Carter gets kidnapped and taken to an abandoned hospital where two doctors work to study the remains of Jolinar. She finds out that they have a Goa'uld, taken from the Russians, which they are planning to put inside a man named Adrian Conrad to heal his sickness. They need Carter to tell them how to get the Goa'uld out after he's healed. O'Neill believes the government is involved with Carter's disappearance and contacts Maybourne. Together, with Daniel and Teal'c, they find Carter but also find out that the Goa'uld has escaped inside Conrad's body.

The Russian SG team brings back a man who claims that his people are being experimented on by Nirrti. SG-1 investigate where the experiments are conducted, with the Russian SG team as backup. The inhabitants worship Nirrti as their god and savior from a terrible plague. SG-1 attempts to use the same device Nirrti used on the people to reverse the mutations, but the people turn on them at the arrival of Nirrti.

The discovery of the Stargate creates a war between two nations on the planet Tegalus with Daniel in the middle of it.

El ex vicepresidente Kinsey va a ver a Jack para informarle de las actividades del Trust, incluyendo lo que parece ser un plan para que los rusos reclamen la Puerta Estelar que prestaron a Estados Unidos. Jack decide utilizar a Kinsey como su hombre infiltrado en el Trust. Kinsey lleva un micrófono oculto en su reunión con el Trust para organizar un encuentro con un general ruso de alto rango. El plan se complica cuando las señales son bloqueadas justo cuando el Trust revela algo sorprendente a Kinsey y desaparecen.

Basado en la información que Vala les dio, SG-1 viaja al planeta donde Merlin podría haber escondido su arma secreta para derrotar a los seres ascendidos. Allí encuentran un pueblo adecuadamente medieval y descubren que Merlin tenía una biblioteca allí. Los lugareños nunca han entrado debido a una maldición sobre cualquiera que se atreva a entrar, pero SG-1 encuentra una manera de entrar. Una vez dentro, encuentran una cámara secreta que podría revelar la ubicación del arma. Mientras tanto, el SGC ha localizado la Supergate de los Ori. El intento de Sam de tomar el control llega demasiado tarde, y cuatro naves Ori se abren camino. En la batalla resultante, gran parte de la flota de la Tierra es destruida, y el futuro de varios miembros del SGC queda en duda.