impedir que se los lleven, Obi-Wan y Anakin buscan una manera de salir de la ciudadela y volver a Coruscant. La prisión, sin embargo, tiene más trampas, peligros y riesgos en el almacén peor de lo que habían imaginado y deben trabajar más allá de sus diferencias para poder escapar.

Mientras que buscan la manera de salir de la cárcel de la Ciudadela, la nave del equipo de élite de Jedis es destruida, lo que les obliga a esperar a que los rescaten la flota de la República. En el camino al punto de encuentro se encuentran con las ondas de los escuadrones de droides, que tienen que luchar con el fin de evacuar a los presos liberados y guardar la información que poseen.

Mientras la República se enfrenta a las Fuerzas Separatistas en el planeta Felucia, la Padawan Ahsoka Tano es secuestrada por un raza llamada Trandoshanos. Ahsoka es llevada a un planeta distante para ser cazada como deporte. Mientras tanto Anakin Skywalker no se dará por vencido e intentará encontrarla.

La caza ha comenzado! Ahsoka Tano resguarda a un grupo de jovenes Padawans atrapados en el planeta Iwasskah, pero recibirá la inesperada ayuda de un Wookiee también capturado. El tiempo se agota mientras los cazadores Trandoshanos se están acercando a su presa.

Los Jedis se encuentran ahora en el planeta Mon Calamari para ayudar a mantener la paz en una guerra civil entre los agresivos y con forma de calamar Quarren y sus pacíficos vecinos, los Mon Calamari. El rey de los Mon Calamari es encontrado misteriosamente asesinado, dejando su joven hijo, el príncipe Lee-Char, para guiar a su gente solo. Pero la raza Quarren no acepta el nuevo governante como rey de Mon Calamari. La senadora Padmé Amidala y su guardaespaldas Jedis Anakin Skywalker intentarán resolver el problema.

Un gobierno es derrocado por una guerra civil. Rehusando aceptar al príncipe Lee-Char como el siguiente gobernante de Mon Calamari, la raza Quarren se une a los separatistas, que arrojan un ataque total contra los Mon Calamari. Desprevenidos, el joven príncipe y sus protectores Jedi son rápidamente superados y forzados a retirarse en unas cuevas muy por debajo de la ciudad capital, dejando al conde Dooku y sus aliados planear el próximo movimiento.

Un último grito de esperanza. Tras el asesinato de su padre y la caída de su planeta bajo una guerra civil planetaria, el príncipe Lee-Char de Mon Calamari se esconde con la padawan Ahsoka Tano como su única protectora. Con sus ejércitos capturados y sus amigos en prisión, la situación parece sin esperanza para el príncipe. El conde Dooku ordena a su siniestro agente Riff Tamson que utilice los medios necesarios para sacar al príncipe Lee-Char fuera de su escondite, ya que sabe que se mantendrá la esperanza mientras el príncipe esté vivo.

Un planeta muy pacífico. La colonia de artesanos del planeta Kiro había creado una sociedad sin armas. En lugar de la guerra, perseguían el arte y la belleza. Pero con las guerras de clones, incluso los mundos amantes de la paz son forzados aparentemente a elegir un bando.

Durante una invasión separatista en el planeta Kiro, miles de colonos pacíficos son secuestrados por negreros zygerrianos. Determinados a encontrar los colonos desaparecidos, los Jedis viajan al planeta Zygerria, hogar del más notorio imperio esclavo de la galaxia.

Para localizar los colonos secuestrados de un mundo pacífico, los Jedis se infiltraron en el planeta esclavista de Zygerria, sólo para ser capturados por su reina ambiciosa, la que planea reconstruir su imperio de la opresión. Ahora, incluso Obi-Wan Kenobi debe llegar a un acuerdo.

En un esfuerzo por finalizar el gran conflicto galáctico, se hará la primera reunión nunca celebrada entre la República y los Separatistas. Y el planeta Mandalore es escogido como territorio neutral para esta precaria reunión. Las tensiones son altas por lo que se espera de las negociaciones.

Obi-Wan finge su propia muerte y se hace pasar por otra persona (como Rako Hardeen) en una prisión de la República, con el fin de reunir información sobre un complot para secuestrar al canciller Palpatine de un convicto llamado Moralo Eval. Una vez allí, se entera de que otro preso, el famoso cazarrecompensas Cad Bane, también está involucrado. Mientras tanto, Anakin busca venganza por la muerte de su antiguo maestro.

Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.

El conde Dooku invita a algunos de los mejores cazarrecompensas de la galaxia, incluyendo Cad Bane y aún el camuflado Obi-Wan, para competir en una carrera de obstáculos conocida como "La caja", con la participación en el complot para secuestrar al canciller Palpatine y como recompensa la supervivencia. Después de enfrentarse a muchos desafíos en la caja, Obi-Wan sobrevive, junto con Cad Bane y cuatro cazarrecompensas más. Cad Bane es nombrado por Dooku para dirigir la operación de secuestro contra Palpatine en Naboo.

El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi. Con los cazarrecompensas bajo la custodia de la República Obi-Wan quiere volver a su ser original. Lo que Obi-Wan no se dio cuenta fue que Dooku le estaba escuchando cuando alertó a Mace Windu y Anakin Skywalker. Dooku intenta de nuevo más tarde secuestrar a Palpatine cuando está solo con Anakin. Obi-Wan se da cuenta, y Anakin y Obi-Wan luchan contra Dooku mientras protegen al canciller. Dooku se escapa de Naboo, dejando a Anakin y Obi-Wan con Palpatine.

Savage Opress finalmente encuentra a su hermano perdido hace mucho tiempo, y resulta ser el ex Lord Sith llamado Darth Maul. Su cuerpo ahora es un aparato medio cibernético en forma de araña, que ha estado viviendo en un estado de locura en un planeta del Borde Exterior.

En el mundo separatista de Onderon, un grupo de rebeldes piden la ayuda de los Jedi. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan van a entrenar a los rebeldes para luchar, y ven que el ex separatista de la guardia de la muerte, el terrorista Bonteri está entre ellos.

Ahsoka toma el mando del ejército rebelde en Onderon mientras la primera batalla por la capital se lleva a cabo.

Mientras los rebeldes en Onderon van avanzando más, los separatistas traen sus refuerzos para acabar con ellos.

Gran parte del pueblo de Onderon se une con el Rey Dendup, el verdadero rey de Onderon, contra el Rey Rash, falso rey de Onderon y representate de los separatistas, y el ejército separatista. Mientras tanto, Ahsoka, Lux, Saw, Steela y los rebeldes se preparan para el último ataque contra los droides.

Ashoka y seis aprendices van al encuentro, el lugar donde los Jedi encuentran sus cristales para sables láser. Los jóvenes deberán enfrentarse a sus miedos y obtener el cristal que la fuerza ha preparado para ellos.

Los aprendices regresan a Coruscant en una nave donde un droide les enseña a crear sus sables láser cuando el pirata Hondo Onaka ataca la nave, los jóvenes y Ahsoka deben defenderse como pueden, al final los aprendices logran escapar, pero Ahsoka es capturada por los piratas.

Con Ahsoka Tano capturada por los piratas, los aprendices Jedi trabajan juntos para infiltrarse en la guarida de los piratas, usando su ingenio y valentía para engañar a Hondo Ohnaka y lanzar un audaz rescate.

Los piratas persiguen a los Jedis y consiguen capturarlos y derribar su nave, pero cuando se acercan a la base pirata se encuentran con que los droides de Grievous la han capturado y con ella a Hondo y sus hombres. De esta forma se unen Jedis y piratas para rescatar a Hondo y huir del sistema. Al final los piratas dejan a los aprendices y a Ahsoka en una de las naves de Obi-Wan.

Ahsoka Tano y Anakin Skywalker dirigen las fuerzas de la República en el planeta de Cato Neimoidia, donde son informados por Yoda acerca de un atentado en el Templo Jedi. Mace Windu ordena a Anakin y a Ahsoka, junto al droide Russo, investigar el caso.

Ahsoka es culpada del asesinato de Letta, que fue asesinada por una estrangulación mediante la fuerza de un ser desconocido. Mientras huye de la prisión de máxima seguridad de Coruscant, es llevada a un lugar para poder escapar de los clones que la siguen.

Ahsoka se refugia en los niveles inferiores de Coruscant siendo ayudada por su amiga Jedi Barris Offee. Mientras tanto, en el consejo se decide que Anakin y Plo Koon irán a buscar a Ahsoka. Esta le pide ayuda a Asajj Ventress para encontrar al Jedi que está tratando de culparla por crímenes que no hizo.

Ashoka es capturada y la sacan de la orden Jedi. Anakin busca a Ventress y ella le cuenta que puede ser Barris Offee quien culpa a Ashoka. Anakin lucha con Barris y lleva a Barris al juzgado donde están juzgando a Ashoka. Pero al final, Ashoka se marcha del templo Jedi.

Guiados por la Fuerza, Yoda viaja al corazón de la Galaxia. Allí, en el planeta donde se encuentra el origen de la Fuerza, debe afrontar pruebas difíciles. Sólo serán los sabios de allí los que consideren que Yoda es digno de aprender los misterios más profundos de la Fuerza.

Después de abandonar la Orden Jedi, Ahsoka Tano se encuentra en el inframundo de Coruscant, donde se hace amiga del aspirante a piloto Trace Martez. Reclutada por la hermana de Trace, Rafa, para ayudar a construir droides peligrosos, Ahsoka opta por mantener en secreto su pasado como Jedi.

Trace toma una decisión precipitada después de enterarse de que lo que están transportando es para el Sindicato Pyke.

Después de ser encarcelados por los Pykes, Ahsoka Tano y las hermanas Martez logran escapar audazmente de su fortaleza. Juntos, huyen a través de la ciudad hacia su barco, desesperados por evadir a las fuerzas de Pyke en busca de "Deuda peligrosa".

Ahsoka negocia por la libertad de las hermanas y hace un sorprendente descubrimiento.

Anakin y Obi-Wan deben decidir si ayudar a Ahsoka a perseguir a Maul o rescatar a Palpatine.

Ahsoka lidera a los clones de la República para enfrentarse a las fuerzas de Maul en Mandalore, mientras que Maul siente el inminente caos y realiza una jugada calculada para garantizar su propia supervivencia.

Tras capturar a Maul en Mandalore, el viaje de Ahsoka hacia el Consejo Jedi se interrumpe cuando se declara la Orden 66, poniendo su mundo de cabeza.

Ahsoka y Rex deben usar su ingenio y habilidades para sobrevivir al turbulento final de las Guerras Clon.

Después de abandonar la Orden Jedi, Ahsoka Tano se encuentra en el inframundo de Coruscant, donde se hace amiga del aspirante a piloto Trace Martez. Reclutada por la hermana de Trace, Rafa, para ayudar a construir droides peligrosos, Ahsoka opta por mantener en secreto su pasado como Jedi.

Mientras la República se enfrenta a las Fuerzas Separatistas en el planeta Felucia, la Padawan Ahsoka Tano es secuestrada por un raza llamada Trandoshanos. Ahsoka es llevada a un planeta distante para ser cazada como deporte. Mientras tanto Anakin Skywalker no se dará por vencido e intentará encontrarla.

La caza ha comenzado! Ahsoka Tano resguarda a un grupo de jovenes Padawans atrapados en el planeta Iwasskah, pero recibirá la inesperada ayuda de un Wookiee también capturado. El tiempo se agota mientras los cazadores Trandoshanos se están acercando a su presa.

Mientras los rebeldes en Onderon van avanzando más, los separatistas traen sus refuerzos para acabar con ellos.

Los aprendices regresan a Coruscant en una nave donde un droide les enseña a crear sus sables láser cuando el pirata Hondo Onaka ataca la nave, los jóvenes y Ahsoka deben defenderse como pueden, al final los aprendices logran escapar, pero Ahsoka es capturada por los piratas.

Cuando un carterista roba el sable láser de Ashoka, la Padawan recurre al Jedi Terra Sinube, que es experto en el mundo del crimen.

En un esfuerzo por finalizar el gran conflicto galáctico, se hará la primera reunión nunca celebrada entre la República y los Separatistas. Y el planeta Mandalore es escogido como territorio neutral para esta precaria reunión. Las tensiones son altas por lo que se espera de las negociaciones.

Trace toma una decisión precipitada después de enterarse de que lo que están transportando es para el Sindicato Pyke.

Ahsoka es asignada a enseñar en una clase en la academia de cadetes de Mandalore. Poco después de que ella llega, el celoso sobrino de la duquesa Satine y sus compañeros de clase descubren un vil complot.

Ahsoka es culpada del asesinato de Letta, que fue asesinada por una estrangulación mediante la fuerza de un ser desconocido. Mientras huye de la prisión de máxima seguridad de Coruscant, es llevada a un lugar para poder escapar de los clones que la siguen.